Roche uPath IVD Manuel utilisateur

Guide d’utilisation de
l’algorithme d’analyse d’image
uPath HER2 Dual ISH pour le
cancer du sein
Table des matières
Introduction1
Résumé et explication de l’algorithme
2
Signification clinique
3
Usage prévu
4
Usage prévu du produit
4
Objectif du guide d’utilisation de l’algorithme
4
Principes du test
5
Limites6
Caractéristiques du réseau
7
Sécurité des données
8
Procédure d’utilisation de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH
9
Procédure de l’anatomopathologiste
11
Caractéristiques de coloration
20
Caractéristiques de performances
32
Comparaison des méthodes
32
Études de reproductibilité des résultats des anatomopathologistes
33
Études de reproductibilité des résultats des scanners
34
Résolution des problèmes
35
Références39
Introduction
Associé avec l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH
pour le cancer du sein (algorithme uPath HER2 Dual ISH), le
Roche uPath enterprise software (uPath enterprise software) est
un système logiciel conçu pour faciliter l’évaluation quantitative du
statut du gène HER2 par hybridation in situ (ISH) chromogénique
bicolore de tissus sains et néoplasiques fixés au formol et inclus
en paraffine (FFPE).
L’uPath enterprise software est une solution logicielle numérique
complète qui permet aux laboratoires d’anatomopathologie
d’acquérir, gérer, visualiser, analyser et partager des images
numériques de prélèvements anatomopathologiques ainsi que
d’établir des rapports. Grâce à l’uPath enterprise software,
l’anatomopathologiste est à même de visualiser des images
numériques avec divers grossissements, d’ajouter des
annotations, de faire des mesures sur les coupes de tissus,
d’analyser les images et de générer des rapports.
REMARQUE : L’algorithme uPath HER2 Dual ISH constitue
une méthodologie complémentaire assistée par ordinateur
qui permet l’acquisition et les mesures d’images de lames
histologiques de prélèvements de tissus colorés par ISH pour
déterminer le statut du gène HER2. Afin de garantir la validité des
scores d’analyse d’image, il incombe à l’anatomopathologiste de
vérifier la concordance à l’aide de contrôles appropriés, comme
indiqué dans la fiche méthodologique du VENTANA HER2 Dual ISH
DNA Probe Cocktail (VENTANA HER2 Dual ISH) disponible sur
dialog.roche.com.
1
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Résumé et explication de l’algorithme
Pour les applications d’analyse d’image, l’anatomopathologiste
peut utiliser l’uPath enterprise software afin de sélectionner et
délimiter une ou deux (si besoin) régions d’intérêt (ROI, region
of interest) à l’aide de l’outil Quick ROI (ROI rapide). Chaque ROI
peut ensuite être visualisée avec divers grossissements puis
analysée à l’aide de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH. La carte
de densité oriente les anatomopathologistes vers les zones que
l’algorithme a identifiées comme ayant une forte amplification
des signaux HER2.
Lorsque l’anatomopathologiste dessine une ROI à l’aide de l’outil
Quick ROI (ROI rapide) (il doit utiliser une Quick ROI [ROI rapide]
pour effectuer l’analyse), l’algorithme uPath HER2 Dual ISH
identifie d’abord 20 cellules tumorales représentatives. Les
cellules sont classées en fonction des critères suivants : taille des
cellules, présence d’au moins un signal HER2 et un signal Chr17
et qualité de la segmentation. Le nombre total de signaux HER2
et Chr17 pour les 20 cellules tumorales représentatives est
calculé. En se basant sur la quantification des signaux HER2
et Chr17, l’algorithme uPath HER2 Dual ISH génère un
ratio HER2/Chr17. L’anatomopathologiste peut soit accepter les
cellules sélectionnées et le score déterminé par l’algorithme
uPath HER2 Dual ISH, soit remplacer des cellules manuellement
et choisir un score différent. L’anatomopathologiste peut aussi
supprimer la ROI initiale et la remplacer par une nouvelle ROI
appartenant à une région de tissu plus appropriée.
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH n’effectuant aucune
interprétation des données de façon autonome, son utilisation
doit être réservée aux anatomopathologistes qualifiés
en complément d’examens histologiques, d’informations
cliniques pertinentes et de contrôles adaptés. Il est conçu et
indiqué comme aide à l’évaluation du statut du gène HER2 par
l’anatomopathologiste.
2
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Signification clinique
Le cancer du sein est le carcinome le plus fréquent chez les
femmes et la deuxième cause majeure de mortalité liée au
cancer. Il est possible d’améliorer sensiblement le pronostic
global grâce à une détection précoce et des traitements
adaptés.1 Bien que l’expression des protéines varie d’un soustype de carcinome mammaire à l’autre, l’oncoprotéine c-erbB-2
(HER2) est un marqueur important du cancer du sein. HER2 est
une protéine transmembranaire présente dans la membrane
cellulaire. L’expression de cette protéine dans le carcinome
mammaire se fait à différents niveaux et suivant différents profils.
Étroitement apparentée à l’EGFR, elle présente une activité
tyrosine kinase suggérant qu’elle peut être impliquée dans la
transduction du signal et la stimulation de l’activité mitogène. 2
Le gène HER2, qui est situé sur le Chr17 chez l’homme, code
pour la protéine HER2. La surexpression de la protéine HER2,
l’amplification du gène HER2 ou la combinaison de ces deux
phénomènes survient dans environ 15 à 25 % des cancers du
sein et est associée avec un comportement tumoral agressif. 3-7
L’hybridation in situ, qui permet de détecter l’amplification du
gène HER2 dans les carcinomes mammaires invasifs, offre aux
anatomopathologistes un outil efficace pour le diagnostic et le
pronostic des carcinomes. Le VENTANA HER2 Dual ISH Assay
est destiné à être utilisé en laboratoire pour la détection
quantitative et la numération du gène HER2 dans des coupes
de tissus sains et néoplasiques fixés au formol et inclus en
paraffine. Les préparations tissulaires histologiques ont
l’avantage d’avoir une morphologie tissulaire intacte qui facilite
l’interprétation de la positivité de l’échantillon de la patiente
pour HER2. Tous les tests histologiques doivent être interprétés
par un spécialiste de la morphologie et/ou de la pathologie
du cancer du sein. Les résultats doivent être complétés par
des examens morphologiques, des contrôles adaptés et être
utilisés conjointement à d’autres données cliniques et d’analyse
biologique.
3
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Usage prévu
Usage prévu du produit
L’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH
Objectif du guide d’utilisation
de l’algorithme
pour le cancer du sein est conçu pour être utilisé par
Le guide d’utilisation de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH (guide
l’anatomopathologiste comme aide à l’évaluation du statut du
d’utilisation de l’algorithme) a été conçu pour remplir les objectifs
gène HER2 par la détermination du ratio entre le gène HER2 et
suivants :
le chromosome 17 dans les prélèvements de tissus mammaires
néoplasiques fixés au formol et inclus en paraffine. Lorsqu’il est
• fournir des informations générales sur l’usage prévu de
utilisé avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay, il est indiqué
l’algorithme uPath HER2 Dual ISH, les principes du test et ses
comme aide à l’évaluation des patientes atteintes d’un cancer du
limitations ;
sein pour lesquelles un traitement par l’Herceptin® (trastuzumab)
est envisagé.
• définir le matériel nécessaire et la configuration requise pour
l’informatique, la sécurité des données et le réseau ;
Remarque : L’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH
pour le cancer du sein constitue une méthodologie
complémentaire assistée par ordinateur qui permet l’acquisition
• donner des instructions par étape pour l’utilisation de
l’algorithme uPath HER2 Dual ISH ;
et les mesures d’images de lames histologiques de prélèvements
de tissus qui ont été colorés par hybridation in situ (ISH)
chromogénique bicolore pour déterminer le statut du gène HER2.
• présenter des photographies illustrant la façon d’utiliser
l’algorithme uPath HER2 Dual ISH ;
Afin de garantir la validité des scores d’analyse d’images, il
incombe à l’anatomopathologiste de vérifier la concordance
• procurer aux anatomopathologistes un outil facilitant
à l’aide de contrôles appropriés, comme indiqué dans la
l’utilisation de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH avec des
fiche méthodologique du VENTANA HER2 Dual ISH Assay
coupes de tissus mammaires FFPE colorées à l’aide du
(réf. 1018383EN).
VENTANA HER2 Dual ISH Assay ;
Cet algorithme est conçu pour une utilisation diagnostique in
vitro (DIV).
• présenter des images d’exemples de cas difficiles pour illustrer
l’utilisation de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH pendant leur
évaluation ;
• indiquer les caractéristiques de performances de l’algorithme
uPath HER2 Dual ISH.
4
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Principes du test
Associé avec l’algorithme uPath HER2 Dual ISH, l’uPath
enterprise software fait appel à des techniques d’analyse d’image
pour déterminer le statut du gène HER2.
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH utilise des paramètres
prédéfinis pour attribuer un score aux images de tissus colorés
avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
Étapes de l’analyse d’une image :
Algorithme de notation quantitative pour le
VENTANA HER2 Dual ISH Assay :
Le VENTANA HER2 Dual ISH DNA Assay utilise un
algorithme de notation quantitative pour déterminer le
ratio HER2/Chr17. L’algorithme uPath HER2 Dual ISH a été
conçu pour être conforme à l’algorithme de notation du
VENTANA HER2 Dual ISH Assay (représenté ci-dessous) et
à la procédure détaillée dans la fiche méthodologique du
VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
• Détection des cellules sur l’ensemble de l’image.
• Identification des cellules évaluables et sélection de
20 cellules tumorales représentatives en fonction des critères
Début
Lame colorée
HER2/Chr17
suivants : taille des cellules, nombre de signaux rouges et noirs
et qualité de la segmentation.
• Détermination du statut du gène HER2 en divisant le
nombre total de signaux HER2 par le nombre total de
signaux Chr17 conformément à la fiche méthodologique du
VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
Identification des cellules tumorales par l’algorithme
uPath HER2 Dual ISH et calcul du score :
Lame
conforme ?
Non
Non conforme
Oui
Identifier et sélectionner
la zone cible
Compter les signaux HER2 et Chr17
dans 20 noyaux
• L’algorithme uPath HER2 Dual ISH identifie les cellules
tumorales en fonction de leur couleur, de leur intensité, de leur
taille et de leur morphologie.
• Les cellules tumorales identifiées sont classées en fonction de
Calculer le ratio HER2/Chr17 en divisant
le nombre total de signaux HER2
dans la zone cible 1 par le nombre total
de signaux Chr17 dans la zone cible 1
seuils prédéfinis conformément à la fiche méthodologique du
VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
• Pour déterminer le statut du gène HER2, l’algorithme
uPath HER2 Dual ISH quantifie les signaux HER2 (en noir)
et Chr17 (en rouge) identifiés et calcule un ratio HER2/
Chr17 conformément à la fiche méthodologique du
Le ratio HER2/Chr17
est-il compris entre 1,8
et 2,2 ?
Oui
Compter 20 noyaux
supplémentaires
Non
Calculer le ratio HER2/Chr17 en
divisant le nombre total de
signaux HER2 dans les zones
cibles 1 et 2 par le nombre total
de signaux Chr17 dans les zones
cibles 1 et 2
VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
Rapporter les
résultats
Non amplifié
HER2/Chr17 < 2,0
Amplifié
HER2/Chr17 ≥ 2,0
5
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Limites
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH est conçu pour être utilisé
Il est possible que l’algorithme uPath HER2 Dual ISH rejette les
avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay. La fiabilité des résultats
noyaux de cellules tumorales qui sont allongés, et ce quelle que
du test dépend de la qualité et de la précision de la lame d’ISH qui
soit la forme globale des cellules. C’est pourquoi les tumeurs
est numérisée et de l’image obtenue qui est analysée.
contenant un grand nombre de cellules avec un noyau allongé
peuvent nécessiter une évaluation manuelle.
L’anatomopathologiste doit valider la coloration par le
VENTANA HER2 Dual ISH Assay en examinant la lame dans
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH a été entraîné, développé et
l’uPath enterprise software et en utilisant des contrôles internes
validé à l’aide d’échantillons de tissus de carcinome invasif.
pour vérifier que les résultats attendus ont bien été obtenus
avant de procéder à l’analyse des images des lames.
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH n’a pas été testé, ni sa sécurité
et son efficacité validées, pour une utilisation sur un ordinateur
Respectez les recommandations du fabricant pour le
personnel (PC) à domicile.
VENTANA HER2 Dual ISH Assay, sans omettre d’utiliser aucun
des produits de contrôle qualité positif et négatif pour chaque
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH peut confondre les
cycle de coloration. Si les contrôles internes ne sont pas
lymphocytes avec des cellules tumorales. L’anatomopathologiste
acceptables, recommencez la coloration des tissus pour obtenir
doit examiner le tissu soigneusement et, si possible, éviter les
des résultats acceptables.
régions où les cellules immunitaires représentent plus de 30 %
des cellules totales.
L’anatomopathologiste doit suivre les recommandations
indiquées pour l’interprétation du VENTANA HER2 Dual
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH est indiqué comme
ISH Assay.
aide à l’identification des patientes pouvant bénéficier
d’un traitement par l’Herceptin basé sur l’amplification du
Consultez la fiche méthodologique du VENTANA
gène HER2, conformément aux indications autorisées du produit
HER2 Dual ISH Assay (réf. 1018383EN) ainsi que le guide
thérapeutique.
d’interprétation (réf. 1018386EN) disponibles sur
dialog.roche.com.
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH doit être utilisé par un
anatomopathologiste qualifié en complément d’examens
histologiques, d’informations cliniques pertinentes et de
contrôles adaptés. Il ne s’agit pas d’un outil autonome, et il
requiert l’intervention d’un professionnel compétent tout au long
du processus d’analyse.
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH peut générer des scores
incorrects si les images capturées présentent une coloration
anormale (coloration hors cible, surcoloration de la contrecoloration, etc.).
6
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Caractéristiques du réseau
Une connexion réseau de 1 Gb/s entre l’uPath enterprise software et le système de gestion d’images (IMS, image
management system) est recommandée.
Tableau 1. Spécifications du serveur d’analyse d’images Roche uPath pour les petits laboratoires.
Paramètre
Détails
Processeur
CPU à 3,6 GHz
Nombre de cœurs
4
RAM
6 × 8 Go (48 Go)
Hyperthreading
Désactivé
Disque dur
SSD de 240 Go
Système d’exploitation
Microsoft Windows Server 2016
Compatible avec une machine virtuelle
(VM, virtual machine)
Oui
Informations supplémentaires sur les VM
Les performances diffèrent de celles des serveurs physiques en raison de la surcharge de
mémoire due à la VM.
Antivirus
Symantec Endpoint Protection version 12
Alimentation
110 V/220 V, 800 Watts (2)
Ports
2 USB, adaptateur HPE Eth 10/25Gb
Alimentation sans interruption
Recommandé
Tableau 2. Spécifications du serveur d’analyse d’images Roche uPath pour les laboratoires de moyenne à grande taille.
Paramètre
Détails
Processeur
CPU à 3,6 GHz (2 processeurs)
Nombre de cœurs
8 par processeur/16 au total
RAM
12 × 8 Go (96 Go)
Hyperthreading
Désactivé
Disque dur
SSD de 240 Go (× 2)
Système d’exploitation
Microsoft Windows Server 2016
Compatible avec une machine virtuelle
(VM, virtual machine)
Oui
Informations supplémentaires sur les VM
Les performances diffèrent de celles des serveurs physiques en raison de la surcharge de
mémoire due à la VM.
Antivirus
Symantec Endpoint Protection version 12
Alimentation
110 V/220 V, 800 Watts (2)
Ports
2 USB, adaptateur HPE Eth 10/25Gb
Alimentation sans interruption
Recommandé
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Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Sécurité des données
Un logiciel malveillant ou un accès non autorisé à l’instrument
peut entraîner une perte de données ou l’indisponibilité de
l’instrument.
• Avant de retirer une clé USB, sélectionnez le bouton Eject
(Éjecter) dans Windows.
• La configuration du système d’exploitation (SE) par défaut
Pour éviter une infection par un logiciel malveillant ou un accès
fournie avec le serveur ne doit pas être modifiée, elle est liée
non autorisé et une utilisation impropre de l’instrument, il est
aux configurations du SE à sécurité renforcée.
essentiel de suivre les recommandations suivantes :
• Afin d’éviter qu’un virus n’infecte l’uPath enterprise software,
• N’installez ni n’exécutez aucun autre logiciel sur l’instrument.
n’utilisez la clé USB que sur cet instrument. N’enregistrez pas
• Veillez à ce que les autres ordinateurs et services du réseau
d’autres données sur cette clé USB.
soient correctement sécurisés et protégés contre tout logiciel
malveillant ou accès non autorisé. Par exemple, le système
d’information de laboratoire (LIS), le partage d’archives, le
partage de sauvegarde ou les services.
• Les clients sont responsables de la sécurité de leur réseau
local, notamment en le protégeant contre les attaques et
logiciels malveillants. Cette protection peut inclure des
mesures telles qu’un pare-feu visant à séparer l’appareil des
réseaux non contrôlés. Elle peut également inclure la prise de
mesures qui garantissent l’absence de code malveillant sur le
réseau connecté.
• Limitez l’accès physique à l’instrument et à toute
l’infrastructure informatique connectée (ordinateurs, câbles,
équipement réseau, etc.).
• Assurez-vous que la sauvegarde de l’instrument et les fichiers
d’archive sont protégés contre les accès non autorisés et
les sinistres. Cette liste inclut l’emplacement de stockage
à distance, les sites de récupération d’urgence ainsi que le
transfert sécurisé des fichiers de sauvegarde.
• Si possible, utilisez un pare-feu pour limiter le trafic sur le
réseau.
• Vous pouvez utiliser des clés USB pour différents types de
sauvegardes et restaurations. Une mauvaise manipulation
d’une clé USB peut entraîner une perte de données ou un
dysfonctionnement de l’instrument.
• Utilisez exclusivement des clés USB testées et installées par le
technicien de maintenance Roche.
• N’utilisez qu’un seul périphérique USB à la fois. Avant d’insérer
une clé USB, assurez-vous qu’aucun autre périphérique USB
n’est inséré.
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Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Procédure d’utilisation de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH
Matériel fourni
• Algorithme uPath HER2 Dual ISH
Matériel nécessaire mais non fourni
• uPath enterprise software
• Lames de tissus mammaires colorés avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay (à l’aide du VENTANA Silver ISH DNP Detection Kit et
du VENTANA Red ISH DIG Detection Kit) sur l’instrument BenchMark ULTRA
• Scanner de lames VENTANA DP 200
Avertissements et précautions
1. Pour utilisation en diagnostic in vitro (DIV).
2. Pour usage professionnel uniquement.
3. ATTENTION : Aux États-Unis, la loi fédérale stipule que ce produit peut être vendu uniquement par un médecin ou sur prescription
médicale. (Rx only)
4. Pour signaler toute suspicion d’événement grave lié à ce dispositif, contactez un représentant Roche local et l’autorité compétente
de l’État membre ou du pays dans lequel le dispositif est utilisé.
Procédure
1. Une lame d’échantillon de tissu mammaire est colorée avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay sur un instrument
BenchMark ULTRA.
2. L’acquisition d’image (lame entière) est réalisée avec le scanner de lames VENTANA DP 200 à un grossissement de 40x sur un
plan z.
3. Une fois les images numériques acquises, l’ordinateur relié au scanner de lames VENTANA DP 200 les transmet au système de
gestion d’images (IMS) sur un serveur centralisé.
4. Après le transfert au serveur, un cas est créé dans l’uPath enterprise software. La création de cas peut se faire soit
automatiquement par transmission au système d’information de laboratoire (LIS) des informations d’identification (c.-à-d. type
de tissu et test) contenues sur l’étiquette à code-barres de la lame, soit manuellement en saisissant les informations dans l’uPath
enterprise software (voir le guide d’utilisation de l’uPath enterprise software [réf. 1018943FR]).
5. Si l’algorithme uPath HER2 Dual ISH est installé (il doit être installé sur un autre serveur que celui de l’uPath enterprise software
et de l’IMS) et si une image 40× avec le colorant et le type de tissus appropriés est ouverte, l’uPath enterprise software lance
automatiquement l’analyse de la lame intégrale (WSA).
6. La WSA analyse automatiquement l’ensemble de l’image numérisée.
7. Au terme de la WSA, le logiciel indique à l’anatomopathologiste « analysis is complete » (l’analyse est terminée).
8. Quand l’anatomopathologiste accède à l’image, il a la possibilité de basculer vers une carte de densité qui fait ressortir les zones
appropriées pour l’attribution d’un score en fonction de la présence de signaux HER2.
9. Une fois qu’une zone appropriée est identifiée, l’anatomopathologiste peut sélectionner une ROI à l’aide de l’outil Quick ROI
(ROI rapide), qui génère automatiquement un carré de 0,4 × 0,4 mm pour attribuer un score aux 20 cellules tumorales
représentatives sélectionnées par l’algorithme uPath HER2 Dual ISH en fonction des critères suivants : taille des cellules, nombre
de signaux HER2 et Chr17 et qualité de la segmentation. Si l’anatomopathologiste n’est pas satisfait de la sélection des cellules,
9
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
il peut retirer et ajouter des cellules en les sélectionnant dans le volet ROI Details (Détails de la ROI) ou directement sur la ROI.
L’anatomopathologiste peut aussi supprimer la ROI initiale et la remplacer par une nouvelle ROI appartenant à une région de tissu
plus appropriée.
10. Si le ratio HER2/Chr17 est compris entre 1,8 et 2,2, l’anatomopathologiste peut utiliser la Quick ROI (ROI rapide) pour
dessiner une seconde ROI et analyser un nouvel ensemble de 20 cellules conformément à la fiche méthodologique du
VENTANA HER2 Dual ISH Assay. Néanmoins, si le score de la première ROI est < 1,8 ou > 2,2, l’outil Quick ROI (ROI rapide) est
désactivé et le statut du gène HER2 est déterminé uniquement en fonction de la première ROI. Si l’anatomopathologiste n’est pas
satisfait du score attribué par l’algorithme, il peut remplacer le score manuellement.
Coloration
• La préparation et la coloration des tissus doivent suivre les recommandations de la fiche méthodologique du
VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
• Si la coloration n’est pas conforme aux consignes de la fiche méthodologique VENTANA HER2 Dual ISH Assay, tous les contrôles
appropriés doivent être vérifiés et les lames de nouveau colorées.
• L’algorithme uPath HER2 Dual ISH requiert l’utilisation du VENTANA HER2 Dual ISH Assay et de tout autre matériel ou
consommable figurant sur la fiche méthodologique du VENTANA HER2 Dual ISH Assay pour colorer les tissus avant analyse.
• Le VENTANA HER2 Dual ISH Assay détermine le statut du gène HER2 dans le tissu mammaire FFPE coloré avec le VENTANA Silver
ISH DNP Detection Kit et le VENTANA Red ISH DIG Detection Kit sur un instrument BenchMark ULTRA.
Capture d’image
Les lames doivent être numérisées avec le scanner de lames VENTANA DP 200. Les images doivent être numérisées avec un
grossissement de 40×. Il est recommandé de privilégier les tissus dépourvus de plis et d’encre. Si des parties importantes de l’image
sont floues, il est recommandé de numériser de nouveau les lames. Pour plus d’informations sur la numérisation, consultez le guide
d’utilisation du scanner de lames VENTANA DP 200 (réf. 1017149FR).
Navigation générale : uPath enterprise software
L’uPath enterprise software est conçu pour être personnalisable en fonction des besoins des individus et des sites, notamment en
matière de configuration des rapports et d’interface utilisateur. Le présent guide d’utilisation de l’algorithme porte uniquement sur
les outils nécessaires à l’utilisation de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH. Pour plus d’informations sur l’uPath enterprise software,
consultez le guide d’utilisation de l’uPath enterprise software.
10
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Procédure de l’anatomopathologiste
Ouverture d’un cas
Vous pouvez accéder aux images de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH DNA Assay en double-cliquant sur un
cas ou en sélectionnant un cas et l’onglet Viewer (Visionneur) dans l’uPath enterprise software (figure 1).
Figure 1
Un écran s’ouvre avec toutes les images associées à un cas (figure 2).
Figure 2
11
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Une fois qu’une lame colorée avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay est numérisée avec un scanner de lames VENTANA DP 200 au
grossissement de 40×, l’image est importée dans l’uPath enterprise software et associée à un cas. L’algorithme uPath HER2 Dual ISH
lance automatiquement la WSA. Le temps nécessaire à l’étape de calcul préalable à la WSA dépend des spécifications du serveur,
de la taille des images et du nombre d’images dans la file d’attente. Une fois les images affichées, le message « waiting to start
auto-analysis » (en attente du démarrage de l’analyse automatique) indique que les images sont dans la file d’attente prêtes à être
analysées, et « analyzing » (analyse en cours) apparaît lorsque la WSA est en cours d’exécution (figures 3 et 4). Dès que l’uPath
enterprise software a terminé l’analyse WSA de l’image, le message « analysis successful » (analyse réussie) apparaît sous l’image de
la lame dans le Viewer (Visionneur) de l’uPath enterprise software (figure 5). Les images ne peuvent pas être évaluées avant la fin
de la WSA.
Figure 3
Figure 4
Figure 5
Carte de densité
L’étape de calcul préalable à la WSA permet à l’algorithme uPath HER2 Dual ISH de générer une carte de densité qui est disponible
dans le volet Slide Navigator (Explorateur de lame) (figure 6). La carte de densité peut être masquée ou affichée à l’aide des boutons
Hide Heatmap (Masquer la carte de densité) et Show Heatmap (Afficher la carte de densité) situés dans le coin inférieur droit du volet
Slide Navigator (Explorateur de lame) (figure 6). La carte de densité sert à identifier les zones avec une forte densité de signaux HER2,
qui sont considérées comme idéales pour l’attribution du score selon le guide d’interprétation du VENTANA HER2 Dual ISH Assay. Elle
varie du jaune (faible ratio HER2/Chr17) au rouge (ratio HER2/Chr17 élevé). Aucun calque ne s’affiche pour les zones (et les cas) où
l’algorithme ne détecte pas d’amplification. Malgré ce que montre la carte de densité, l’anatomopathologiste doit examiner l’image de
la même façon que pour une lecture manuelle.
REMARQUE : dans cet exemple, une grande partie de l’échantillon de tissu possède un ratio HER2/Chr17 élevé,
comme indiqué par les régions rouge sombre dans la carte de densité.
Figure 6
12
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Calque de cellules évaluables
Un calque délimitant des cellules évaluables en rouge s’affiche quand l’image est à un grossissement de 20× ou supérieur
(figure 7). L’algorithme uPath HER2 Dual ISH sélectionne des cellules évaluables en fonction des critères suivants : taille, présence
d’au moins un signal HER2 et un signal Chr17 et qualité de la segmentation (la cellule est clairement séparée des cellules voisines).
Si l’un de ces trois critères n’est pas satisfait, la cellule est considérée comme non évaluable et aucun calque ne s’affiche. Le calque
identifie les cellules évaluables, ce qui permet à l’utilisateur de déterminer quelles zones contiennent un nombre suffisant de
cellules tumorales évaluables.
Figure 7
Une fois que l’image a été examinée et qu’une zone d’intérêt a été identifiée (zone de cellules tumorales et coloration appropriée
des cellules de contrôle interne), utiliser l’outil Quick ROI (ROI rapide) pour lancer l’analyse (figure 8).
Figure 8
13
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
La sélection de l’outil Quick ROI (ROI rapide) entraîne les événements suivants :
1. Une ROI de 0,4 × 0,4 mm s’affiche au centre du Viewer (Visionneur) (figure 9).
2. Le calque de toutes les cellules évaluables disparaît de la ROI.
3. Un calque en gras rouge s’affiche, faisant ressortir les 20 cellules tumorales représentatives sélectionnées par l’algorithme
uPath HER2 Dual ISH dans la ROI (figure 9).
4. Le nombre de signaux HER2 et Chr17 s’affiche pour chaque cellule dans le volet escamotable ROI Details (Détails de la ROI)
(figure 10).
5. Le ratio HER2/Chr17, Total HER2 Signals (Nombre total de signaux HER2) et Total Chr17 Signals (Nombre total de signaux Chr17)
sont calculés et affichés dans le volet escamotable ROI Details (Détails de la ROI) (figure 10). L’utilisateur peut afficher le volet ROI
Details (Détails de la ROI) en appuyant sur l’icône d’escamotage (figure 11).
Figure 9
14
Figure 10
Figure 11
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Les anatomopathologistes peuvent sélectionner n’importe quelle cellule parmi les 20 cellules tumorales représentatives avec le
calque rouge pour afficher le nombre correspondant de signaux HER2 et Chr17 qui ont été identifiés au sein de cette cellule par
l’algorithme uPath HER2 Dual ISH.
La cellule est alors délimitée en vert, et le nombre correspondant est mis en surbrillance bleue dans le volet escamotable ROI
Details (Détails de la ROI) (figure 12). Inversement, la sélection de l’une des 20 cellules de la liste Cell Count (Numération des
cellules) figurant dans le volet escamotable ROI Details (Détails de la ROI) entraîne la délimitation de la cellule correspondante
en vert.
Figure 12
15
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Quick ROI (ROI rapide) : suppression
Si une ROI sélectionnée n’est pas optimale, vous pouvez la supprimer. Sélectionnez la Quick ROI (ROI rapide) en cliquant n’importe
où dans la ROI, puis sélectionnez l’icône Delete (Supprimer) dans le Slide Panel (Volet Lame) (figure 13) ou dans l’image de la
lame près de la ROI (figure 14). Une fenêtre de confirmation s’affiche. Sélectionnez Confirm (Confirmer) pour supprimer la ROI
sélectionnée. Sélectionnez Cancel (Annuler) pour conserver la ROI.
Figure 13
Figure 14
Quick ROI (ROI rapide) : remplacer des cellules
Si une ou plusieurs cellules sélectionnées identifiées par l’algorithme uPath HER2 Dual ISH ne sont pas conformes aux consignes
stipulées dans la fiche méthodologique du VENTANA HER2 Dual ISH Assay, sélectionnez la cellule en cliquant en son centre ou en
la choisissant dans la liste Cell Count (Numération des cellules). Supprimez la cellule en sélectionnant l’icône Delete (Supprimer)
au-dessus du bouton Confirm (Confirmer) dans le volet escamotable ROI Details (Détails de la ROI) (figure 15). Après sélection de
l’icône Delete (Supprimer), les nombres de signaux HER2 et Chr17 de la cellule sont supprimés de la liste des cellules, et la cellule
mise en surbrillance correspondante est supprimée de la ROI (ligne 8 dans la figure 16). L’icône Add (Ajouter) est alors activée
(figure 16). Choisissez le bouton Add (Ajouter) et dessinez autour de la nouvelle cellule à laquelle attribuer un score.
Figure 15
16
Figure 16
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Confirmation de la validité des contrôles internes
L’algorithme uPath HER2 Dual ISH nécessite que l’utilisateur confirme la présence de contrôles internes valides dans la ROI
(figure 17) avant de pouvoir conclure. La définition de cellules de contrôles internes valides figure dans le guide d’interprétation
du VENTANA HER2 Dual ISH Assay. Si l’utilisateur estime que le contrôle interne dans la ROI ne satisfait pas aux critères définis
par le VENTANA HER2 Dual ISH Assay, il doit la supprimer et sélectionner une nouvelle ROI avec l’outil Quick ROI (ROI rapide).
La sélection par défaut pour le contrôle interne avec la ROI est Not Valid (Non valide) (figure 18).
REMARQUE : pour pouvoir passer à l’étape de confirmation, il faut qu’un score soit attribué à 20 cellules tumorales
représentatives et que les contrôles internes soient marqués comme Valid (Valides) dans le volet ROI Details (Détails
de la ROI).
Figure 17
Figure 18
Confirmation de la ROI
Si toutes les cellules sélectionnées sont acceptables et si l’utilisateur marque les contrôles internes comme Valid (Valides),
le ratio HER2/Chr17 peut être confirmé à l’aide du bouton Confirm (Confirmer) (figure 19).
Figure 19
17
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Si le HER2/Chr17 Ratio (Ratio HER2/Chr17) est supérieur à 2,2 ou inférieur à 1,8, le volet escamotable Slide Score (Score de la lame)
s’affiche (figure 20) ; une ROI supplémentaire n’est pas nécessaire pour la conclusion du cas. Si le score de la ROI est compris entre 1,8
et 2,2, une seconde Quick ROI (ROI rapide) est nécessaire avant la conclusion du cas. Une fois que la seconde ROI est sélectionnée et
confirmée, le volet escamotable Slide Score (Score de la lame) s’affiche. La seconde Quick ROI (ROI rapide) ne peut se superposer à la
ROI initiale.
Figure 21
Figure 20
Dans le volet escamotable Slide Score (Score de la lame), l’utilisateur a la possibilité de modifier l’Heterogeneity (Hétérogénéité),
les HER2 Clusters (Clusters HER2) et les Chr17 Clusters (Clusters Chr17). La valeur par défaut pour ces trois paramètres est « NO »
(NON) et elle doit être modifiée par l’anatomopathologiste en conséquence. Dans la figure 21, la valeur pour les clusters HER2 a été
remplacée par « YES » (OUI). L’anatomopathologiste doit sélectionner Reviewed (Vérifié) pour activer le bouton Confirm (Confirmer).
Après confirmation, le volet escamotable Slide Score (Score de la lame) est masqué.
Le volet Slide Score (Score de la lame) s’affiche ou se masque en appuyant sur l’icône d’escamotage (figure 22). Le même bouton sert
aussi à afficher le volet ROI Details (Détails de la ROI).
Figure 22
18
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Remplacement d’un score manuellement
Vous pouvez remplacer manuellement les scores en cliquant sur l’icône d’escamotage du volet Slide Score (Score de la lame) dans
le Slide Panel (Volet Lame) en regard du Slide Score (Score de la lame) (figure 22). Le volet escamotable Slide Score (Score de
la lame) s’affiche (figure 23). Choisissez le bouton Edit (Modifier) (figure 23) dans le volet escamotable Slide Score (Score de la
lame) pour saisir manuellement un score (figure 24). Le champ Comments (Commentaires) permet d’insérer des remarques sur le
cas et/ou sur le motif du remplacement du score automatique. Après la saisie manuelle d’un score, cliquez sur le bouton Confirm
(Confirmer) (figure 24). Un message de confirmation s’affiche ; sélectionnez « Yes » (Oui).
Figure 24
Figure 23
Le score indiqué dans le Slide Panel (Volet Lame) est le score saisi manuellement. Le score d’analyse de l’image en regard de la
ROI n’apparaît plus (figure 25).
Figure 25
19
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Caractéristiques de coloration
Consultez la fiche méthodologique et le guide d’interprétation du VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
Évaluation du VENTANA HER2 Dual ISH Assay
Le VENTANA HER2 Dual ISH Assay sert à détecter quantitativement un ratio entre HER2 et Chr17 à l’aide de sondes d’ISH
chromogénique bicolore dans les prélèvements de tissus de cancer du sein humain fixés au formol et inclus en paraffine, après
coloration sur un instrument BenchMark IHC/ISH. L’algorithme uPath HER2 Dual ISH est conçu comme aide à l’attribution du score
du test par l’anatomopathologiste.
Évaluation de la coloration par l’algorithme uPath HER2 Dual ISH
Les signaux d’ISH sont visualisés sous forme de copies uniques, de copies multiples et de clusters. Les copies uniques dans les
cellules normales sont utilisées comme référence pour dénombrer les signaux dans les noyaux des cellules du carcinome. Avant de
dénombrer les signaux HER2 et Chr17 pour déterminer le statut du gène HER2, il est essentiel de déterminer si la zone cible invasive
(le tissu lésionnel) est bien colorée et satisfait aux critères décrits dans le guide d’interprétation du VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
Si la cible ne permet pas le dénombrement, l’anatomopathologiste doit se reporter à la section Troubleshooting (Résolution des
problèmes) du guide d’interprétation du VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
Exemples de cellules évaluables
Comme décrit précédemment, une fois que l’anatomopathologiste agrandit l’image à un grossissement de 20×, l’algorithme affiche un
calque de cellules évaluables. La définition d’une cellule évaluable est indiquée plus haut dans la section sur les cellules évaluables.
Vous trouverez ci-dessous des exemples d’images avec le calque de cellules évaluables (figures 26, 27 et 28).
Figure 26 : images numérisées de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath enterprise software
montrant le calque rouge identifiant les cellules évaluables à un grossissement de 20×.
20
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Figure 27 : images numérisées de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath
enterprise software montrant le calque rouge identifiant les cellules évaluables à un grossissement de 20×.
Figure 28 : images numérisées de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath
enterprise software montrant le calque rouge identifiant les cellules évaluables à un grossissement de 20×.
21
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Exemples de 20 cellules tumorales représentatives auxquelles un score a été attribué
Comme décrit précédemment, une fois que l’utilisateur a sélectionné une ROI avec l’outil Quick ROI (ROI rapide), l’algorithme
sélectionne 20 cellules tumorales représentatives dans la ROI. Des exemples de 20 cellules sélectionnées par l’algorithme sont
présentés ci-dessous (figures 29, 30 et 31).
Figure 29 : images numérisées de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath enterprise software
montrant les 20 cellules tumorales évaluées dans la ROI générée à l’aide de l’outil Quick ROI (ROI rapide).
22
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Figure 30 : images numérisées de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath enterprise software
montrant les 20 cellules tumorales évaluées dans la ROI générée à l’aide de l’outil Quick ROI (ROI rapide).
23
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Figure 31 : images numérisées de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath enterprise software
montrant les 20 cellules tumorales évaluées dans la ROI générée à l’aide de l’outil Quick ROI (ROI rapide).
24
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
L’utilisateur a la possibilité de remplacer des cellules individuelles. Des exemples de cellules que l’utilisateur peut souhaiter remplacer
sont présentés ci-dessous.
Figure 32 : exemple d’un cluster de 3 cellules sélectionné comme cellule représentative par l’algorithme uPath HER2 Dual ISH.
Figure 33 : exemple d’une cellule sans signaux noirs pour le gène HER2 sélectionnée comme cellule représentative par l’algorithme
uPath HER2 Dual ISH.
Figure 34 : exemple d’une partie de cellule sélectionnée comme cellule représentative par l’algorithme uPath HER2 Dual ISH.
Figure 35 : exemple d’une cellule sans signaux HER2 ni signaux Chr17 perceptibles sélectionnée comme cellule représentative par
l’algorithme uPath HER2 Dual ISH.
25
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Exemples de cartes de densité
Comme décrit précédemment, une carte de densité s’affiche pour orienter l’utilisateur vers les zones d’intérêt potentielles. Les
figures 36, 37 et 38 ci-dessous représentent quelques exemples de cartes de densité.
Figure 36 : carte de densité
Figure 37 : carte de densité pour un
Figure 38 : carte de densité pour
pour un échantillon de
échantillon de tissu comportant de
un échantillon de tissu comportant
tissu avec un faible nombre
grandes régions avec une amplification
de grandes régions avec une forte
d’amplifications. Les zones qui
modérée identifiée par une couleur jaune/
amplification identifiée par une
ne ressortent pas dans la carte
orange. Les zones qui ne ressortent pas
couleur rouge sombre. Les zones
de densité sont considérées par
dans la carte de densité sont considérées
qui ne ressortent pas dans la carte
l’algorithme comme n’ayant pas
par l’algorithme comme n’ayant pas
de densité sont considérées par
d’amplification.
d’amplification.
l’algorithme comme n’ayant pas
d’amplification.
La carte de densité oriente l’utilisateur vers les zones ayant plus de signaux HER2 que de signaux Chr17. Des artefacts peuvent
toutefois contribuer à produire des faux positifs sur le calque de la carte de densité (figure 39). Par conséquent, malgré ce que
montre la carte de densité, les anatomopathologistes doivent examiner l’image conformément aux consignes stipulées dans le guide
d’interprétation du VENTANA HER2 Dual ISH Assay.
26
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Figure 39 : la figure 39 présente un artefact marqué comme région amplifiée dans la carte de densité.
27
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Zones à éviter lors de l’utilisation de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH
Figure 40 : image numérisée de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath enterprise software
présentant un pli de tissu. Les anatomopathologistes doivent éviter les zones avec des plis de tissu, car ils peuvent entraîner l’attribution
d’un score incorrect.
28
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Figure 41 : image numérisée de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath enterprise software
présentant une région de cellules en cluster. Les anatomopathologistes doivent éviter les zones de cellules qui ne sont pas bien
segmentées ou ajouter/supprimer autant de cellules que nécessaire.
29
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Figure 42 : image numérisée de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH Assay dans l’uPath enterprise software
présentant une région avec une forte proportion de cellules immunitaires. Les anatomopathologistes doivent éviter les zones
comportant une forte proportion de cellules immunitaires ou ajouter/supprimer autant de cellules que nécessaire, car elles peuvent
être sélectionnées par l’algorithme pour l’attribution du score.
30
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Figure 43 : image numérisée de tissu mammaire coloré avec le VENTANA HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail dans l’uPath enterprise
software présentant une région de tissu avec une faible proportion de cellules tumorales. Les anatomopathologistes doivent éviter les
zones à faible proportion de cellules tumorales ou ajouter/supprimer autant de cellules que nécessaire.
31
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Caractéristiques de performances
Les performances de l’algorithme uPath HER2 Dual ISH ont été évaluées par des études de concordance interlecteurs, de concordance
intralecteur, de comparaison des méthodes et de concordance interscanners et intrascanner. Toutes les analyses ont été réalisées avec
l’algorithme uPath HER2 Dual ISH dans l’uPath enterprise software. Les anatomopathologistes participants ont suivi les consignes
figurant dans le présent guide d’utilisation de l’algorithme pour l’ensemble des études. Tous les échantillons de tissus ont été colorés avec
le VENTANA HER2 Dual ISH Assay à l’aide du VENTANA Silver ISH DNP Detection Kit et du VENTANA Red ISH DIG Detection Kit sur un
instrument BenchMark ULTRA, puis numérisés à l’aide du scanner de lames VENTANA DP 200 avec un grossissement de 40×. Seules
les lames ou les images de lames considérées comme acceptables d’après les consignes figurant dans la fiche méthodologique du
VENTANA HER2 Dual ISH Assay ont été utilisées. Tous les échantillons avec un score inférieur au seuil de 2,0 ont été considérés comme
négatifs et tous les échantillons avec un score supérieur ou égal au seuil de 2,0 ont été considérés comme amplifiés.
Comparaison des méthodes
Une étude de comparaison des méthodes a été réalisée pour comparer les scores obtenus en utilisant l’algorithme d’analyse d’image
(IA) uPath HER2 Dual ISH pour des prélèvements de carcinome mammaire colorés à l’aide du VENTANA HER2 Dual ISH avec
les scores attribués par les 3 mêmes anatomopathologistes par lecture manuelle (MR) des mêmes cas. Au total, 652 évaluations
provenant de chaque méthode ont été incluses dans la comparaison. La réalité de terrain (GT) a été utilisée comme référence pour
le calcul du taux de concordance pour les positifs (PPA), du taux de concordance pour les négatifs (NPA) et du taux de concordance
globale (OPA), tant pour l’IA que pour la MR. La différence entre les PPA, NPA et OPA de l’IA et de la MR est également indiquée pour
démontrer la concordance entre les scores obtenus par IA et par MR.
Tableau 3.
Statut MR
Statut GT
Amplifié
Non amplifié
Total
Statut IA
Amplifié
Non amplifié
Total
Amplifié
309
3
312
Non amplifié
2
7
9
Total
311
10
321
PPA MR n/N (%) (CI 95 %)
311/321 (96,9)
(94,2, 99,0)
PPA IA n/N (%) (CI 95 %)
312/321 (97,2)
(95,0, 99,3)
Différence entre les PPA (IA - MR) n/N (%) (CI 95 %)
1/321 (0,3)
(-0,9, 1,8)
Amplifié
8
11
19
Non amplifié
0
312
312
Total
8
323
331
NPA MR n/N (%) (CI 95 %)
323/331 (97,6)
(95,8, 99,4)
NPA IA n/N (%) (CI 95 %)
312/331 (94,3)
(90,8, 97,3)
Différence entre les NPA (IA - MR) n/N (%) (CI 95 %)
-11/331 (-3,3)
(-6,2, -1,2)
Amplifié
317
14
331
Non amplifié
2
319
321
Total
319
333
652
OPA MR n/N (%) (CI 95 %)
634/652 (97,2)
(95,7, 98,6)
OPA IA n/N (%) (CI 95 %)
624/652 (95,7)
(93,8, 97,5)
Différence entre les OPA (IA - MR) n/N (%) (CI 95 %)
-10/652 (-1,5)
(-3,1, -0,2)
Remarque : les intervalles de confiance bilatéraux à 95 % ont été calculés à l’aide de la méthode du percentile bootstrap, les cas étant stratifiés dans 4 classes de dépistage.
Remarque : GT = réalité de terrain, IA = analyse d’images, MR = lecture manuelle Remarque : cette analyse inclut les résultats des 3 anatomopathologistes de l’étude.
32
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Études de reproductibilité des résultats des anatomopathologistes
Les études de reproductibilité des résultats des anatomopathologistes pour l’algorithme uPath HER2 Dual ISH ont porté sur
655 évaluations basées sur 220 cas individuels de cancer du sein pour la concordance interlecteurs, ainsi que sur 120 évaluations
basées sur 40 cas individuels de cancer du sein pour la concordance intralecteur. Les échantillons testés au cours des études ont été
interprétés par trois différents anatomopathologistes qualifiés.
Tableau 4. Concordance interlecteurs pour le statut du gène HER2
Résultat modal
Méthode
Lecteur
Résultat lecteur
Non amplifié
Total
Mesure [a]
% (n/N)
CI à 95 % [b]
322
11
333
PPA
98,8 (322/326)
(97,6, 99,7)
4
318
322
NPA
96,7 (318/329)
(94,8, 98,4)
Total
326
329
655
OPA
97,7 (640/655)
(96,6, 98,6)
Amplifié
109
5
114
PPA
100,0 (109/109)
(96,6, 100,0)
0
105
105
NPA
95,5 (105/110)
(89,8, 98,0)
Total
109
110
219
OPA
97,7 (214/219)
(94,8, 99,0)
Amplifié
105
0
105
PPA
96,3 (105/109)
(90,9, 98,6)
4
109
113
NPA
100,0 (109/109)
(96,6, 100,0)
Total
109
109
218
OPA
98,2 (214/218)
(95,4, 99,3)
Amplifié
108
6
114
PPA
100,0 (108/108)
(96,6, 100,0)
0
104
104
NPA
94,5 (104/110)
(88,6, 97,5)
108
110
218
OPA
97,2 (212/218)
(94,1, 98,7)
Amplifié
Total
Lecteur 1
WTA IA
Lecteur 2
Lecteur 3
Concordance
Amplifié
Non amplifié
Non amplifié
Non amplifié
Non amplifié
Total
IA = analyse d’images [a] PPA = taux de concordance pour les positifs, NPA = taux de concordance pour les négatifs, OPA = taux de concordance globale. [b] Pour le
résultat de l’ensemble des lecteurs, les intervalles de confiance ont été calculés à l’aide de la méthode du percentile bootstrap. Pour les résultats de chaque lecteur, les
intervalles de confiance ont été calculés à l’aide de la méthode du score de Wilson. Remarque : seules les observations sans omission de résultats d’évaluation ont été
incluses dans cette analyse.
Tableau 5. Concordance intralecteur pour le statut du gène HER2
Résultat modal
Méthode
Lecteur
Total
Lecteur 1
WTA IA
Lecteur 2
Lecteur 3
Résultat lecteur
Concordance
Amplifié
Non amplifié
Total
Mesure [a]
% (n/N)
CI à 95 % [b]
Amplifié
60
0
60
PPA
100,0 (60/60)
(94,0, 100,0)
Non amplifié
0
60
60
NPA
100,0 (60/60)
(94,0, 100,0)
Total
60
60
120
OPA
100,0 (120/120)
(96,9, 100,0)
Amplifié
20
20
114
PPA
100,0 (20/20)
(83,9, 100,0)
Non amplifié
0
20
20
NPA
100,0 (20/20)
(83,9, 100,0)
Total
20
20
40
OPA
100,0 (40/40)
(91,2, 100,0)
Amplifié
20
0
20
PPA
100,0 (20/20)
(83,9, 100,0)
Non amplifié
0
20
20
NPA
100,0 (20/20)
(83,9, 100,0)
Total
20
20
40
OPA
100,0 (40/40)
(91,2, 100,0)
Amplifié
20
0
20
PPA
100,0 (20/20)
(83,9, 100,0)
Non amplifié
0
20
20
NPA
100,0 (20/20)
(83,9, 100,0)
Total
20
20
40
OPA
100,0 (40/40)
(91,2, 100,0)
IA = analyse d’images [a] PPA = taux de concordance pour les positifs, NPA = taux de concordance pour les négatifs, OPA = taux de concordance globale. [b] Tous les
intervalles de confiance ont été calculés à l’aide de la méthode du score de Wilson. Remarque : seules les observations sans évaluation manquante ont été incluses à
cette analyse.
33
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Études de reproductibilité des résultats des scanners
Les études de reproductibilité des résultats des scanners pour l’algorithme uPath HER2 Dual ISH ont porté sur 353 évaluations
basées sur 120 cas individuels de cancer du sein. Un technicien de laboratoire dûment formé a réalisé 3 numérisations des lames sur
3 différents scanners de lames VENTANA DP 200 avec un grossissement de 40×. Les images ont ensuite été analysées à l’aide de
l’algorithme uPath HER2 Dual ISH. Les scores ont été comparés entre les scanners.
Tableau 6. Concordance interscanners pour le statut du gène HER2
Résultat modal
Méthode
Scanner
Résultat scanner
Amplifié
Non amplifié
Total
Mesure [a]
% (n/N)
CI à 95 % [b]
178
0
178
PPA
98,9 (178/180)
(97,8, 100,0)***
2
173
175
NPA
100,0 (173/173)
(97,8, 100,0)**
Total
180
173
353
OPA
99,4 (351/353)
(98,8, 100,0)***
Amplifié
59
0
59
PPA
98,3 (59/60)
(96,7, 100,0)***
Non amplifié
1
58
59
NPA
100,0 (58/58)
(93,8, 100,0)**
Total
60
58
118
OPA
99,2 (117/118)
(98,3, 100,0)***
Amplifié
59
0
59
PPA
98,3 (59/60)
(96,7, 100,0)***
Non amplifié
1
56
57
NPA
100,0 (56/56)
(93,6, 100,0)**
Total
60
56
116
OPA
99,1 (115/116)
(98,2, 100,0)***
Amplifié
60
0
60
PPA
100,0 (60/60)
(94,0, 100,0)**
Non amplifié
0
59
59
NPA
100,0 (59/59)
(93,9, 100,0)**
Total
60
59
119
OPA
100,0 (119/119)
(96,9, 100,0)**
Amplifié
Total
Scanner 1
WTA IA
Scanner 2
Scanner 3
Concordance
Non amplifié
Remarque : IA = analyse d’images [a] PPA = taux de concordance pour les positifs, NPA = taux de concordance pour les négatifs, OPA = taux de concordance globale.
[b] Les intervalles de confiance ont été calculés à l’aide de la méthode du percentile bootstrap (***) ou de la méthode du score de Wilson (**). Remarque : seules les
observations sans évaluation manquante ont été incluses à cette analyse.
Tableau 7. Concordance intrascanner pour le statut du gène HER2
Résultat modal
Méthode
Scanner
Résultat scanner
Amplifié
Non amplifié
Total
Mesure [a]
% (n/N)
CI à 95 % [b]
178
0
178
PPA
98,9 (178/180)
(97,8, 100,0)***
2
173
175
NPA
100,0 (173/173)
(97,8, 100,0)**
Total
180
173
353
OPA
99,4 (351/353)
(98,8, 100,0)***
Amplifié
59
0
59
PPA
98,3 (59/60)
(96,7, 100,0)***
Non amplifié
1
58
59
NPA
100,0 (58/58)
(93,8, 100,0)**
Total
60
58
118
OPA
99,2 (117/118)
(98,3, 100,0)***
Amplifié
59
0
59
PPA
98,3 (59/60)
(96,7, 100,0)***
Non amplifié
1
56
57
NPA
100,0 (56/56)
(93,6, 100,0)**
Total
60
56
116
OPA
99,1 (115/116)
(98,2, 100,0)***
Amplifié
60
0
60
PPA
100,0 (60/60)
(94,0, 100,0)**
Non amplifié
0
59
59
NPA
100,0 (59/59)
(93,9, 100,0)**
Total
60
59
119
OPA
100,0 (119/119)
(96,9, 100,0)**
Amplifié
Total
Scanner 1
WTA IA
Scanner 2
Scanner 3
Concordance
Non amplifié
Remarque : IA = analyse d’images [a] PPA = taux de concordance pour les positifs, NPA = taux de concordance pour les négatifs, OPA = taux de concordance globale.
[b] Les intervalles de confiance ont été calculés à l’aide de la méthode du percentile bootstrap (***) ou de la méthode du score de Wilson (**). Remarque : seules les
observations sans évaluation manquante ont été incluses à cette analyse.
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Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Résolution des problèmes
Relancer une analyse après un échec
Si une erreur survient pendant une WSA dans l’uPath enterprise software, le message « analysis error » (erreur d’analyse) apparaît
sous l’image de la lame dans une barre rouge (figure 44).
Figure 44
Pour pouvoir relancer une analyse dans l’uPath enterprise software, vous devez d’abord vous connecter en tant qu’administrateur
(figure 45).
Figure 45
Sous Administrator Settings (Paramètres administrateur), cliquez sur Job Queue (File d’attente des tâches) (figure 46).
Figure 46
35
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Sélectionnez l’onglet Failed (Échec) pour afficher toutes les lames dont les analyses ont échoué. Sélectionnez la lame à analyser afin
d’activer les boutons Cancel Job (Annuler la tâche) et Start Job (Commencer la tâche) (figure 47).
Figure 47
Choisissez Start Job (Commencer la tâche) (figure 47) pour lancer l’analyse ; le message « Job scheduled successfully » (Tâche
planifiée) s’affiche dans une barre verte en haut de l’écran si tout se déroule correctement (figure 48).
Figure 48
36
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
L’image de la lame apparaît à présent sur la page Pending (En attente). Une fois sur cette page, il est possible de réorganiser les tâches
par ordre de priorité s’il y a plusieurs images dans la file d’attente (figure 49).
Figure 49
Au bout de quelques secondes, l’image de la lame supérieure passe sur la page In-Progress (En cours) accompagnée d’une barre de
progression. Il n’est pas nécessaire de rester sur cette page pour procéder à l’analyse (figure 50).
Figure 50
37
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Une fois que l’analyse d’une lame est terminée, elle passe sur la page Canceled/Complete (Annulé/terminé) (figure 51). Dans l’uPath
Viewer (Visionneur), le message « analysis successful » (analyse réussie) apparaît sous l’image de la lame et toutes les fonctionnalités
d’analyse relatives à cette lame deviennent disponibles (figure 52).
Figure 51
Figure 52
38
Guide d’utilisation de l’algorithme d’analyse d’image uPath HER2 Dual ISH pour le cancer du sein
Références
1. Charpin C, Garcia S, Bouvier C, et al. c-erbB-2 oncoprotein detected by automated quantitative immunocytochemistry in breast
carcinomas correlates with patients’ overall and disease-free survival. Br J Cancer. 1997;75:1667-1673.
2. Akiyama T, Sudo C, Ogawara H, Toyoshima K, Yamamoto T. The product of the human c-erbB-2 Gene: A 185-kilodalton
glycoprotein with tyrosine kinase activity. Science. 1986;232:1644-1646.
3. Slamon DJ, Clark GM, Wong SG, et al. Human breast cancer: correlation of relapse and survival with amplification of the
HER-2/neu oncogene. Science. 1987;235(4785):177-182.
4. Narita M, Nakao K, Ogino N, Nakahara M, et al. Independent prognostic factors in breast cancer patients. Am J Surg.
1998;175(1):73-75.
5.
O’Reilly SM, Barns DM, Camplejohn RS, et al. The relationship between c-erbB-2 expression, S-phase fraction, and prognosis in
breast cancer. Br J Cancer. 1991;63(3):444-446.
6. Pregram MD, Finn RS, Arzoo K, et al. The effect of HER-2/neu overexpression on chemotherapeutic drug sensitivity in human
breast and ovarian cancer cells. Oncogene. 1997;15(5):537-547.
7.
Press MF, Pike MC, Cazin VR, et al. HER-2/neu expression in node-negative breast cancer: direct tissue quantitation by
computerized image analysis and association of overexpression with increased risk of recurrent disease. Cancer Res.
1993;53(20):4960-4970.
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2020-12-08
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