cytiva AKTA oligopilot plus Mode d'emploi

ÄKTA oligopilot plus
Mode d’emploi
Traduit de l’anglais
cytiva.com
Table des matières
Table des matières
1
Introduction ........................................................................................................ 5
1.1
1.2
1.3
2
Consignes de sécurité ........................................................................................ 11
2.1
2.2
2.3
3
À propos de ce manuel ................................................................................................................................. 6
Informations importantes pour l’utilisateur ........................................................................................ 7
Documentation connexe ............................................................................................................................ 9
Consignes de sécurité .................................................................................................................................. 12
Étiquettes ......................................................................................................................................................... 22
Procédures d'urgence .................................................................................................................................. 23
Description du système ..................................................................................... 25
3.1
3.2
Vue d’ensemble du système ...................................................................................................................... 26
Composants du système ............................................................................................................................ 29
3.2.1
3.2.2
3.2.3
3.2.4
3.2.5
3.2.6
3.2.7
3.3
4
Éléments nécessaires .................................................................................................................................. 66
Préparation des solutions ........................................................................................................................... 69
Préparation d’une synthèse de vérification ......................................................................................... 74
Préparation du réacteur de colonne ....................................................................................................... 77
Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée ............................................ 79
Ajout de flacons d'amidite supplémentaires ....................................................................................... 80
Fonctionnement ................................................................................................. 83
7.1
7.2
7.3
7.4
2
Test d'installation .......................................................................................................................................... 55
Synthèse de vérification .............................................................................................................................. 61
Réinstallation du système .......................................................................................................................... 62
Procédure de pré-synthèse ............................................................................... 65
6.1
6.2
6.3
6.4
6.5
6.6
7
Exigences relatives au site ......................................................................................................................... 48
Transport .......................................................................................................................................................... 49
Déballage .......................................................................................................................................................... 51
Assemblage ..................................................................................................................................................... 52
Raccordements .............................................................................................................................................. 53
Installation, vérification et réinstallation du système .................................... 54
5.1
5.2
5.3
6
Logiciel de commande ................................................................................................................................. 46
Installation .......................................................................................................... 47
4.1
4.2
4.3
4.4
4.5
5
Pompes P-900 ................................................................................................................................................ 30
Vannes .............................................................................................................................................................. 31
Moniteurs ......................................................................................................................................................... 34
Limiteur de débit FR-902 ........................................................................................................................... 36
Alimentation en gaz inerte ....................................................................................................................... 37
Accessoires ..................................................................................................................................................... 39
Colonnes et réacteurs ................................................................................................................................ 43
Vue d’ensemble du fonctionnement ...................................................................................................... 84
Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système. ...................................... 85
Configuration d’une analyse ...................................................................................................................... 88
Préparatifs avant le démarrage ................................................................................................................ 93
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Table des matières
7.5
Exécution d’une analyse .............................................................................................................................. 94
8
Procédure de post-synthèse ............................................................................. 102
9
Maintenance ....................................................................................................... 105
9.1
9.2
9.3
Programme de maintenance utilisateur .............................................................................................. 107
Nettoyage ......................................................................................................................................................... 111
Maintenance des composants ................................................................................................................. 114
9.3.1
9.3.2
9.3.3
9.4
Désassemblage et assemblage des composants et consommables ........................................ 118
9.4.1
9.4.2
9.4.3
9.4.4
9.4.5
9.5
9.6
9.7
9.8
Introduction .................................................................................................................................................... 115
Purge de la pompe P-900 .......................................................................................................................... 116
Amorçage du système de rinçage du joint de piston de la pompe P-900 ............................ 117
Consignes de sécurité ................................................................................................................................ 119
Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900 ...................................................... 120
Remplacement d’un piston endommagé .......................................................................................... 130
Nettoyage et remplacement des clapets antiretour d’entrée et de sortie .......................... 131
Remplacement des vannes IV-908 etINV-907H ............................................................................. 133
Remplacement des fusibles ....................................................................................................................... 134
Étalonnage ....................................................................................................................................................... 135
Préparation à la mise en veille du système ÄKTA oligopilot plus ................................................. 136
Stockage ........................................................................................................................................................... 137
10 Dépannage .......................................................................................................... 138
10.1
10.2
10.3
10.4
10.5
10.6
10.7
10.8
10.9
10.10
Problèmes relatifs aux courbes d'UV ...................................................................................................... 139
Problèmes relatifs au moniteur ................................................................................................................ 140
Problèmes des courbes de conductivité ............................................................................................... 141
Pompe P-900 ................................................................................................................................................... 143
Tubulures et raccords .................................................................................................................................. 146
Contrepression élevée dans le système ............................................................................................... 147
Vannes IV-908 et INV-907-H ..................................................................................................................... 148
Problèmes chimiques ................................................................................................................................... 149
Pics de tritylation erronés ........................................................................................................................... 150
Aucun pic détecté .......................................................................................................................................... 151
11 Informations de référence ................................................................................. 154
11.1
Caractéristiques ............................................................................................................................................. 155
11.1.1
11.1.2
11.1.3
11.2
11.3
11.4
Résistance chimique .................................................................................................................................... 161
Informations sur le recyclage .................................................................................................................... 163
Informations réglementaires .................................................................................................................... 164
11.4.1
11.4.2
11.4.3
11.4.4
11.4.5
11.4.6
11.4.7
11.5
Instrument ÄKTA oligopilot plus ............................................................................................................ 156
Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus .................................................. 157
Caractéristiques des pompes P-900 .................................................................................................... 160
Coordonnées de contact ........................................................................................................................... 165
Union européenne et Espace économique européen .................................................................. 166
Eurasian Economic Union
Евразийский экономический союз .................................................................................................. 167
Réglementations pour l’Amérique du Nord ...................................................................................... 169
Réglementations .......................................................................................................................................... 170
Déclaration DoHS relative aux substances dangereuses .......................................................... 171
Autres règlementations et normes ...................................................................................................... 173
Informations de commande ...................................................................................................................... 174
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3
Table des matières
11.6
Formulaire de déclaration de santé et de sécurité ........................................................................... 175
Annexe A: Tubulure .................................................................................................... 177
Annexe B: Chimie de la synthèse d’oligonucléotides ............................................. 181
B.1
B.2
B.3
B.4
B.5
B.6
B.7
La réaction de couplage .............................................................................................................................. 182
Chimie de protection .................................................................................................................................... 184
Chimie de l’activation ................................................................................................................................... 188
Le support solide ............................................................................................................................................ 189
Le cycle de synthèse ..................................................................................................................................... 190
Traitement post-synthétique ................................................................................................................... 195
Oligonucléotides thiolés ............................................................................................................................. 197
Annexe C: Analyse et purification d'oligonucléotides ........................................... 198
Annexe D: Graphiques de la synthèse ...................................................................... 202
D.1
D.2
D.3
D.4
D.5
D.6
D.7
D.8
D.9
D.10
D.11
Vue d’ensemble du cycle de synthèse ................................................................................................... 203
Lavage de la colonne .................................................................................................................................... 204
Détritylation ..................................................................................................................................................... 205
Lavage de détritylation ................................................................................................................................ 206
Ajout des réactifs de couplage .................................................................................................................. 207
Recirculation des réactifs de couplage ................................................................................................. 208
Lavage du couplage ...................................................................................................................................... 209
Oxydation .......................................................................................................................................................... 210
Lavage de l’oxydation ................................................................................................................................... 211
Capping ............................................................................................................................................................. 212
Lavage du capping ......................................................................................................................................... 213
Annexe E: Description de la méthode pour le système ÄKTA oligopilot plus ....... 214
Annexe F: Variables de méthode .............................................................................. 217
Annexe G: Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus ........................................ 220
Annexe H: Calculs de stratégie ................................................................................. 249
H.1
H.2
H.3
H.4
H.5
H.6
H.7
Échelle ................................................................................................................................................................ 250
Couplage ........................................................................................................................................................... 251
Flux continu ...................................................................................................................................................... 253
Flux de recyclage ............................................................................................................................................ 254
Réactif d'oxydation ........................................................................................................................................ 255
Réactif de capping ......................................................................................................................................... 257
Réactif de thiolation ...................................................................................................................................... 259
Annexe I: Schémas de raccordement ....................................................................... 260
I.1
I.2
4
Circuit de liquide et composants ............................................................................................................. 261
Schéma de raccordement gaz .................................................................................................................. 263
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
1 Introduction
1
Introduction
À propos de ce chapitre
Ce chapitre contient des informations importantes pour l'utilisateur, l'utilisation
prévue des systèmes ÄKTA oligopilot plus, des définitions des consignes de sécurité,
des informations réglementaires, et des listes de documents associés.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
1.1
À propos de ce manuel
6
1.2
Informations importantes pour l’utilisateur
7
1.3
Documentation connexe
9
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
5
1 Introduction
1.1 À propos de ce manuel
1.1
À propos de ce manuel
Objectif de ce manuel
Le Mode d'emploi fournit les informations nécessaires à l'installation, l'utilisation et la
maintenance du produit en toute sécurité.
Champ d’application de ce manuel
Ce Mode d'emploi couvre les instruments ÄKTA oligopilot plus 10 et ÄKTA oligopilot
plus 100 ainsi que le logiciel de commande UNICORN™ . La photo ci-dessous représente le système ÄKTA oligopilot plus et le système de commande logiciel.
Conventions typographiques
Les éléments logiciels sont identifiés dans le texte par des caractères gras en
italique.
Les éléments matériels sont identifiés dans le texte par des caractères gras.
Au format électronique, les références en italique représentent des liens hypertextes
sur lesquels il est possible de cliquer.
6
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
1 Introduction
1.2 Informations importantes pour l’utilisateur
1.2
Informations importantes pour l’utilisateur
À lire avant d'utiliser le produit
Tous les utilisateurs doivent lire l'intégralité du Mode d'emploi avant d'installer, d'utiliser ou d'entretenir le produit.
Toujours conserver le Mode d'emploi à portée de main lors de l'utilisation du produit.
Ne pas utiliser le produit d'une manière contrevenant aux indications du manuel d'utilisation. Toute utilisation non conforme expose l'utilisateur à des dangers pouvant
entraîner des blessures corporelles ou l'endommagement de l'équipement.
Utilisation prévue du produit
ÄKTA oligopilot plus est un système totalement automatisé destiné à la synthèse des
oligonucléotides d'ADN et d'ARN. L’instrument ÄKTA oligopilot plus est destiné à des
fins de recherche uniquement et ne doit pas être utilisé dans le cadre de procédures
cliniques ou à des fins diagnostiques.
Conditions préalables
Pour utiliser l'instrument ÄKTA oligopilot plus selon son usage prévu :
• L’utilisateur doit comprendre d’une façon générale le fonctionnement d’un PC et du
système d’exploitation Microsoft® Windows® .
• L'utilisateur doit comprendre les concepts de la chromatographie en phase liquide.
• L'utilisateur doit lire et comprendre le chapitre relatif aux consignes de sécurité du
Mode d'emploi.
• ÄKTA oligopilot plus et le logiciel doivent être installés, configurés et étalonnés
conformément aux instructions du Mode d'emploi.
Définitions
Ce manuel d'utilisation contient des consignes de sécurité (AVERTISSEMENT, MISE EN
GARDE et AVIS) relatives à l'utilisation en toute sécurité du produit. Voir les définitions
ci-dessous.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7
1 Introduction
1.2 Informations importantes pour l’utilisateur
AVERTISSEMENT
Un AVERTISSEMENT indique une situation dangereuse qui, si elle
n'est pas évitée, pourrait entraîner de graves blessures, voire la
mort. Il est important de ne pas continuer tant que toutes les
conditions mentionnées ne sont pas réunies et clairement
comprises.
MISE EN GARDE
Une MISE EN GARDE signale une situation dangereuse susceptible d’occasionner des blessures légères ou modérées. Il est
important de ne pas continuer tant que toutes les conditions
mentionnées ne sont pas réunies et clairement comprises.
AVIS
Un AVIS indique des instructions devant être suivies afin de ne pas
endommager le produit ou d'autres équipements.
Remarques et astuces
8
Remarque :
Une remarque fournit des informations importantes pour l’utilisation optimale et en toute sécurité du produit.
Astuce :
Une astuce contient des informations pratiques pouvant
améliorer ou optimiser les procédures.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
1 Introduction
1.3 Documentation connexe
1.3
Documentation connexe
Introduction
Cette section décrit la documentation utilisateur fournie avec le produit et indique
comment se procurer la documentation à télécharger ou à commander auprès de
Cytiva.
Documentation propre au système
Documentation
Contenu principal
ÄKTA oligopilot plus Operating
Instructions
Instructions nécessaires à l’installation, l'exploitation et la maintenance de l'instrument ÄKTA
oligopilot plus en toute sécurité.
Declaration of Conformity
Déclaration de conformité pour l'UE et/ou d'autres régions.
Documentation du logiciel
Les documents suivants relatifs au logiciel sont livrés avec chaque système. Ils fournissent des informations supplémentaires relatives au système ÄKTA oligopilot plus,
quelle que soit la configuration :
Documentation
Contenu principal
Kit de documentation
UNICORN
• Les manuels contiennent des informations
détaillées sur l'administration du logiciel
UNICORN, l’utilisation des méthodes, l’exécution des analyses et l’évaluation des résultats.
• L'aide en ligne contient la description des boîtes
de dialogue du logiciel UNICORN. L'aide en ligne
est accessible à partir du menu Help (Aide).
Documentation sur les composants
La documentation sur les composants produits par Cytiva et par un tiers est, le cas
échéant, également incluse dans le kit de documentation.
Remarque :
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Les manuels des composants ÄKTA fournis avec le système
ÄKTA oligopilot plus ont été rédigés essentiellement pour des
applications de chromatographie.
9
1 Introduction
1.3 Documentation connexe
Fichiers de données, notes
d'application et documentation
utilisateur sur Internet
Pour commander ou télécharger les fichiers de données, les notes d'application ou la
documentation utilisateur, voir les instructions ci-dessous.
10
Étape
Action
1
Accéder à cytiva.com/oligo.
2
Cliquer sur Instruments.
3
Cliquer sur ÄKTA oligopilot plus oligonucleotide synthesizer (Synthétiseurs d’oligonucléotides ÄKTA oligopilot plus).
4
Cliquer sur RELATED DOCUMENTS (Documents connexes).
5
Sélectionner les documents pour les télécharger.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
2 Consignes de sécurité
2
Consignes de sécurité
À propos de ce chapitre
Ce chapitre décrit les consignes de sécurité, les étiquettes et les symboles figurant sur
l’équipement. Il décrit également les procédures d’urgence et de récupération, et
fournit des informations relatives au recyclage.
Important
AVERTISSEMENT
Avant d'installer, d'utiliser ou d'entretenir le produit, tous les
utilisateurs doivent lire et comprendre le contenu intégral de
ce chapitre pour prendre connaissance des dangers
encourus.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
2.1
Consignes de sécurité
12
2.2
Étiquettes
22
2.3
Procédures d'urgence
23
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
2.1
Consignes de sécurité
Introduction
Le système ÄKTA oligopilot plus est alimenté par courant secteur et traite des
substances potentiellement dangereuses. Avant d’installer, d’utiliser ou d’entretenir le
système, il importe d’être conscient des risques décrits dans le présent manuel.
Suivre les instructions afin d'éviter de se blesser ou de blesser autrui et d'endommager les échantillons (ou toute autre substance traitée par l’équipement), le produit ou d'autres équipements à proximité.
Les consignes de sécurité de cette section sont regroupées dans les catégories
suivantes :
•
•
•
•
•
•
Consignes générales
Protection individuelle
Liquides inflammables et environnement explosif
Installation et déplacement du produit
Fonctionnement
Maintenance
Consignes générales
AVERTISSEMENT
Ne pas utiliser le produit d'une manière contrevenant aux indications du manuel d'utilisation.
AVERTISSEMENT
Seul le personnel dûment formé est autorisé à utiliser ce produit et
à procéder à sa maintenance.
AVERTISSEMENT
N'utiliser aucun accessoire non fourni ou recommandé par Cytiva.
12
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Ne pas utiliser le système ÄKTA oligopilot plus s'il ne fonctionne
pas correctement ou qu’il est endommagé. Par exemple :
• le cordon d'alimentation ou sa prise sont endommagés.
• l'équipement est tombé et a été endommagé.
• un liquide a pénétré dans l'équipement et l'a endommagé.
Protection individuelle
AVERTISSEMENT
Toujours utiliser les équipements de protection individuelle (PPE)
appropriés pendant l'utilisation et la maintenance du produit.
AVERTISSEMENT
Substances dangereuses. Lors de l'utilisation de substances
chimiques dangereuses, prendre toutes les mesures de protection
appropriées, telles que le port de vêtements de protection, de
lunettes de sécurité et de gants résistant aux substances utilisées.
Respecter les réglementations locales et/ou nationales pour une
utilisation et une maintenance en toute sécurité du produit.
AVERTISSEMENT
Haute pression. Le produit fonctionne sous haute pression.
Porter en permanence des lunettes de sécurité et les autres équipements de protection individuelle (EPI).
Liquides inflammables et
environnement explosif
AVERTISSEMENT
Risque d'incendie. Avant de démarrer le système, vérifier l'absence de fuite.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
13
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Une hotte d’évacuation des fumées ou un système de ventilation
similaire doit être installé en cas d’utilisation de substances inflammables ou nocives.
AVERTISSEMENT
Risque d’explosion : Le produit utilise des liquides potentiellement explosifs. Consulter les autorités locales pour connaître les
règles et les réglementations locales avant toute installation et
exploitation du système.
Installation et déplacement du
produit
AVERTISSEMENT
Le produit doit être installé et préparé par le personnel de Cytiva ou
par un tiers autorisé par Cytiva.
AVERTISSEMENT
Tension d’alimentation. Avant de connecter le cordon d’alimentation, s’assurer que la tension d’alimentation au niveau de la prise
murale correspond au marquage sur l’instrument.
AVERTISSEMENT
Protection par mise à la terre. Le produit doit toujours être
raccordé à une prise électrique mise à la terre.
AVERTISSEMENT
Cordon d’alimentation. N'utiliser que des cordons d’alimentation
dotés de fiches homologuées, fournis ou approuvés par Cytiva.
AVERTISSEMENT
Ne pas bloquer les entrées ni les sorties de ventilation du système.
14
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Installation de l’ordinateur. L'ordinateur doit être installé et
utilisé conformément aux instructions fournies par son fabricant
AVERTISSEMENT
Accès à l’interrupteur d’alimentation électrique et au cordon
d’alimentation enfichable. Ne pas bloquer l’accès à l’interrupteur d’alimentation électrique ni au cordon d’alimentation. L’interrupteur d’alimentation électrique doit toujours rester facilement
accessible. Le cordon d’alimentation enfichable doit toujours
pouvoir être débranché facilement.
AVERTISSEMENT
Si le système est déplacé, les tubulures capillaires externes et les
autres tuyaux peuvent se prendre dans les objets voisins et être
arrachés, ce qui entraînerait des fuites. De plus, avant de déplacer
le système, s’assurer que toutes les entrées et sorties sont fermées
ou que le système ne contient plus du tout de solvants. Sinon, il y
aura un risque de fuite et de danger pour les personnes et/ou
l’équipement environnant.
AVERTISSEMENT
L'alimentation en gaz inerte ne doit jamais dépasser 0,5 bar.
AVERTISSEMENT
Coupure de l'alimentation électrique. Toujours couper l'alimentation électrique de l'instrument avant de remplacer tout composant, sauf indication contraire dans le manuel d'utilisation.
AVERTISSEMENT
Avant de raccorder une colonne, lire le mode d’emploi de la
colonne. Afin de ne pas exposer la colonne à une pression excessive, s'assurer que la limite de pression est définie sur la pression
maximale autorisée de la colonne.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
15
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Les flacons de réactifs connectés aux entrées du système doivent
être de qualité supérieure, car ils sont pressurisés pendant l'exécution. Remplacer immédiatement tous les flacons de réactifs
présentant des signes d'usure ou de fissures.
MISE EN GARDE
Objet lourd. Pour déplacer le système, utiliser un équipement de
levage approprié. Trois personnes sont nécessaires pour soulever
le système en toute sécurité.
AVIS
Débrancher l’alimentation. Afin d'éviter tout endommagement
de l'équipement, toujours débrancher l'alimentation électrique du
produit avant de désinstaller ou d'installer un module de l'instrument, de brancher ou de débrancher un câble.
AVIS
Tout ordinateur utilisé avec l'appareil doit être conforme à la norme
CEI 60950 ou CEI 62368-1 et doit être installé et utilisé conformément aux instructions du fabricant.
Fonctionnement
AVERTISSEMENT
Avant utilisation, tous les raccordements de procédé et le système
de tuyauterie doivent être testés pour détecter une fuite éventuelle à la pression maximale et assurer une protection continue
contre les risques de blessures dus aux jets de liquide, aux tuyaux
percés ou à un environnement explosif.
AVERTISSEMENT
Avant le début du travail, un conteneur à déchets résistant aux
solvants doit être connecté au système.
16
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Lumière UV de haute intensité. Ce produit utilise une lumière
ultraviolette de haute intensité. Ne pas débrancher les fibres optiques lorsque la lampe est allumée.
AVERTISSEMENT
Ne jamais poser de conteneurs de déchets sur le dessus du
système. Si les conteneurs se remplissent et débordent, du liquide
peut pénétrer dans le système et causer un court-circuit et un
risque d'incendie.
AVERTISSEMENT
Ne jamais placer de conteneurs de solvants sur la porte de la vanne
en raison du risque de chute des conteneurs lors de l'ouverture de
la porte de la vanne.
AVERTISSEMENT
Tous les solvants sont volatils et doivent être considérés comme
dangereux. Travailler sous une hotte correctement ventilée.
AVERTISSEMENT
• Si des réactifs ou des solvants entrent en contact avec la peau,
laver immédiatement et généreusement les zones concernées
avec de l'eau.
• Si des réactifs ou des solvants entrent en contact avec les yeux,
effectuer un lavage oculaire à grande eau et consulter un
médecin dès que possible.
• Si des réactifs ou solvants sont ingérés, consulter immédiatement un médecin.
MISE EN GARDE
Toujours suivre les recommandations du fabricant pour la préparation et l'utilisation des réactifs.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
17
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
MISE EN GARDE
Les tubes et conteneurs à déchets doivent être sécurisés et fermés
hermétiquement afin d’empêcher tout déversement accidentel.
MISE EN GARDE
S'assurer que la capacité du conteneur à déchets est suffisante
pour accueillir le volume maximal lorsque l'équipement est hors
surveillance.
AVIS
Une insuffisance de gaz inerte peut gravement affecter la performance de la circulation du flux de l'instrument et compromettre le
cycle. Contrôler systématiquement les manomètres et le réservoir
d'alimentation.
AVIS
Une pression trop basse à l’intérieur des flacons peut entraîner une
cavitation.
AVIS
Les prises de courant libres du panneau arrière de l'instrument
sont réservées au branchement des accessoires ÄKTA exclusivement. L'utilisation des prises de courant pour tout autre type
d'équipement risquerait de griller le fusible intégré du système.
AVIS
La présence d’eau nuit à la synthèse des oligonucléotides.
18
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVIS
Le tétrahydrofurane (THF) n'est pas compatible avec les circuits
d’écoulement des synthétiseurs d’oligonucléotides de Cytiva et, en
conséquence, ne doit pas être utilisé dans les systèmes. Les réactifs contenant du THF sont en général des solutions de capping et
d’oxydation.
Maintenance
AVERTISSEMENT
Si la porte est ouverte complètement, de manière brusque, la tubulure capillaire interne peut être déconnectée de ses raccords,
entraînant ainsi des fuites.
AVERTISSEMENT
Ne pas ouvrir les composants électriques de l'instrument. Ils
contiennent des circuits haute tension susceptibles de générer un
choc électrique mortel.
AVERTISSEMENT
Toujours débrancher le cordon d'alimentation de la prise de
courant ou couper l'alimentation secteur avant de réaliser des
opérations de maintenance. L'appareil ÄKTA oligopilot plus est
toujours sous tension lorsqu'il est éteint à l'aide de l'interrupteur
d'alimentation.
AVERTISSEMENT
Risque de choc électrique. Toutes les réparations doivent être
effectuées par le personnel technique agréé par Cytiva. N'ouvrir
aucun capot et ne remplacer aucune pièce sauf en cas d’indication
spécifique dans la documentation utilisateur.
AVERTISSEMENT
Coupure de l'alimentation électrique. Toujours couper l'alimentation électrique de l'instrument avant de remplacer tout composant, sauf indication contraire dans le manuel d'utilisation.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
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2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Ne pas réaliser de maintenance pendant que le système est sous
tension ou lorsque le réseau de tuyaux est sous pression. Le réseau
de tuyaux peut être sous pression même lorsque le système est
hors tension.
AVERTISSEMENT
Pour une protection continue contre les risques d'incendie, ne
remplacer les fusibles que par des fusibles de même type et de
même calibre.
AVERTISSEMENT
Déclassement. Décontaminer l'appareil avant son déclassement
pour s'assurer que tous les résidus dangereux ont été éliminés.
AVERTISSEMENT
Libérer la pression du gaz inerte dans les flacons avant d’essayer de
remplacer un élément du système.
AVERTISSEMENT
Substances chimiques dangereuses pendant la maintenance. Lors de l'utilisation de substances chimiques dangereuses
pour le nettoyage du système ou des colonnes, laver le système
avec de l'acétonitrile, puis vidanger ou sécher les conduites.
AVERTISSEMENT
Utiliser exclusivement des pièces approuvées. Seuls les pièces
de rechange et accessoires approuvés ou fournis par Cytiva
peuvent être utilisés pour la maintenance ou les réparations du
produit.
20
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
2 Consignes de sécurité
2.1 Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Risque de basculement. Si des composants lourds, tels que la
pompe, sont retirés du support et que la porte est grande ouverte,
le décalage du centre de gravité du système peut entraîner le
basculement du système.
AVERTISSEMENT
Après l'assemblage, le réseau de tuyaux doit être testé pour
détecter toute fuite éventuelle à la pression maximale afin d'assurer une protection continue contre les risques de blessure dues
aux jets de liquide, aux tuyaux percés ou à l'atmosphère potentiellement explosive.
AVERTISSEMENT
Avant le démontage, vérifier que le réseau de tuyaux n'est pas
pressurisé.
MISE EN GARDE
S’assurer que les tuyaux ne fuient pas avant de réaliser un
nettoyage en place (CIP) du système ou une désinfection en place
(SIP) dans la colonne.
AVIS
Nettoyage. Garder l'extérieur de l'instrument sec et propre.
Essuyer régulièrement à l'aide d'un chiffon humide et, si nécessaire, d'un agent nettoyant doux. Laisser l'instrument sécher
complètement avant utilisation.
AVIS
Éviter la condensation. Si le système ÄKTA oligopilot plus est
conservé dans une chambre froide, une armoire réfrigérée ou un
équipement similaire, maintenir le système sous tension afin
d'éviter toute condensation.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
21
2 Consignes de sécurité
2.2 Étiquettes
2.2
Étiquettes
Introduction
Cette section décrit la plaque signalétique du système et les autres étiquettes de sécurité ou réglementaires apposées sur le produit.
Plaque signalétique du système
La plaque signalétique se trouve à l’arrière de l’instrument . La plaque signalétique du
système identifie l'équipement et spécifie les données électriques, la conformité réglementaire et les symboles d’avertissement.
Description des symboles sur la
plaque signalétique du système
Les symboles et le texte suivants peuvent figurer sur la plaque signalétique du
système :
Symbole/
texte
Signification
Avertissement ! Lire la documentation utilisateur avant d’utiliser
le système. N'ouvrir aucun capot et ne remplacer aucune pièce,
sauf en cas d’indication spécifique dans la documentation utilisateur.
Code no
Numéro d'assemblage de l'instrument
Serial no
Numéro de série de l’instrument
Mfg Year
Année (AAAA) et mois (MM) de fabrication
Voltage
Exigences électriques :
Frequency
•
•
•
•
Max Power
Fuse
22
Tension (VCA
)
Fréquence (Hz)
Puissance max. (VA)
Tension nominale du fusible
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
2 Consignes de sécurité
2.3 Procédures d'urgence
2.3
Procédures d'urgence
Introduction
Cette section décrit la mise hors tension de l'instrument ÄKTA oligopilot plus en cas
d'urgence, ainsi que la procédure de redémarrage de l'instrument ÄKTA oligopilot plus.
Elle décrit également les conséquences en cas de coupure de courant.
Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Accès à l’interrupteur d’alimentation électrique et au cordon
d’alimentation enfichable. Ne pas bloquer l’accès à l’interrupteur d’alimentation électrique ni au cordon d’alimentation. L’interrupteur d’alimentation électrique doit toujours rester facilement
accessible. Le cordon d’alimentation enfichable doit toujours
pouvoir être débranché facilement.
Arrêt d’urgence
Dans une situation d'urgence, arrêter l'analyse soit en la mettant sur pause, soit en
arrêtant l'instrument comme décrit dans le tableau suivant :
Étape
Action
1
Pour mettre l'analyse en pause à partir de UNICORN, cliquer sur le bouton
Pause.
2
Si nécessaire, couper le courant dans l'instrument en positionnant l'interrupteur Power (Alimentation électrique) sur 0 (Arrêt). Le cycle est immédiatement interrompu.
Coupure de courant
Les conséquences d'une coupure de courant dépendent de l'unité affectée.
Une coupure de
courant sur...
entraîne les conséquences suivantes...
Instrument ÄKTA
oligopilot plus
• L'analyse est immédiatement interrompue, avec un
état non défini
• Les données recueillies au moment de la coupure de
courant sont disponibles dans UNICORN
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
23
2 Consignes de sécurité
2.3 Procédures d'urgence
Une coupure de
courant sur...
entraîne les conséquences suivantes...
Ordinateur
• L'ordinateur UNICORN s'arrête dans un état non
défini
• L'analyse continue, mais les données ne peuvent pas
être enregistrées dans UNICORN
Redémarrage après un arrêt
d'urgence ou une coupure de courant
Suivre les étapes ci-dessous pour redémarrer l’instrument après un arrêt d’urgence ou
une coupure de courant.
Étape
Action
1
Vérifier que les conditions qui ont occasionné la coupure de courant ou
l'arrêt d'urgence ont été corrigées.
2
Si l'instrument a été mis hors tension, appuyer sur l'interrupteur d'alimentation électrique sur l'instrument.
Résultat :
L’instrument doit démarrer, et l’écran de l’instrument doit afficher Not
connected (Non connecté).
24
3
Mettre l'ordinateur et le moniteur sous tension.
4
Démarrer UNICORN et se connecter au système.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3
Description du système
À propos de ce chapitre
Ce chapitre donne un aperçu du système ÄKTA oligopilot plus et une brève description
de ses fonctions.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
3.1
Vue d’ensemble du système
26
3.2
Composants du système
29
3.3
Logiciel de commande
46
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
25
3 Description du système
3.1 Vue d’ensemble du système
3.1
Vue d’ensemble du système
Introduction à l'instrument ÄKTA
oligopilot plus
ÄKTA oligopilot plus est un système totalement automatisé destiné à la synthèse des
oligonucléotides d'ADN et d'ARN.
Illustration de l’instrument
L'illustration ci-dessous présente les principales parties de l'instrument.
26
Éléme
nt
Fonction
1
Box 900
2
Moniteur pH/C-900
3
Moniteur UV-900
4
Pump P-900 (P-901 alt. P-903)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.1 Vue d’ensemble du système
Éléme
nt
Fonction
5
Interrupteur d’alimentation électrique
6
Manomètres
7
Vanne de sortie de la colonne, V7 (IV-908)
8
Colonne (réacteur) et support de colonne
9
Glissières de flacons d'amidite
10
Vanne d'entrée de la colonne, V6 (IV-908)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
27
3 Description du système
3.1 Vue d’ensemble du système
Connexions électriques et de
communication
L'illustration ci-dessous montre les connexions électriques et de communication.
1
2
3
4
5
7
8
6
28
N°
Description
1
Connecteur UniNet-1
2
Entrée de l’alimentation secteur
3
Prise d'alimentation secteur
4
Cordon d’alimentation
5
Alimentation électrique de l’unité CU-950
6
Câble réseau de l'ordinateur
7
CU-950
8
câble de UniNet-1
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2
Composants du système
Introduction
Cette section décrit les différents composants du système ÄKTA oligopilot plus.
Dans cette section
Section
Voir page
3.2.1
Pompes P-900
30
3.2.2
Vannes
31
3.2.3
Moniteurs
34
3.2.4
Limiteur de débit FR-902
36
3.2.5
Alimentation en gaz inerte
37
3.2.6
Accessoires
39
3.2.7
Colonnes et réacteurs
43
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
29
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.1 Pompes P-900
3.2.1
Pompes P-900
Les pompes P-900 sont des pompes de laboratoire hautes performances destinées à
toute application requérant un contrôle précis du débit de liquide. Les pompes sont
équipées de deux modules de pompe contenant chacun deux pistons. Les modules de
pompe peuvent fonctionner indépendamment.
Un capteur de pression est raccordé à l’une des têtes de pompe. Un raccord en Y relie le
capteur de pression à l’autre tête de pompe. La capacité maximale de la pompe
installée dans le système ÄKTA oligopilot plus est de 10 ml (modèle P-903) ou de
100 ml (modèle P-901) par tête de pompe.
Remarque :
30
Utilisée avec le système ÄKTA oligopilot plus 10 ou ÄKTA
oligopilot plus 100, la limite de pression de la pompe est définie
entre 0 et 20 bars.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.2 Vannes
3.2.2
Vannes
Vanne IV-908
La vanne IV-908 est une vanne motorisée à 8 voies pouvant prendre en charge des
débits élevés et des contre-pressions jusqu'à 20 bars. La vanne IV-908 est utilisée pour
l'administration de réactifs, la sélection de la colonne, la dérivation (contournement)
de la colonne et l’évacuation des déchets. Tous les connecteurs comportent un filetage
de 5/16 po.
Vanne 8
La vanne 8 est une vanne de séparation des déchets permettant de séparer les hydrocarbures chlorés des autres déchets. La séparation est contrôlée automatiquement
par des méthodes de synthèse. Le sélecteur de déchets (voir l’image ci-dessous) peut
également être utilisé pour séparer, par exemple, l'excès d'amidites résultant d'un
couplage.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
31
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.2 Vannes
Vanne INV-907H
La vanne INV-907H est une vanne motorisée à 7 voies pouvant prendre en charge des
débits élevés et des contre-pressions jusqu'à 20 bars. Les connecteurs comportent un
filetage de 5/16 po.
Le systèmeÄKTA oligopilot plus comprend une vanne INV-907 qui assure les fonctions
de vanne de recirculation. La position 1 et la position 2 sont respectivement la position
de flux continu et la position de recirculation. La position 3 n'est pas utilisée.
Port
Raccordement
Port 1
à la vanne 4
Port 2
au bouchon d'arrêt (non utilisé)
Port 3
au bouchon d'arrêt (non utilisé)
Port 4
à la vanne de déchets
Port 5
au bouchon d'arrêt (non utilisé)
Port 6
à la vanne 7 de la colonne
Port 7
à la pompe B
Position de vanne 1 (flux continu)
32
Port
Raccordement
Vanne 4
Flux continu jusqu’à la pompe B
Colonne
Flux continu jusqu’au conteneur de déchets
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.2 Vannes
Position de vanne 2 (recirculation)
Port
Raccordement
Pompe B
Recirculation jusqu’à la colonne
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
33
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.3 Moniteurs
3.2.3
Moniteurs
Moniteur pH/Cond-900
Le moniteur pH/C-900 est un moniteur combiné, destiné à assurer la surveillance
précise de la conductivité et de la température en ligne. La fonctionnalité pH ne peut
pas être utilisée pour les applications de synthèse. La réponse exacte du moniteur,
associée à sa grande précision sur une large plage de mesures, le rend approprié à
toute application d'oligosynthèse.
Le moniteur pH/C-900 se compose d'une unité de contrôle et d'une chambre de
mesure de la conductivité et de la température. La chambre de mesure de la conductivité (voir l’image ci-dessous) est installée dans la boucle de recirculation de la colonne
et peut être utilisée pour détecter et surveiller l'ajout d'amidite pendant les étapes de
couplage et de recirculation.
UV-900
Le moniteur UV-900 est un détecteur UV-Vis multilongueur d'onde. Bénéficiant d’une
technologie avancée de fibres optiques, le détecteur peut surveiller simultanément
trois longueurs d'onde dans une plage comprise entre 190 et 700 nm. La longueur
d'onde peut être modifiée à l'aide du logiciel UNICORN pendant une analyse, par le biais
de méthodes ou d’instructions manuelles.
Le moniteur se compose d'une unité principale, de fibres optiques et d'une chambre de
mesure (voir la photo ci-dessous) dotée d’un chemin optique de 2 mm et d’un volume
interne de 2 µl.
34
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.3 Moniteurs
Dans les applications du système ÄKTA oligopilot plus, les longueurs d'onde utilisées,
de 254 à 700 nm, permettent d'utiliser une lampe à faible intensité. Cette faible intensité permet de prolonger la durée de vie de la lampe. La combinaison des fibres optiques et d'une chambre de mesure de conception unique permet un rapport signal/
bruit élevé avec une dérive et des effets d'indice de réfraction minimaux.
Remarque :
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Le détecteur doit être mis à zéro avant l’utilisation de chaque
longueur d'onde requise dans un cycle de méthode. Cette opération peut être effectuée à tout moment avant d’utiliser la
longueur d'onde (par exemple, au début du cycle de synthèse).
35
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.4 Limiteur de débit FR-902
3.2.4
Limiteur de débit FR-902
Le limiteur de débit FR-902 génère une contre-pression constante afin de prévenir la
formation de bulles d'air après la colonne, dans les chambres de mesure. Le limiteur de
débit FR-902 permet également de maintenir une distribution régulière de réactifs
dans la colonne.
Le limiteur de débit est réglé à 2 bars en usine.
36
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.5 Alimentation en gaz inerte
3.2.5
Alimentation en gaz inerte
Description
Un gaz protecteur inerte est utilisé pour créer un environnement exempt d’eau pour
les réactifs.
Le gaz est administré par une ligne d'alimentation en gaz externe dotée d’un régulateur au niveau de l’unité de contrôle de gaz de l'instrument. La distribution de gaz aux
flacons de réactif est effectuée par l’intermédiaire de deux régulateurs de gaz et de
deux collecteurs de gaz. Le système de régulation de gaz permet un réglage fin de la
pression du gaz inerte de 0.30 à 0.35 bar, avec une pression d'entrée de ligne d'alimentation de gaz de 0.45 à 0.50 bar, maximum 0,5 bar.
Remarque :
Si un dispositif de régulation de gaz séparé est utilisé pour des
réservoirs externes (p. ex., de grands réservoirs d’acétonitrile ou
de détritylation), veiller à régler la pression afin qu’elle corresponde à celle du système ÄKTA oligopilot plus. Ainsi, la pression
de gaz sera identique dans tous les flacons et conteneurs.
Le gaz inerte est distribué via deux collecteurs (voir ci-dessous) équipés de boutons de
réglage de régulation de gaz. Les collecteurs sont équipés de vannes de décharge
réglées à 0,5 bar.
Les flacons d'activateur et de thiolation sont reliés par un connecteur en Y (tubulure
portant un repère vert), et les flacons d'amidite sont alimentés depuis le collecteur
droit (manomètre Manifold 2 (Collecteur 2)). Les réactifs d'acétonitrile, d'oxydation,
de capping (coiffage), de thiolation, de détritylation, etc., sont alimentés depuis le
collecteur gauche (manomètre Manifold 1 (Collecteur 1)). Les manomètres sont
présentés dans l'image ci-dessous.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
37
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.5 Alimentation en gaz inerte
Recommandations relatives aux gaz
inertes
MISE EN GARDE
L'utilisation d'hélium en tant que gaz inerte est autorisée, mais non
recommandée. L'hélium peut s’échapper de tout récipient ouvert,
augmentant le risque d'entrée d'air et d'humidité dans le flacon et
diminuant l'efficacité du gaz inerte.
Les gaz inertes de protection recommandés sont l'argon et l’azote très secs de haute
qualité. L'argon, qui est plus lourd que l'air, forme une couche protectrice qui empêche
l'humidité de l'air d'entrer dans les réactifs. L'azote est une alternative moins coûteuse.
Légèrement plus léger que l'air, il a cependant la capacité de protéger les réactifs de
manière efficace.
Régulateur argon
Deux régulateurs d'argon se trouvent à l’intérieur de la porte du système ÄKTA
oligopilot plus et deux manomètres dans l’angle du système. Le régulateur doit être
réglé sur 0,3 bar pour créer une légère surpression dans les flacons de réactif afin de
maintenir un environnement sans air/eau. La pression de l'argon crée également une
pression positive sur les entrées, ce qui aide les pompes à créer un débit régulier.
Il est important d'avoir une pression égale sur tous les flacons de réactif afin que les
pompes fournissent le débit configuré dans la méthode. Si la pression est trop basse
dans les flacons, cela peut entraîner une cavitation. Une pression trop forte, peut
provoquer un débit trop élevé par rapport à celui programmé dans la méthode de
synthèse.
38
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.6 Accessoires
3.2.6
Accessoires
Bouchons et connecteurs des flacons
Des bouchons spéciaux assurent une étanchéité parfaite et protègent les réactifs de
l'humidité. Les bouchons comportent trois connecteurs de tubulure séparés pour l’administration des solvants et un connecteur pour l’administration du gaz inerte.
Les bouchons sont conçus pour s'adapter aux flacons standard Schott, Duran et Pyrex
avec un filetage GL-45.
MISE EN GARDE
Retirer toute bague de déversement du flacon avant de monter le
bouchon, faute de quoi le joint d'étanchéité sera endommagé,
entraînant un risque de fuite de gaz.
Connecteurs et tubulures
Des tubulures en plastique perfluoré résistant aux solvants sont utilisées avec le
système ÄKTA oligopilot plus pour l’administration de gaz inerte et l’administration de
réactif/solvant. La tubulure est optimisée en longueur et en diamètre. Pour raccorder
de nouveaux bouchons, les éléments suivants sont requis :
• Tubulure de solvant
- Tubulures en PEEK ou FEP
- Trois connecteurs de tubulure appropriés
- Bagues pour les connecteurs de tubulure, pour le raccordement avec la vanne
d'amidite ou le panneau d'entrée du réactif et le filtre d'entrée
• Tubulure de gaz inerte
- Tubulure en ETFE ou FEP
- Deux connecteurs de tubulure appropriés
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
39
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.6 Accessoires
- Bagues pour les connecteurs de tubulure, pour le raccordement avec le collecteur de gaz d’amidite ou le panneau d'entrée de réactif
Caractéristiques de la tubulure
Marquage du
connecteur de
tubulure
Types de tubulures
Diamètre extérieur de
la tubulure
1A
Tubulure de solvant
3/16 po
1B
Tubulure de solvant
3/16 po
2
Tubulure de solvant ou d'amidite
1/16 po ou 1/8 po
G
Tubulure de gaz inerte
1/16 po ou 1/8 po
Remarque :
Les connexions inutilisées doivent être équipées d'un capuchon
d'arrêt de 3/16 po raccordé de manière étanche pour empêcher
la fuite du gaz inerte hors du flacon.
Pour obtenir les caractéristiques complètes de la tubulure, voir Annexe A Tubulure, à la
page 177.
Pour plus d'informations sur les tubulures, voir Section 11.5 Informations de
commande, à la page 174.
40
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.6 Accessoires
Contrôleur de CU-950
Le CU-950 est une unité de contrôle externe qui est raccordée à l'ordinateur et au
système ÄKTA oligopilot plus.
L'illustration ci-dessous présente les panneaux avant et arrière de l'unité CU-950.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
41
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.6 Accessoires
Glissière de flacon d'amidite
Le système ÄKTA oligopilot plus standard est fourni avec huit glissières de flacon
d'amidite. Chaque glissière peut contenir un flacon standard de 100 ml. Quatre glissières supplémentaires peuvent être incluses.
Voir Raccordement d’une glissière de flacon d'amidite, à la page 81
42
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.7 Colonnes et réacteurs
3.2.7
Colonnes et réacteurs
Réacteur de colonne
Le réacteur de colonne maintient le support solide sur lequel la synthèse est réalisée.
Une fois la synthèse terminée, la colonne est retirée du système ÄKTA oligopilot plus et
le support est traité séparément pour récupérer le produit oligonucléotidique.
Les réacteurs de colonne sont fabriqués en acier inoxydable, avec une taille de pores de
verre fritté de 20 μm.
48 mL
24 mL
12 mL
6.3 mL
1.2 mL
Données relatives au réacteur de
colonne
Réacteur de
colonne
Volume exact
(ml)
Diamètre interne
(mm)
Hauteur (mm)
1,2 ml
1,18
10
15
6,3 ml
6,28
20
20
12 ml
12,02
27
21
24 ml
24,05
35
25
48 ml
48,05
44
31,6
Support de réacteur de colonne
Le réacteur de colonne est monté dans un support de colonne approprié pour la prise
en charge de volumes compris entre 1,2 et 48 ml. Le support de colonne, fourni
conjointement avec le système ÄKTA oligopilot plus 100, est un accessoire obligatoire
pour utiliser des colonnes de 1,2 ml avec le système ÄKTA oligopilot plus 10.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
43
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.7 Colonnes et réacteurs
Colonne FineLINE 35 oligo
La colonne FineLINE™ 35 oligo convient pour des volumes de colonne compris entre 10
et 100 ml. La plage de l'échelle dépend du chargement du support. Le filtre est fabriqué
en acier inoxydable, avec une taille des pores de verre fritté de 20 μm. La colonne
comprend un adaptateur réglable au niveau hydraulique.
La colonne est destinée au développement d'une méthode à échelle pilote ou à la
production à petite échelle d'oligonucléotides en utilisant du Primer Support™ 5G.
Pour de plus amples informations, voir FineLINE 35 oligo columnOperating Instructions, référence 28964957.
44
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
3 Description du système
3.2 Composants du système
3.2.7 Colonnes et réacteurs
Colonne Adjustable oligo
La colonne Adjustable oligo convient pour des volumes de colonne compris entre 30 et
200 ml. Le filtre est fabriqué en titane, avec une taille de pores de verre fritté de 20 μm.
La colonne est destinée au développement d'une méthode à échelle pilote ou à la
production d'oligonucléotides à petite échelle en utilisant du Primer Support 5G.
Pour de plus amples informations, voir Adjustable oligo column Operating Instructions,
référence 28967444.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
45
3 Description du système
3.3 Logiciel de commande
3.3
Logiciel de commande
Logiciel de commande du système
UNICORN
ÄKTA oligopilot plus est contrôlé par le logiciel UNICORN. UNICORN est un progiciel
complet dédié au contrôle et à la supervision des systèmes de chromatographie/de
production d’oligonucléotides. Il se compose d'un logiciel de contrôle et d'une carte
contrôleur ou d'une unité permettant l’interfaçage du PC de commande avec le
module de traitement des liquides de chromatographie. Le logiciel est utilisé avec le
système d'exploitation Microsoft Windows.
UNICORN est fourni avec un certain nombre de modèles de méthode prêts à l'emploi
permettant la création facile de méthodes de synthèse.
Pour de plus amples informations sur le système de commande de UNICORN, se
reporter aux manuels d'utilisation d’UNICORN fournis.
46
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
4 Installation
4
Installation
À propos de ce chapitre
Ce chapitre fournit les informations nécessaires pour permettre aux utilisateurs et au
personnel de maintenance de déballer, d'installer, de déplacer et de transporter le
système ÄKTA oligopilot plus.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
4.1
Exigences relatives au site
48
4.2
Transport
49
4.3
Déballage
51
4.4
Assemblage
52
4.5
Raccordements
53
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
47
4 Installation
4.1 Exigences relatives au site
4.1
Exigences relatives au site
Exigences environnementales
Paramètre
Exigence
Emplacement alloué
Utilisation en intérieur
Installation
Paillasse de laboratoire stable, min. 200 × 80 cm
Température ambiante
+4 à 40°C
Humidité
20 % à 95 %, sans condensation
Pression atmosphérique
840 à 1060 mbar (84 à 106 kPa)
Altitude de fonctionnement
Maximum 2000 m
Degré de pollution de l'environnement ciblé
2
S'assurer que la zone de travail est bien aérée, de préférence équipée d’une hotte, car
des solvants organiques sont utilisés avec l'instrument.
Exigences relatives à l’alimentation
électrique
48
Paramètre
Exigence
Tension d’alimentation
100-120/220-240 V CA
Fréquence
De 50 à 60 Hz
Surtensions transitoires
Surtension de catégorie II
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
4 Installation
4.2 Transport
4.2
Transport
Introduction
L’équipement pèse 63 kg. Un minimum de trois personnes est nécessaire pour le
soulever et le déplacer, à moins qu’un dispositif de levage approprié soit utilisé.
L'équipement peut être transporté sur un chariot pouvant supporter au moins 80 kg.
AVIS
Soulever l'instrument en position verticale. Ne pas utiliser la barre
du panneau avant comme poignée de levage.
Avant de déplacer le système
Suivre les étapes ci-dessous pour préparer le système pour le transport.
Étape
Action
1
Lancer le modèle de méthode d'arrêt.
2
Rincer le système avec de l'acétonitrile.
3
Remplir le système d'un gaz inerte.
4
Déconnecter tous les câbles et tubulures reliés aux composants périphériques et aux réservoirs de liquides.
5
Fermer complètement la porte.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
49
4 Installation
4.2 Transport
Déplacement du système
MISE EN GARDE
Objet lourd. Pour déplacer le système, utiliser un équipement de
levage approprié. Trois personnes sont nécessaires pour soulever
le système en toute sécurité.
Saisir fermement le système en plaçant les doigts dans l'espace entre la plateforme
pivotante et la base de l'unité principale, puis soulever.
50
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
4 Installation
4.3 Déballage
4.3
Déballage
Vérification d’éventuels dommages
Vérifier que l’équipement ne comporte aucun dommage avant de commencer à l’assembler et à l’installer comme indiqué ci-après.
• Vérifier qu’il ne reste aucune pièce détachée dans la caisse de transport.
• Vérifier que toutes les pièces sont montées sur le système ou incluses dans la boîte
du kit d’accessoires.
En cas de dommages, noter ces derniers de manière détaillée et contacter un représentant Cytiva local.
Déballage du système
Retirer les sangles et l'emballage, puis mettre l'équipement debout sur son pied pivotant avant de commencer l'installation.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
51
4 Installation
4.4 Assemblage
4.4
Assemblage
Montage avant l’utilisation
Les pièces suivantes doivent être raccordées à l'instrument ÄKTA oligopilot plus avant
d'utiliser ce dernier :
• Conteneur à déchets
• Unité de commande CU-950 à raccorder entre l’ordinateur et le système ÄKTA
oligopilot plus.
• Glissières de flacons d'amidite
• Bouchons pour flacons de réactif
52
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
4 Installation
4.5 Raccordements
4.5
Raccordements
Communication
Raccorder le réseau, les câbles d'interface et l'ordinateur conformément aux schémas
électriques figurant dans Connexions électriques et de communication, à la page 28
S'assurer que le logiciel de contrôle UNICORN est installé sur l'ordinateur.
Installer l'unité de contrôle CU-950
Accrocher l’unité CU-950 à gauche du système en insérant les crochets situés à l'avant
de l’unité CU-950 dans le guide situé sur le côté du moniteur UV-900 ; la tourner pour la
mettre en position.
Raccorder conformément au schéma dans Connexions électriques et de communication, à la page 28
Alimentation électrique
Brancher le cordon d'alimentation sur une prise électrique avec mise à la terre comme
indiqué à la section Section 4.1 Exigences relatives au site, à la page 48.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
53
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5
Installation, vérification et
réinstallation du système
À propos de ce chapitre
Ce chapitre contient des informations sur la procédure de vérification de l’installation
du système.
Dans ce chapitre
Section
54
Voir page
5.1
Test d'installation
55
5.2
Synthèse de vérification
61
5.3
Réinstallation du système
62
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.1 Test d'installation
5.1
Test d'installation
Objectif du test d'installation
Bien que le test d'installation du système soit conçu comme un test préliminaire de
fonctionnement du système ÄKTA oligopilot plus, ce test peut également permettre de
tester périodiquement le système de distribution de solvant et le moniteur UV du
système ÄKTA oligopilot plus.
Remarque :
Le moniteur UV est testé en mesurant la réponse UV à 254 nm à
l’aide d’une solution de toluène à 0,2 %, ou d'acétone à 1 %
dissous dans de l'acétonitrile.
AVERTISSEMENT
Toujours utiliser les équipements de protection individuelle (PPE)
appropriés pendant l'utilisation et la maintenance du produit.
Vue d’ensemble du test d'installation
Le test d'installation s'effectue en 7 étapes. Chaque étape est décrite en détail cidessous.
AVERTISSEMENT
Risque d'incendie. Avant de démarrer le système, vérifier l'absence de fuite.
Étape
Action
1
Configuration du système
2
Préparer le système pour un test d’installation.
3
Purger la P-900 pump
4
Amorcer le système de rinçage du joint de piston de la pompe P-900 pump
5
Tester la stabilité de la pression.
6
Exécuter la méthode du test d'installation.
7
Évaluer les résultats du test d'installation.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
55
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.1 Test d'installation
Configuration du système
Suivre les étapes ci-dessous pour démarrer le système.
Étape
Action
1
Allumer l'unité du système à l'aide de l'interrupteur d’alimentation électrique situé à gauche sur la plate-forme de base.
2
Allumer l'ordinateur, l'écran et l'imprimante conformément aux instructions
des manuels du fabricant.
3
Se connecter à Windows.
4
Lorsque le bureau Windows apparaît, démarrer le système UNICORN en
double-cliquant sur l’icône UNICORN.
5
Sélectionner l’utilisateur default (par défaut) et saisir le mot de passe
default (par défaut). Cliquer sur OK.
6
Cliquer sur l’icône de commande du système dans la barre des tâches.
Préparer le système pour un test
d’installation.
Suivre les étapes ci-dessous pour préparer le système pour un test d'installation.
Étape
Action
1
Ouvrir la vanne principale du réservoir de gaz inerte et régler la pression de
sortie sur 0,5 bar (7 psi) sur le régulateur de gaz inerte.
2
Remarque :
Effectuer les étapes suivantes rapidement afin de minimiser le gaspillage de
gaz.
En l'absence de flacon raccordé à l'instrument, régler le régulateur de gaz du
système ÄKTA oligopilot plus entre 0,30 et 0,35 bar. À ce stade, le gaz doit
sortir des lignes de gaz d'amidite et des lignes de gaz de réactif.
3
Raccorder les flacons de réactifs ou d'acétonitrile sur le panneau d'entrée du
réactif, comme décrit à la Section 6.5 Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée, à la page 79.
4
Raccorder les flacons d'acétonitrile aux glissières de flacon d'amidite.
5
Raccorder un flacon de 500 ml
• d'acétone à 1 % dans de l'acétonitrile, ou
• de toluène à 0,2 % dans de l'acétonitrile
à la position 13 (entrée de gaz) sur le panneau d'entrée du réactif.
56
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.1 Test d'installation
Étape
Action
6
Raccorder le flacon d'acétone à 1 % ou de toluène à 0,2 % dans de l'acétonitrile à la position 14 (entrée de réactif) du panneau d'entrée de réactif.
7
Vérifier que la pression du gaz inerte demeure entre 0,30 et 0,35 bar. Effectuer les réglages nécessaires.
Purge de la pompe P-900
Pour les instructions, voir Section 9.3.2 Purge de la pompe P-900, à la page 116.
Amorçage du système de rinçage du
joint de piston de la pompe P-900
Pour les instructions, voir Section 9.3.3 Amorçage du système de rinçage du joint de
piston de la pompe P-900, à la page 117.
Tester la stabilité de la pression.
Exécuter ce test pour vérifier que tout l'air a été évacué des têtes de pompes.
Suivre les étapes ci-dessous pour tester la stabilité de la pression.
Étape
Action
1
Faire fonctionner la pompe A à 10 ml/min. Vérifier l'affichage de la pompe
pour voir si la pression est stable (fluctuation < 1,0 bar).
2
Faire fonctionner la pompe B à 10 ml/min. Vérifier l'affichage de la pompe
pour voir si la pression est stable (fluctuation < 1,0 bar).
Remarque :
Vérifier l’absence de fuites au niveau de la pompe ou des connecteurs.
• Si la pression est stable, cliquer sur END (Terminer) et passer à l'étape
suivante.
• Si la pression fluctue de manière excessive, dépanner la pompe conformément aux instructions fournies dans le Section 10.4 Pompe P-900, à la
page 143.
3
S'assurer que l'une des deux solutions de 500 ml suivantes est raccordée à la
position 14 dans le panneau d'entrée du réactif :
• acétone à 1 % dans de l'acétonitrile
• de toluène à 0,2 % dans de l'acétonitrile
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
57
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.1 Test d'installation
Exécuter la méthode du test
d'installation.
Suivre les étapes ci-dessous pour lancer la méthode de test de l’installation.
Étape
Action
1
Dans UNICORN, sélectionner File →Printer setup... (Fichier > Configuration
de l’imprimante) dans la barre du menu principal. Choisir l’imprimante
souhaitée dans la liste, puis sélectionner Landscape (Paysage). Confirmer
le choix en cliquant sur OK.
2
Cliquer sur l'icône Instant Run (Exécution instantanée) dans le menu principal.
3
Sélectionner Installation test ÄKTA oligopilot plus 100 / ÄKTA oligopilot plus 10 dans la liste des modèles.
4
Cliquer sur Run (Exécuter).
5
Double-cliquer sur Next (Suivant) dans la fenêtre Method (Méthode).
6
Cliquer sur Start (Démarrer) pour exécuter la méthode de test d’installation.
La méthode s'exécute pendant environ 20 minutes.
Masquage des informations dans la
fenêtre Curves (Courbes)
Suivre les étapes ci-dessous pour masquer les informations dans la fenêtre Curves
(Courbes).
Étape
Action
1
À l'aide du bouton droit de la souris, cliquer sur la fenêtre Curves (Courbes)
et sélectionner Properties (Propriétés) dans le menu contextuel.
2
Cliquer sur l'onglet Curves (Courbes).
3
Sélectionner les courbes suivantes à afficher :
• UV1_254nm
• Flow B (Débit B)
• Pressure (Pression)
4
Désélectionner toutes les autres courbes en surbrillance. À ce stade, les
courbes peuvent être surveillées à l'écran à mesure que le test progresse.
Évaluer les résultats du test
d'installation.
Suivre les étapes ci-dessous pour afficher les courbes du test d'installation.
58
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.1 Test d'installation
Étape
Action
1
Cliquer sur l’icône du menu principal dans la barre des tâches de Windows.
2
Cliquer dessus dans le panneau des résultats.
3
Double-cliquer sur l'icône Installation test ÄKTA oligopilot plus 100 /
ÄKTA oligopilot plus 10 pour ouvrir le fichier des résultats.
4
Élargir la fenêtre de résultats en cliquant dans le coin supérieur droit.
5
Cliquer avec le bouton droit sur la fenêtre Curves (Courbes) et sélectionner
Properties (Propriétés) .
6
Sélectionner les courbes à afficher comme indiqué dans l’illustration
suivante.
7
Cliquer sur OK.
Vérification de la courbe de pression.
Suivre les étapes ci-dessous pour contrôler la courbe de pression.
Étape
Action
1
Sélectionner la courbe de pression et désélectionner toutes les autres
courbes.
2
Double-cliquer sur l’icône XY dans le coin supérieur gauche. Les valeurs de la
barre s’affichent.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
59
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.1 Test d'installation
Étape
Action
3
Déplacer le curseur et lire les valeurs après 4 minutes. La fluctuation de la
pression doit être supérieure à 1,0 bar.
Obtention et impression du
pourcentage de réponse
Suivre les étapes ci-dessous pour obtenir et imprimer le pourcentage de réponse.
60
Étape
Action
1
Calculer le pourcentage de réponse en utilisant le tableau suivant, qui
contient des valeurs UV typiques.
Pourcentage de débit
de la pompe B
UV à 254 nm
Calcul
Pourcentage
100
1117
1117/1117
100 %
80
905
905/1117
81 %
60
680
680/1117
61 %
40
457
457/1117
41 %
20
225
225/1117
20 %
0
0
0/1117
0%
2
Tracer les valeurs UV par rapport au flux B de 100 % à 20 %.
3
Cliquer sur Print (Imprimer) pour obtenir un rapport imprimé des résultats.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.2 Synthèse de vérification
5.2
Synthèse de vérification
Introduction
Cette section fournit des informations générales relatives à la synthèse de vérification.
Objet de la synthèse de vérification
Effectuer la synthèse de vérification dans le cadre de l'installation ou de la réinstallation du système ÄKTA oligopilot plus et vérifier que ce dernier fonctionne après le
dépannage.
La synthèse de vérification est utilisée pour vérifier que :
• le système ÄKTA oligopilot plus est entièrement fonctionnel
• la méthode de synthèse fonctionne
• les réactifs employés sont utilisables.
Réactifs et temps
Les réactifs et le temps nécessaire pour créer une séquence Test13 sont décrits à la
Section 6.3 Préparation d’une synthèse de vérification, à la page 74.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
61
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.3 Réinstallation du système
5.3
Réinstallation du système
Introduction
Ce chapitre fournit les instructions à suivre pour réinstaller le système.
MISE EN GARDE
Objet lourd. Pour déplacer le système, utiliser un équipement de
levage approprié. Trois personnes sont nécessaires pour soulever
le système en toute sécurité.
Préparation du site
• Créer une zone de travail propre et sèche de 200 x 80 cm qui offre un accès facile.
• Vérifier qu'une prise murale de 100-120/220-240 V CA, 50-60 Hz se trouve à proximité.
• S'assurer que la zone de travail est bien ventilée, de préférence équipée d’une hotte,
car des solvants organiques sont utilisés avec l'instrument.
Présentation de la réinstallation
La réinstallation est effectuée en suivant les étapes suivantes.
Étape
Action
1
Raccorder l’alimentation en gaz inerte.
2
Raccorder la colonne et la tubulure de déchets.
3
Raccorder les flacons de réactif.
4
Raccorder les filtres aux tubulures.
Raccordement de l'alimentation en
gaz inerte
Suivre les étapes ci-dessous pour raccorder l'alimentation en gaz inerte.
Étape
Action
1
Raccorder un régulateur de gaz inerte comportant un raccord cannelé de
1/4 po à une bouteille de gaz inerte.
Remarque :
L’alimentation en gaz inerte ne doit pas dépasser 0,5 bar (7 psi).
62
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.3 Réinstallation du système
Étape
Action
2
Raccorder la ligne d’entrée de gaz (référence 80208148) au raccord cannelé
de 1/4 po, et l’autre extrémité (à connexion rapide) au système ÄKTA
oligopilot plus.
Raccordement de la colonne et de la
tubulure de déchets
Suivre les étapes ci-dessous pour connecter la colonne et la tubulure de déchets.
Étape
Action
1
Installer les embouts du support de colonne et du réacteur de colonne.
2
Relier deux connecteurs (5/16 po femelle/M6 mâle, référence 18112776), un
à l’embout supérieur et l’autre à l’embout inférieur de l’élément du réacteur
de colonne.
3
Couper deux morceaux de tubulure en ETFE/PEEK de 25-35 cm de long
(1,0 mm de Ø int., 1/16 po de Ø ext., 18111583).
4
Raccorder un segment de tubulure sur la vanne 6, position 2, et à l’embout
supérieur du réacteur de colonne. Utiliser des connecteurs de tubulure de
1/16 po (18112707) et des bagues de 1/16 po (18112706).
5
Raccorder l’autre segment de tubulure à la vanne 7, position 2, et à l’embout
inférieur du réacteur de la colonne. Utiliser des connecteurs de tubulure de
1/16 po (18112707) et des bagues de 1/16 po (18112706).
6
Raccorder la tubulure de déchets (tubulure en FEP de 2,9 mm de Ø int.,
3/16 po de Ø ext., 18111247) provenant de la vanne 8, position 1, et de la
vanne 8, position 2. La longueur de la tubulure n'est pas essentielle.
Raccordement des flacons de réactif
Si le système ÄKTA oligopilot plus 10 est utilisé, suivre les instructions ci-dessous :
Étape
Action
1
Raccorder la tubulure destinée aux flacons de réactif (tubulure en FEP de
1,6 mm de Ø int., 1/8 po de Ø ext. (18112116) et la tubulure destinée au gaz
(tubulure en ETFE, 1,0 mm de Ø int., 1/16 po de Ø ext., 18114238).
• Pour les tubulures de 1/8 po de Ø ext., utiliser des connecteurs de tubulure de 1/8 po (18112118) et des bagues de 3/16 po (18112118).
• Pour les tubulures de 1/16 po, utiliser des connecteurs de tubulure de
1/16 po (18112707) et des bagues de 1/16 po (18112706).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
63
5 Installation, vérification et réinstallation du système
5.3 Réinstallation du système
Étape
Action
2
Raccorder la tubulure au panneau d'entrée du réactif (voir Section 6.5
Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée, à la page
79) et à un bouchon (compléter 4 x 5/16 po, 18113701). La longueur de la
tubulure n'est pas essentielle.
Si le système ÄKTA oligopilot plus 100, est utilisé, suivre les instructions ci-dessous :
Étape
Action
1
Raccorder la tubulure destinée aux flacons de réactif (tubulure en FEP de
2,9 mm de Ø int., 3/16 po de Ø ext. (18111247) et la tubulure destinée au gaz
(tubulure en ETFE, 1,0 mm de Ø int., 1/16 po de Ø ext., 18114238).
• Pour les tubulures de 3/16 po de Ø ext., utiliser des connecteurs de tubulure de 3/16 po (18111249) et des bagues de 3/16 po (18111248).
• Pour les tubulures de 1/16 po, utiliser des connecteurs de tubulure de
1/16 po (18112707) et des bagues de 1/16 po (18112706).
2
Raccorder la tubulure au panneau d'entrée du réactif (comme décrit à la
Section 6.5 Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée,
à la page 79) et à un bouchon (compléter 4 x 5/16 po, 18113701). La
longueur de la tubulure n'est pas essentielle.
Raccordement des filtres à la
tubulure
Attacher un filtre (ou « fritté ») à la tubulure d'alimentation en solvant de chaque flacon.
64
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6
Procédure de pré-synthèse
À propos de ce chapitre
Ce chapitre décrit la préparation standard requise avant d'effectuer une synthèse à
l'aide du système ÄKTA oligopilot plus.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
6.1
Éléments nécessaires
66
6.2
Préparation des solutions
69
6.3
Préparation d’une synthèse de vérification
74
6.4
Préparation du réacteur de colonne
77
6.5
Raccordement des réactifs et des solutions au panneau
d'entrée
79
6.6
Ajout de flacons d'amidite supplémentaires
80
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
65
6 Procédure de pré-synthèse
6.1 Éléments nécessaires
6.1
Éléments nécessaires
Réactifs et solvants
Les tableaux ci-dessous répertorient les réactifs et les solvants nécessaires pour une
synthèse d’oligonucléotides d'ADN normale.
AVIS
Le tétrahydrofurane (THF) n'est pas compatible avec les circuits
d’écoulement des synthétiseurs d’oligonucléotides de Cytiva et, en
conséquence, ne doit pas être utilisé dans les systèmes. Les réactifs contenant du THF sont en général des solutions de capping et
d’oxydation.
Remarque :
Pour de meilleurs résultats, utiliser uniquement les réactifs
recommandés par Cytiva.
Amidites (standard) d'ADN1
Remarques
dA-amidite
Dissous dans l'acétonitrile
dC-amidite
dG-amidite
T-amidite
Primer Support 5G
Un (1) support pour chaque nucléotide 31 (A,
G, C, T)2
1 Pratiquement tous les autres amidites peuvent également être utilisés.
2 Des supports avec d'autres bases de départ sont également disponibles.
Réactifs
Remarques
Solution de détitrylation
Acide dichloroacétique à 3 % dans du toluène
Acétonitrile (ACN)
sec, < 30 ppm d'eau
Activateur
0,3 M de BTT dans de l'acétonitrile
• Pour la synthèse d’ADN, 0,25 M est suffisant.
66
Capping A
N-méthylimidazole à 20 % (v/v) dans de l’ACN
Capping B1
Anhydride acétique à 40 % (v/v) dans de l'ACN
Capping B2
Sym-Collidine à 60 % (v/v) dans de l'ACN
Réactifs d'oxydation
Iode (50 mM), dans de l'eau/la pyridine à 10 %
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.1 Éléments nécessaires
Réactifs
Remarques
Réactifs de thiolation
Exemples :
• Disulfure de phénylacétyle (PADS)
• 3-éthoxy-1,2,3-dithiazoline-5-one (Edith)
Tamis moléculaires
Cytiva recommande d'utiliser des tamis moléculaires de 3 Å dans les flacons d'amidite,
d'activateur et d'acétonitrile. Cela permet de minimiser le risque de contamination de
l'eau et augmente le temps de stabilité pendant lequel les réactifs et les amidites
peuvent être raccordés au système. Les tamis de 3 Å suivants sont recommandés :
• Tamis moléculaire 3 Å, à bâtonnets
• Tamis moléculaires 3 Å, à billes de 2 mm
• Tamis moléculaires 3 Å, à billes de 2 mm
Remarque :
Ne pas réutiliser les tamis moléculaires.
Les tamis moléculaires doivent être activés avant utilisation (s'ils ne sont pas livrés
préactivés), c.-à-d. chauffés entre 150 °C à 200 °C pendant une nuit sous vide poussé.
Utiliser un four à vide ou une fiole à vide et un manchon chauffant. Laisser les tamis
refroidir à température ambiante sous vide, puis les transférer dans un bocal sec avec
un couvercle étanche. Garder le bocal dans un dessiccateur fermé contenant un agent
déshydratant.
Filtres
Cytiva recommande d'utiliser des filtres pour flacons dans les flacons de réactif et de
solvant. Changer les filtres à chaque remplacement de flacon. Les filtres pour flacons
sont fournis en paquets de 500 (référence 18102985) et sont adaptés aux tubulures de
Ø ext. de 1/16 po. Si des bouteilles de réactifs sont utilisées, des filtres de bouteilles de
réactif (référence 18111315), adaptés aux tubulures de Ø ext. de 3/16 po doivent être
utilisés.
Remarque :
Ne pas utiliser d’élément filtrant dans des flacons de détritylation contenant des solvants chlorés, sous peine de provoquer le
gonflement et le détachement du filtre.
Remarque :
S’assurer de maintenir la tubulure au fond du flacon.
Primer Support 5G
Les méthodes et colonnes ÄKTA oligopilot plus sont optimisées en utilisant du Primer
Support 5G en tant que support solide pour la synthèse. La bille de polystyrène est
fournie par Cytiva et amorcée avec une base de nucléoside (ADN ou ARN) traditionnelle ou de l’UnyLinker™ servant de lieur de démarrage universel adapté à la synthèse
d’ADN et d’OMe 2 brins. Pour d’autre solutions personnalisées, contacter le représentant Cytiva local.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
67
6 Procédure de pré-synthèse
6.1 Éléments nécessaires
Réactifs de clivage et de
déprotection
Le support est séparé de l'oligonucléotide après synthèse à l’aide d'hydroxyde d'ammonium concentré (à 25 % à 30 %).
68
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.2 Préparation des solutions
6.2
Préparation des solutions
Introduction
Cette section décrit la préparation des réactifs et des solvants destinés à être utilisés
avec l'ÄKTA oligopilot plus.
Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Tous les solvants sont volatils et doivent être considérés comme
dangereux. Travailler sous une hotte correctement ventilée.
AVERTISSEMENT
Substances dangereuses. Lors de l'utilisation de substances
chimiques dangereuses, prendre toutes les mesures de protection
appropriées, telles que le port de vêtements de protection, de
lunettes de sécurité et de gants résistant aux substances utilisées.
Respecter les réglementations locales et/ou nationales pour une
utilisation et une maintenance en toute sécurité du produit.
AVERTISSEMENT
• Si des réactifs ou des solvants entrent en contact avec la peau,
laver immédiatement et généreusement les zones concernées
avec de l'eau.
• Si des réactifs ou des solvants entrent en contact avec les yeux,
effectuer un lavage oculaire à grande eau et consulter un
médecin dès que possible.
• Si des réactifs ou solvants sont ingérés, consulter immédiatement un médecin.
MISE EN GARDE
Toujours suivre les recommandations du fabricant pour la préparation et l'utilisation des réactifs.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
69
6 Procédure de pré-synthèse
6.2 Préparation des solutions
Mesures de précaution : conditions
anhydres
L'humidité peut significativement affecter le résultat de la synthèse. Pour des résultats
optimaux, prendre les précautions suivantes :
• Travailler rapidement lorsque les flacons sont ouverts pour éviter toute pénétration
d’humidité dans les réactifs et les solvants. Toute trace d'eau dans les réactifs et les
solvants diminue significativement l'efficacité de la synthèse.
• Toujours utiliser des tamis moléculaires de 3 Å dans les flacons d'amidite, d'activateur et d'acétonitrile.
• S’assurer que le gaz inerte est sec et exempt de dioxyde de carbone.
Réactifs
Le tableau suivant décrit les réactifs nécessaires. La quantité de réactif utilisée par
cycle à différentes échelles de synthèse dépend du degré de substitution et du poids
du support dans la colonne.
70
Astuce :
Ne pas préparer plus de réactif que nécessaire. De nombreux
réactifs ont une durée de conservation limitée. Se référer aux
instructions du fabricant de chaque réactif.
Réactif
Description
Acétonitrile
S’assurer que l’acétonitrile est anhydre (< 30 ppm d’eau).
Amidites
Les amidites sont des solides blancs à blanc cassé fournis
dans des flacons standard ; ils doivent être dissous dans de
l'acétonitrile anhydre avant la synthèse. Voir Fixation des
flacons d'amidite, à la page 73
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.2 Préparation des solutions
Réactif
Description
Activateur
Cytiva recommande d’utiliser du benzylthio-tétrazole (BTT)
comme activateur, à une concentration de 0,3 M. Pour la
synthèse de l’ADN, une concentration de 0,25 M est suffisante.
S’assurer que l’activateur est complètement dissous, puis
ajouter des tamis moléculaires de 3 Å (en quantité suffisante
pour couvrir les filtres) avant de raccorder le flacon à la ligne
marquée 16 sur le panneau d’entrée du réactif du système
ÄKTA oligopilot plus (voir Section 6.5 Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée, à la page 79).
Remarque :
• S’assurer que l'activateur s’est totalement dissous. La
dissolution de l’activateur prend plus de temps à mesure
que l’on approche de la saturation.
• Ne pas ajouter de tamis moléculaire tant que l'activateur
n'est pas complètement dissous.
• L’activateur peut cristalliser dans la solution à des températures inférieures à 18 °C. Dans ce cas, secouer vigoureusement l’activateur à température ambiante jusqu’à ce
qu’il se liquéfie.
Réactif oxydant
Le réactif oxydant est constitué de 50 mM d’iode (12,7 g I2 à
1 litre de solution) dans de l’eau/la pyridine dans des proportions de 1:9 (v/v).
Réactif de capping
A
Le réactif de capping A est du N-méthylimidazole à 20 % (v/v)
dans de l’acétonitrile. Ce réactif est disponible en tant que
solution prête à l'emploi.
Réactif de capping
B
Le réactif de capping B est de l’anhydride acétique à 20 %
dans de la sym-collidine ou lutidine à 30 % et de l’acétonitrile
à 50 %. Ce réactif est disponible sous forme de deux solutions
prêtes à l'emploi à mélanger immédiatement avant utilisation.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
71
6 Procédure de pré-synthèse
6.2 Préparation des solutions
Réactif
Description
Réactif de thiolation
Plusieurs compositions de réactifs de thiolation sont
couramment utilisées – certaines d'entre elles étant de
propriété exclusive et protégées par des brevets. S'assurer
que les paramètres de méthode corrects sont utilisés pour le
réactif choisi.
Le réactif de thiolation (Beaucage) est utilisé à raison de 0,5 M
ou 10 % (m/v) dans de l’acétonitrile sec non séché sur des
tamis moléculaires 3 Å. Il est fourni sous forme solide pour la
préparation de la solution.
Il est également possible d’utiliser des réactifs de thiolation
tels que le disulfure de phénylacétyle (PADS) dissous dans de
la piccoline/de l’acétonitrile dans des proportions de 1: 1
(brevet protégé).
Une autre alternative de réactif de thiolation est Edith. Les
paramètres recommandés sont les suivants :
• concentration de 0,15 M
• volume égal à 0,5 volume de colonne
• temps de contact de 1 minute.
Pour raccorder les réactifs et les solutions au panneau d'entrée, voir la Section 6.5
Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée, à la page 79.
Solution de détritylation
La solution de détritylation est de l'acide dichloroacétique (DCA) à 3 % (v/v) dans du
toluène ou du dichlorométhane. La solution est indéfiniment stable. Le toluène DCA
peut être utilisé avec le système ÄKTA oligopilot plus 10 ou ÄKTA oligopilot plus 100. Le
DCA/DCM doit être utilisé uniquement avec le système ÄKTA oligopilot plus 100, car le
DCA/DCM provoque un dégazage qui peut empêcher le fonctionnement correct de la
pompe du système ÄKTA oligopilot plus 10.
Remarque :
Lors de l'élimination du groupe DMTr, les solutions à base de
toluène produisent des sous-produits à conductivité uniquement négligeable. Par conséquent, il n'est pas possible d'utiliser
la conductivité pour mesurer l'efficacité de détritylation des
solutions à base de toluène.
Alimentation en gaz inerte
AVERTISSEMENT
L'alimentation en gaz inerte ne doit jamais dépasser 0,5 bar.
72
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.2 Préparation des solutions
Remarque :
S'assurer que l'alimentation en gaz inerte est exempte d'eau et
de dioxyde de carbone, qui peuvent tous deux réduire considérablement l'efficacité de la synthèse.
Remarque :
Lors du changement du flacon de gaz inerte, s'assurer de l’absence de condensation dans le régulateur ou la tubulure de gaz.
Purger le régulateur avec du gaz inerte depuis la nouvelle
bouteille avant de le raccorder au système ÄKTA oligopilot plus.
Fixation des flacons d'amidite
Les flacons d'amidite sont fixés à l'instrument soit par l’intermédiaire d’un simple
dispositif avec joint d’étanchéité coulissant, soit par fixation directe en utilisant l'ensemble de bouchon de flacon et de tubulure GL-45 standard. Si le dispositif avec joint
d’étanchéité coulissant est utilisé, s'assurer que le flacon est correctement fixé sur le
joint et que celui-ci n'est pas fissuré ni usé.
Les positions des flacons sur l'instrument doivent être étiquetées comme suit :
A, C, G, T, A*, C*, G*, T*, X, Y, Z, Q
Ces lettres sont utilisées pour définir la séquence oligonucléotidique dans l'éditeur de
séquences et servent « d'adresse » des flacons d'amidite pendant la synthèse. Il est
donc important que les amidites soient placés à leur position correcte sur l'instrument.
Les dernières bases dans la séquence (X, Y, Z, et Q) sont réservées pour les attributions
spéciales ou désignées par le client.
Remarque :
• Éviter toute pénétration d’humidité dans les flacons d'amidite. Travailler rapidement lorsque le flacon est ouvert.
• Avant de fixer le flacon à l'instrument, ajouter des tamis
moléculaires de 3 Å à hauteur d'environ 5 mm.
Remarque :
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Pour ajouter des flacons d'amidite supplémentaires, des glissières de flacon d'amidite supplémentaires sont requises. Pour
les instructions d’installation, voir Section 6.6 Ajout de flacons
d'amidite supplémentaires, à la page 80.
73
6 Procédure de pré-synthèse
6.3 Préparation d’une synthèse de vérification
6.3
Préparation d’une synthèse de vérification
Notes et conseils sur la préparation
des réactifs
Lors de la préparation des réactifs pour un cycle de synthèse, tenir compte des conseils
suivants.
• Les déchets doivent être collectés dans un conteneur fermé mais ventilé. Lors de la
sélection de la taille du conteneur de déchets, sélectionner un conteneur suffisamment grand pour éviter tout débordement. Pour exécuter un cycle de vérification,
un conteneur de déchets de 5 litres suffit.
• Préparer plus de réactifs que les exigences minimales.
Préparation des réactifs pour la
vérification du système ÄKTA
oligopilot plus 10
La consommation normale de réactif pendant une séquence Test13 sur le système
ÄKTA oligopilot plus 10 est indiquée dans le tableau ci-dessous.
Le volume spécifié dans le tableau est suffisant pour le lavage des colonnes, la purge et
la détritylation finale. Le volume d'amidite recommandé est suffisant pour au moins 2
synthèses.
74
Réactif
Volume nécessaire (ml)
Volume recommandé (ml)
Amidite A, 0,1 M
1,85
10
Amidite C, 0,1 M
1,85
10
Amidite G, 0,1 M
1,85
10
Amidite T, 0,1 M
1,85
10
Acétonitrile
900
1200
Réactif de détritylation (doit être à base
de toluène)
< 250
500
Réactif de capping A
23
100
Réactif de capping B
23
100
Réactif d'oxydation
23
100
Activateur (0,3 M de BTT)
17
100
DEA (à 20 % dans de l’ACN)
40
100
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.3 Préparation d’une synthèse de vérification
Caractéristiques de la synthèse pour
ÄKTA oligopilot plus 10
•
•
•
•
Les volumes spécifiés sont appropriés pour une colonne de 1,2 ml.
La durée de la synthèse est d'environ 2,5 heures.
Volume de déchets généré : 1200 ml
Volume du conteneur de déchets requis : 2000 ml
Remarque :
L'acétonitrile doit être extrêmement sec. La teneur maximale
en eau dans la solution ne doit pas dépasser 30 ppm.
Préparation des réactifs pour la
vérification du système ÄKTA
oligopilot plus 100
La consommation de réactifs pendant une synthèse à 260 μmol d'une séquence
Test13, Trityl-OFF, dans une colonne de 6,3 ml avec le système ÄKTA oligopilot plus
100, est indiquée dans le tableau ci-dessous.
Les volumes ci-dessous sont basés sur l'utilisation de 1,3 g de support, 200 μmol/g, et
comprennent le lavage de la colonne, les purges et la détritylation finale. Les suggestions de préparation minimale relatives aux amidites permettent de réaliser au
moins 2 synthèses.
Réactif
Exigence
Préparation minimale
Primer Support 5G
700 mg, 200 µmol/g
1 mmol disponible
Amidite A, 0,15 M
9 ml
34 ml / 5 g
Amidite C, 0,15 M
9 ml
35 ml / 5 g
Amidite G, 0,15 M
9 ml
35 ml / 5 g
Amidite T, 0,15 M
9 ml
40 ml / 5 g
Acétonitrile
3500 ml
5000 ml
Détritylation
< 1000 ml
1000 ml
Réactif de capping A
19 ml
100 ml
Réactif de capping B
19 ml
100 ml
DEA
40 ml
100 ml
Réactif d'oxydation
120 ml
1000 ml
Activateur (0,3 M de BTT)
50 ml
250 ml
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
75
6 Procédure de pré-synthèse
6.3 Préparation d’une synthèse de vérification
Caractéristiques de la synthèse pour
ÄKTA oligopilot plus 100
•
•
•
•
Les volumes spécifiés sont appropriés pour une colonne de 6,3 ml.
La durée de la synthèse est d'environ 6 heures.
Volume de déchets généré : 3500 ml
Volume du conteneur de déchets requis : 20 l
Remarque :
L'acétonitrile doit être extrêmement sec. La teneur maximale
en eau dans la solution ne doit pas dépasser 30 ppm.
Concentrations d'amidite
recommandées
Concentrations d'amidite recommandées pour différentes colonnes utilisant le Primer
Support 5G :
• Colonne de 6,3 ml, colonne de 1,2 ml, colonnes de type Cassette : 0.1 à 0.15 mM
• Les colonnes avec des volumes à partir de 50 ml et plus utilisent une concentration
d’amidite à 0,2 M.
76
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.4 Préparation du réacteur de colonne
6.4
Préparation du réacteur de colonne
À propos des réacteurs de colonne
fixe
Les réacteurs de colonne fixe (1,2, 6,3, 12, 24 et 48 ml) sont réalisés en acier inoxydable
avec un filtre en acier inoxydable (maille de 20 μm) à chaque extrémité.
Garnissage de la colonne
Garnir la colonne conformément au mode d'emploi de chaque support spécifique. Les
instructions de garnissage avec Primer Support 5G figurent ci-dessous.
Garnissage avec Primer Support 5G
des colonnes à volume fixe
Suivre les étapes ci-dessous pour garnir des colonnes à volume fixe avec du Primer
Support 5G.
Étape
Action
1
Choisir le support approprié pour la synthèse (la base attachée au support
deviendra le résidu 3'-terminal de l'oligonucléotide synthétisé).
2
Démonter la colonne et remplir la tubulure de la colonne avec le Primer
Support 5G sec (voir Colonnes à volume fixe, à la page 78).
3
Enlever tout support en excès du bord supérieur et du filetage du tube de
colonne. Une petite brosse souple (p.ex., une brosse de lentille de caméra)
convient à cet effet.
4
Placer le filtre en acier sur la partie supérieure de la colonne et le joint
torique sur le filtre. Visser l'adaptateur de colonne en place. Ne pas serrer
excessivement.
5
Raccorder la colonne à l’instrument ÄKTA oligopilot plus. Serrer les vis de
fixation à la main, puis effecteur un demi-tour supplémentaire à l'aide de la
clé fournie ; NE PAS trop serrer. S'assurer que la colonne est perpendiculaire
et que toutes les vis ont le même degré de serrage.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
77
6 Procédure de pré-synthèse
6.4 Préparation du réacteur de colonne
Étape
Action
6
Connecter les tubulures de la vanne de colonne du système.
7
Lancer le cycle. Remarque : le support gonflera en quelques secondes et
remplira la colonne au cours du lavage initial de la colonne.
AVIS
Changer les joints et les filtres en PTFE endommagés ou usés. Les
filtres partiellement obstrués peuvent provoquer une contre-pression accrue et activer des alarmes de haute pression pendant un
cycle de synthèse.
Des joints en PTFE endommagés peuvent provoquer des fuites de
matériau de support et une obstruction de la chambre de mesure
d’UV et du limiteur de débit, ainsi que l’activation d’alarmes de
haute pression.
AVIS
Toujours vérifier l’absence de fuites avant de démarrer un cycle de
synthèse.
Colonnes à volume fixe
Poids du support et volumes de colonnes requis pour les volumes de colonnes fixes.
Primer Support 5G (g)
Volume de colonne (ml)
700 mg
6,3
133 mg
1,2
Garnissage avec Primer Support 5G
en tant que slurry
Cette méthode de garnissage est appropriée lorsque des colonnes à adaptateur de
type variable sont utilisées. Préparer un slurry en ajoutant 3 parts d'acétonitrile à 1 part
de Primer Support 5G. Le volume obtenu est de 3,33 parts.
Remarque :
Déterminer le volume de la colonne en utilisant cette formule :
Volume de la colonne (ml) = 3 × 3 × 3,15 × hauteur du lit (cm)
78
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.5 Raccordement des réactifs et des solutions au panneau d'entrée
6.5
Raccordement des réactifs et des solutions au
panneau d'entrée
Connecteurs du panneau d'entrée
Raccorder les réactifs et les solutions aux connecteurs du panneau d'entrée conformément au tableau suivant.
Réactif
Numéro du panneau d'entrée
Gaz de thiolation inerte
1
Thiolation
2
Gaz inerte bouchon A
3
Bouchon A
4
Gaz inerte d’oxy.
5
Oxydation
6
Gaz inerte bouchon B
7
Bouchon B
8
Gaz inerte de détrityl.
9
Détrityl.
10
Gaz inerte d’ACN
11
Acétonitrile
12
Gaz inerte supplémentaire
13
Réactif supplémentaire
14
Gaz inerte activateur
15
Activateur
16
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
79
6 Procédure de pré-synthèse
6.6 Ajout de flacons d'amidite supplémentaires
6.6
Ajout de flacons d'amidite supplémentaires
Dans cette section
Cette section décrit la procédure d’installation de glissières supplémentaires destinées à accueillir des flacons d'amidite supplémentaires.
Livraison standard
Le système ÄKTA oligopilot plus standard est fourni avec huit glissières de flacon
d'amidite. Chaque glissière peut contenir un flacon standard de 100 ml. Quatre glissières supplémentaires peuvent être incluses, soit au total 12 flacons d’amidite. Le
visuel ci-dessous montre les entrées pour les 4 flacons d’amidite supplémentaires (X, Y,
Z et Q).
X
Y
Z
80
Base
Connecté à
X
Vanne 1, position 8
ACN
Q
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
6 Procédure de pré-synthèse
6.6 Ajout de flacons d'amidite supplémentaires
Base
Connecté à
Y
Vanne 2, position 8
Z
Vanne 3, position 4
Q
Vanne 3, position 6
Remarque :
Si une tubulure d'entrée d'amidite est raccordée à la vanne 3,
une ligne d'acétonitrile supplémentaire doit être raccordée
entre le bloc d'entrée d'acétonitrile et le port 5 de la vanne 3.
Utiliser des tubulures de 3/16 po de Ø ext.
Pièces nécessaires
Remarque :
La longueur de la tubulure ne doit pas être supérieure à 150 cm
(plus elle est courte, mieux elle convient).
• Glissière de flacon d'amidite (connecteurs inclus), référence 18113846
• Tubulure en PEEK
- ÄKTA oligopilot plus 10 : PEEK orange, 1/16 po de Ø ext., 0,5 mm de Ø int.
- ÄKTA oligopilot plus 100 : PEEK beige, 1/16 po de Ø ext., 1 mm de Ø int.
•
•
•
•
Tubulure en ETFE, 1,16 po de Ø ext. (pour gaz inerte)
Bague, 1/16 po de Ø int.
Connecteur, 5/16 po
Bouchon (permettant de fixer les tubulures de liquide et de gaz inerte aux flacons
filetés GL-45) pour des flacons > 100 ml : Bouchon référence 18113701
Raccordement d’une glissière de
flacon d'amidite
Suivre les étapes ci-dessous pour raccorder la glissière de flacon d'amidite.
Étape
Action
1
Raccorder la tubulure de gaz inerte ( 1/16 po de Ø ext.) au collecteur de gaz
droit (B3) à l’intérieur de la porte du système ÄKTA oligopilot plus.
2
Dévisser l'un des connecteurs de bouchon d'arrêt et mettre un connecteur à
serrage manuel avec sa tubulure en place.
3
Raccorder la tubulure reliée au connecteur à serrage manuel au nouveau
flacon d'amidite.
4
Raccorder la tubulure en ETFE dotée d’un connecteur à serrage manuel au
support de flacon.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
81
6 Procédure de pré-synthèse
6.6 Ajout de flacons d'amidite supplémentaires
Étape
Action
Remarque :
Si un flacon d’amidite GL-45 est utilisé, raccorder la tubulure au connecteur
marqué G à l’aide d’un connecteur 5/16 po.
Vérification d’absence de fuite du gaz
inerte
Toujours vérifier l’absence de fuite de gaz inerte avant de commencer un cycle de
synthèse. Pour ce faire, suivre les instructions ci-dessous :
Étape
Action
1
Couper l'alimentation en gaz du système ÄKTA oligopilot plus.
2
Attendre 2 à 5 minutes.
3
Vérifier les manomètres sur le panneau avant de l'instrument.
Remarque :
La pression doit être stable. Une fuite est souvent indiquée par une diminution de la pression qui chute à 0 bar en 1 minute.
82
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7
Fonctionnement
À propos de ce chapitre
Ce chapitre contient des instructions concernant l'utilisation du produit en toute sécurité.
Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Ne pas utiliser le produit d'une manière contrevenant aux indications du manuel d'utilisation.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
7.1
Vue d’ensemble du fonctionnement
84
7.2
Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande
du système.
85
7.3
Configuration d’une analyse
88
7.4
Préparatifs avant le démarrage
93
7.5
Exécution d’une analyse
94
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
83
7 Fonctionnement
7.1 Vue d’ensemble du fonctionnement
7.1
Vue d’ensemble du fonctionnement
Flux de travail
Le déroulement typique dans ÄKTA oligopilot plus peut être divisé en un certain
nombre d'étapes après avoir allumé le système et s'être connecté à UNICORN.
Étape
Action
1
Création d’une méthode
Section 7.3 Configuration d’une analyse, à la page 88
2
Préparation du système en vue d'un cycle
Chapitre 6 Procédure de pré-synthèse, à la page 65
Section 7.3 Configuration d’une analyse, à la page 88
3
Lancer une analyse en utilisant une méthode
Section 7.5 Exécution d’une analyse, à la page 94
4
Au cours d'une analyse - visualiser et modifier les paramètres
Visualiser l'analyse, à la page 100
5
Procédures après une analyse
Chapitre 8 Procédure de post-synthèse, à la page 102
6
Évaluer les résultats
Voir le manuel d'utilisation de UNICORN.
Circuit du liquide
Voir Annexe I Schémas de raccordement, à la page 260 pour une illustration du circuit
de liquide dans ÄKTA oligopilot plus.
84
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.2 Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système.
7.2
Démarrage de l'instrument et du logiciel de
commande du système.
Démarrage de l'instrument
S’assurer que toutes les tubulures externes au système, y compris l'entrée de réactifs,
les entrées d'amidite et les sorties pour déchets, sont raccordées correctement. Vérifier que les raccordements de toutes les tubulures sont serrés correctement et que
toutes les vannes sont raccordées à un tuyau ou à une terminaison.
Pour démarrer l’instrument, suivre les étapes ci-dessous.
Étape
Action
1
Appuyer sur l'interrupteur Power (Interrupteur d'alimentation électrique)
sur l'instrument ÄKTA oligopilot plus.
2
Configurer les deux régulateurs argon sur 0,3 bar (situés dans l'angle de
l'instrument).
Remarque :
Il est important d'avoir une pression égale sur tous les flacons de
réactif afin que les pompes fournissent le débit configuré dans la
méthode.
Démarrage de UNICORN
Suivre les étapes ci-dessous pour démarrer le logiciel UNICORN.
Étape
Action
1
Allumer l’écran, l’ordinateur et l’imprimante en option conformément aux
instructions du fabricant. Attendre que l’ordinateur démarre.
2
Vérifier que l’indicateur de fonctionnement de l’unité CU-950 est allumé une
fois l’ordinateur démarré.
3
Se connecter au système d’exploitation Windows.
4
Démarrer UNICORN en double-cliquant sur l'icône de raccourci UNICORN du
bureau.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
85
7 Fonctionnement
7.2 Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système.
Étape
Action
5
Dans la boîte de dialogue Logon (Connexion), sélectionner un utilisateur
dans la liste User name (Nom de l’utilisateur) et saisir le mot de passe. Si
l’utilisateur se connecte pour la première fois, sélectionner default (par
défaut) et saisir le mot de passe default (par défaut). Cliquer sur OK.
Résultat :
UNICORN démarre et la fenêtre UNICORN Manager (Gestionnaire
UNICORN) s’ouvre.
Remarque :
Voir le manuel d'utilisation de UNICORN pour savoir comment créer de
nouveaux utilisateurs.
86
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.2 Démarrage de l'instrument et du logiciel de commande du système.
Fenêtre UNICORN Manager
L'illustration ci-dessous montre la fenêtre UNICORN Manager.
Éléme
nt
Fonction
1
L'icône Instant Run ((Exécution instantanée) lance immédiatement l'assistant de contrôle du système utilisé pour lancer une analyse.
2
L'icône New Method (Nouvelle méthode) ouvre le module Method
Editor (Éditeur de méthode) et affiche la boîte de dialogue New Method
(Nouvelle méthode).
3
L'icône System Control (Commande du système) active le module
System Control (Commande du système) et affiche la boîte de dialogue
Manual instruction (Instructions manuelles).
Système de contrôle dans UNICORN
Pour ouvrir le module System Control du système UNICORN, cliquer sur l’icône
System Control dans la fenêtre UNICORN Manager (Gestionnaire UNICORN).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
87
7 Fonctionnement
7.3 Configuration d’une analyse
7.3
Configuration d’une analyse
Introduction aux méthodes du
système UNICORN
Le système UNICORN est fourni avec un certain nombre de méthodes prédéfinies
(appelées « méthodes modèles »). Selon la colonne utilisée, les méthodes de synthèse
existent en une ou deux versions : l’une est destinée à la technique de couplage d'amidite par recirculation, l’autre à la technique de couplage d'amidite par flux continu. La
technique de recirculation est recommandée. La technique de flux continu est incluse,
car elle est utilisée dans les systèmesOligoProcess™, et permet le développement
facile de méthodes du système ÄKTA oligopilot plus vers le système OligoProcess dans
ce cas.
Création d'une méthode
Suivre les étapes ci-dessous pour créer une nouvelle méthode.
Étape
Action
1
Cliquer sur l'icône New Method (Nouvelle méthode) dans la fenêtre
UNICORN Manager (Gestionnaire UNICORN), voir Fenêtre UNICORN
Manager, à la page 87.
Résultat :
La boîte de dialogue New Method (Nouvelle méthode) s’ouvre.
2
• Pour le système ÄKTA oligopilot plus 10, sélectionner la méthode modèle
Recycle 1 ml Column 10 (Recyclage 1 ml Column 10).
88
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.3 Configuration d’une analyse
Étape
Action
• Pour le système ÄKTA oligopilot plus 100, sélectionner la méthode
modèle Recycle 6 ml Column AKTA oligopilot 100 (Recyclage 6 ml
Colonne AKTA oligopilot 100).
Toutes les méthodes possèdent des informations sur la méthode affichée
dans la fenêtre Method notes (Notes de méthode).
Remarque :
La liste des colonnes n'est pas utilisée dans les applications oligonucléotidiques.
Remarque :
Les techniques non utilisées doivent être configurées sur Any (Toute).
3
Cliquer sur OK pour ouvrir la méthode modèle sélectionnée.
4
Dans Method Editor (Éditeur de méthode), choisir View →Run setup (Afficher > Configuration de l’analyse) ou cliquer sur l'icône Run Setup (Configuration de l’analyse).
Résultat :
Les onglets de la boîte de dialogue Run Setup (Configuration de l’analyse)
s'ouvrent avec l'onglet par défaut (Variables).
5
Cliquer sur l'onglet Sequence (Séquence).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
89
7 Fonctionnement
7.3 Configuration d’une analyse
Étape
Action
Résultat :
Le Sequence name (Nom de la séquence) et la séquence s'affichent.
6
Pour changer le nom d'une séquence, cliquer sur Save Seq (Enregistrer
séquence.). La boîte de dialogue Save Sequence (Enregistrer séquence)
s'ouvre avec un champ de saisie d'un nouveau nom.
La même procédure est utilisée pour une nouvelle séquence. Saisir la
séquence de 5' à 3', puis cliquer sur Save Seq (Enregistrer séquence.).
Remarque :
Cela enregistre la séquence dans une liste de séquences, non comme
méthode de synthèse.
La séquence peut être modifiée à l'aide des boutons d'option pour signifier :
90
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.3 Configuration d’une analyse
Étape
Action
Dans la zone Optional method steps (Étapes de méthode facultatives) :
• Final detritylation (Détritylation finale) doit être coché si la synthèse se
fait sans trityle et doit être décoché s'il s'agit d'une synthèse avec trityle.
• Les coches actives sont toujours recommandées pour :
- Purge amidite (Purge d'amidite) (amidites + tétrazole/activateur).
- Purge solvents (Purge de solvants) (capping + oxydation et/ou réactif
de thiolation).
- Column wash.
Remarque :
Lors de la première analyse, toutes les Optional method steps (Étapes de
méthode facultatives) doivent avoir une coche active. doivent avoir une
coche active.
7
Une fois la séquence et les Optional method steps (Étapes de méthode
facultatives) définies, cliquer sur Create Method (Créer une méthode).
Résultat :
La boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous) s'ouvre.
8
Saisir un nom de méthode de synthèse, par exemple, Test13.
La technique Any (Toute) est la sélection par défaut. Ne pas sélectionner
d'autres techniques.
9
Cliquer sur OK pour enregistrer la méthode de synthèse.
Cliquer sur l'onglet Variables.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
91
7 Fonctionnement
7.3 Configuration d’une analyse
92
Étape
Action
10
Saisisr le Weight_of_Support calculé lors du remplissage de la colonne.
11
Saisir le Loading_of_Support approprié.
12
Vérifier que Conc_Amidite_DNA est configuré pour la concentration des
amidites dans les flacons d'amidites.
13
Choisir File →Save (Fichier > Enregistrer) ou cliquer sur l'icône Save (Enregistrer) pour enregistrer la méthode, à présent prête à être utilisée pour une
analyse de synthèse.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.4 Préparatifs avant le démarrage
7.4
Préparatifs avant le démarrage
Avant le premier cycle
Avant de lancer la première analyse, réaliser les préparations suivantes :
• Connecter toutes les tubulures externes au système, y compris l'entrée de réactifs,
les entrées d'amidite et les sorties pour déchets.
•
•
•
•
Garnir une colonne avec du Primer Support 5G.
Fixer la colonne à un support de colonne sur l'instrument.
Connecter les réactifs et amidites.
Purger toutes les lignes de réactif et d'amidite.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
93
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
7.5
Exécution d’une analyse
Sélection d’une méthode
Suivre les étapes ci-dessous pour sélectionner une méthode.
Étape
Action
1
Dans la fenêtre UNICORN Manager (Gestionnaire UNICORN), cliquer sur la
méthode à utiliser avec le bouton droit de la souris, puis cliquer sur Run
(Exécuter).
Après quelques secondes, la première page du protocole de démarrage
apparaît. Pendant la procédure de démarrage de la synthèse, l’utilisateur
parcourra les pages du protocole de démarrage sélectionnées dans la
méthode de synthèse à afficher pendant le lancement d’une analyse de
synthèse. L’utilisateur peut reconnaître les pages à partir de Method Editor
(Éditeur de méthode).
2
À la page Variables, vérifier les valeurs saisies pour les variables
Weight_of_support et Loading_of_support.
Remarque :
Pour les systèmes ÄKTA oligopilot plus 10, seule l'échelle est saisie.
94
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
Étape
Action
3
Cliquer sur Next (Suivant) afin de passer à la page suivante.
4
La page Text Method (Méthode texte) s’ouvre, mais ne peut être modifiée à
ce stade. Cependant, il est recommandé de relire la séquence, car ce qui est
exécuté pendant la synthèse est ce qui est programmé dans la méthode
texte. La page Sequence (Séquence) est utilisée pour créer la méthode
texte.
5
Cliquer sur Next (Suivant).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
95
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
96
Étape
Action
6
Dans le champ Start Notes (Remarques Démarrage) à la page Notes
(Remarques), l’utilisateur peut ajouter des informations sur la synthèse. Les
remarques sont stockées dans le cadre du fichier de résultats de synthèse et
peuvent être revues une fois la synthèse terminée.
7
Cliquer sur Next (Suivant).
8
À la page Evaluation Procedures (Procédures d’évaluation), sélectionner
une procédure d’évaluation ; un rapport de synthèse s’imprime automatiquement à la fin de la synthèse. Un rapport de synthèse peut également être
imprimé manuellement au cours de l’évaluation.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
Étape
Action
9
Cliquer sur Next (Suivant).
10
À la page Sequence, la séquence et Optional method steps s'affichent,
mais ne peuvent être modifiés.
11
Cliquer sur Next (Suivant).
12
La page Questions s’ouvre. Les réponses et les questions de cette page
seront incluses dans le rapport de synthèse. Les questions n’affectent pas
l’exécution de la méthode de synthèse. Il convient de répondre aux questions obligatoires avant de continuer.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
97
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
Étape
Action
13
Cliquer sur Next (Suivant).
14
La page Result Name (Nom du résultat) s’ouvre. Le nom du fichier de résultats de synthèse par défaut est la date (en chiffres) + 01, où 01 est ajouté au
cas où plusieurs synthèses sont effectuées au cours de la même journée
(dans ce cas, le suffixe de la prochaine exécution sera 02, et ainsi de suite).
Il est possible d'ajouter du texte au nom par défaut ou de saisir un nom de
résultats différent.
98
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
Étape
Action
Pour stocker le fichier de résultats dans un dossier spécifique, cliquer sur
Browse (Parcourir) pour localiser le dossier, puis double-cliquer dessus.
Cliquer ensuite sur OK.
15
Vérifier le chemin sous Directory (Répertoire).
Démarrage de l'analyse
Suivre les étapes ci-dessous pour démarrer l’analyse.
Étape
Action
1
Après avoir saisi un nom et un chemin de répertoire, cliquer sur Start
(Démarrer).
Résultat :
L’analyse de synthèse commence. Tout d’abord, l’analyse est définie sur
Pause et le message suivant s’affiche.
2
Lire le message et confirmer en cliquant sur Close (Fermer). Un autre
message s’affiche.
3
Lire le message et confirmer en cliquant sur Continue (Continuer).
Résultat :
Le système fonctionne à présent.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
99
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
Visualiser l'analyse
L'évolution de l'analyse peut être visualisée en détails dans le module System Control
(Commande du système). Pendant la synthèse, les fenêtres de visualisation suivantes
peuvent être affichées : Run Data (Données d'analyse), Curves (Courbes), Flow
scheme (Schéma d’écoulement) et Logbook (Journal de bord).
1
2
5
3
4
N°
Nom
N°
Nom
1
Run Data (Données d’analyse)
4
Logbook (Journal de bord)
2
Curves (Courbes)
5
Synthesis Data (Données de
synthèse)
3
Flow scheme (Schéma
d’écoulement)
Les valeurs de trityl intégrées en ligne montrant le rendement de couplage peuvent
être affichées en sélectionnant View →Synthesis Data (Afficher > Données de
synthèse). Duration (Durée) et Retention (Rétention) s'affichent en ml ou min, selon
la sélection effectuée pour l’axe X dans le panneau de visualisation Curves (Courbes).
Pour passer des ml aux min et vice-versa, cliquer sur l'axe X.
La ligne en surbrillance dans Synthesis Data (Données de synthèse) montre le cycle
actuellement en cours.
Personnalisation des écrans de visualisation
100
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
7 Fonctionnement
7.5 Exécution d’une analyse
Pour personnaliser les écrans de visualisation, cliquer avec le bouton droit de la souris
sur le panneau d’affichage correspondant, et sélectionner Properties (Propriétés).
Pour plus d’informations sur la personnalisation des écrans de visualisation, voir la
documentation utilisateur de UNICORN.
Terminer l'analyse
Pour arrêter l'analyse sur un système avant qu'elle ne soit terminée :
Cliquer sur End (Terminer) au-dessus de l'écran Run data (Données d'analyse).
Couleurs des indicateurs d'état
L'indicateur d'état est situé en bas de System Control (Commande du système).
Le tableau ci-dessous montre les couleurs des indicateurs liés à l'état de l'analyse.
Couleur des indicateurs
État Analyse
Blanc
Fin
Vert
Analyse ou manuel
Jaune
Mettre en attente
Rouge
Mettre en pause
Indication d'erreur
Lorsqu'un système génère un avertissement ou une alarme, un code d'erreur s'affiche.
Évaluer les résultats
Voir le manuel d'utilisation de UNICORN pour savoir comment évaluer les résultats.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
101
8 Procédure de post-synthèse
8
Procédure de post-synthèse
À propos de ce chapitre
Ce chapitre décrit les instructions à suivre pour récupérer les oligonucléotides d'ADN
sur le support et pour retirer les groupes de protection du produit.
Remarque :
Ce chapitre concerne le support d'amorçage Primer Support 5G
et peut ne pas s'appliquer à d'autres supports. Toujours
consulter les instructions fournies avec les supports solides
utilisés.
Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Substances dangereuses. Lors de l'utilisation de substances
chimiques dangereuses, prendre toutes les mesures de protection
appropriées, telles que le port de vêtements de protection, de
lunettes de sécurité et de gants résistant aux substances utilisées.
Respecter les réglementations locales et/ou nationales pour une
utilisation et une maintenance en toute sécurité du produit.
Procédure
Une fois la synthèse terminée, suivre les instructions ci-dessous.
102
Étape
Action
1
Détacher la colonne du support de colonne (réacteur) lorsque la synthèse
est terminée.
2
Placer le réacteur sur une fiole à vide avec un adaptateur (sans retirer la
partie supérieure du réacteur). Appliquer le vide pendant plus de 30 minutes
pour sécher le support. L'augmentation du poids de la colonne doit être d'au
moins 1 gramme pour la colonne de 6,3 ml et de 0,2 gramme pour la colonne
de 1,2 ml. Cette augmentation de poids suppose que le Primer Support 5G
est utilisé pour le Test13 des oligonucléotides.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
8 Procédure de post-synthèse
Étape
Action
3
Dévisser la partie supérieure du réacteur pendant l'application du vide. Relâcher le vide et retirer le réacteur du filtre à vide.
4
À l'aide d'une spatule, transférer le support dans un flacon ou un tube. Pour
résister à l’exposition dans des conditions de non-protection, le flacon ou le
tube doivent être munis d'un joint en PTFE. Après utilisation, nettoyer le
réacteur de la colonne par sonication pendant 30 minutes dans du
méthanol. Sécher correctement le réacteur avant de le réutiliser.
5
À l'aide d'une spatule, transférer le support dans un flacon ou un tube. Pour
résister à l’exposition dans des conditions de non-protection, le flacon ou le
tube doivent être munis d'un joint en PTFE.
Remarque :
Après utilisation, nettoyer le réacteur de la colonne par sonication pendant
30 minutes dans du méthanol. Sécher correctement le réacteur avant de le
réutiliser.
6
Ajouter au minimum 10 ml d'hydroxyde d'ammonium par gramme de
support. Secouer vigoureusement, puis incuber pendant toute une nuit à
55°C.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
103
8 Procédure de post-synthèse
104
Étape
Action
7
Laisser refroidir le mélange de réaction avant d'ouvrir le flacon ou le tube,
puis filtrer le contenu avec un filtre en verre (taille du pore 3-4). Utiliser un
ballon d'évaporation rotatif afin de recueillir le filtrat.
8
Laver le support au minimum 5 fois avec le volume de la colonne de 1:1
éthanol:eau.
9
Ajouter 0,5 à 1 volume d'éthanol pour réduire le risque d'ébullition explosive,
puis faites évaporer le filtrat jusqu'à siccité sur un évaporateur rotatif.
10
Dissoudre de nouveau le produit oligonucléotidique si nécessaire.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9
Maintenance
À propos de ce chapitre
Ce chapitre fournit des informations concernant le nettoyage, l'entretien, l'étalonnage
et le stockage du produit à l’intention des utilisateurs et du personnel de maintenance.
Important
Il est important d’effectuer une maintenance régulière pour assurer un fonctionnement sécurisé et sans problème de l’instrument. L’utilisateur doit effectuer une maintenance quotidienne et mensuelle. Une maintenance préventive doit être effectuée
tous les ans par le personnel qualifié agréé. Pour la maintenance d'un composant
spécifique, lire attentivement le manuel du composant et suivre les instructions.
Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Avant de tenter de réaliser les procédures décrites dans ce
chapitre, lire et comprendre la totalité des sections correspondantes dans le chapitre des consignes de sécurité comme indiqué
ci-dessous :
• Consignes générales, à la page 12
• Protection individuelle, à la page 13
• Maintenance, à la page 19
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
105
9 Maintenance
Dans ce chapitre
Section
106
Voir page
9.1
Programme de maintenance utilisateur
107
9.2
Nettoyage
111
9.3
Maintenance des composants
114
9.4
Désassemblage et assemblage des composants et
consommables
118
9.5
Remplacement des fusibles
134
9.6
Étalonnage
135
9.7
Préparation à la mise en veille du système ÄKTA oligopilot
plus
136
9.8
Stockage
137
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.1 Programme de maintenance utilisateur
9.1
Programme de maintenance utilisateur
Introduction
Le calendrier de maintenance utilisateur fournit un guide des opérations de maintenance (et de leurs intervalles) qui doivent être effectuées par l’utilisateur. Il incombe
cependant à l’utilisateur de décider du type des opérations de maintenance à effectuer
et des intervalles (c.-à-d. leur fréquence) nécessaires pour garantir le bon fonctionnement et la sécurité du système.
Programme de maintenance
utilisateur
Intervalle
Action
Instructions/référence
Tous les
jours
Contrôle d'étanchéité
• Contrôler visuellement le système afin de détecter
des fuites éventuelles.
• Inspecter la pompe P-900 pour vérifier l’absence de
fuite.
Remarque :
Si le liquide de rinçage est décoloré après moins de
20 cycles, remplacer les joints du piston.
Nettoyer le circuit du
système
1. Pour nettoyer le circuit, voir Nettoyage du circuit du
système, à la page 111.
2. Pour laisser le système pendant quelques jours, se
reporter à la Section 9.8 Stockage, à la page 137.
Une fois
par
semaine
Étalonner l'électrode de
pH (en option)
Étalonner l'électrode de mesure du pH (le cas échéant)
conformément au Mode d’emploi du moniteur pH/C-900,
référence 29054925.
Contrôler les filtres d'entrée
Vérifier visuellement les filtres d'entrée et les remplacer
si nécessaire.
Vérifier l'étanchéité des connecteurs dans les bouchons
des flacons et sur le panneau d'entrée.
Filtres (frittés) à bouteilles
et flacons
Remplacer les frittés.
Remarque :
Ne pas utiliser de frittés dans des flacons contenant des
solvants chlorés, sous peine de provoquer le gonflement
et le détachement du filtre.
Remplacer le filtre en ligne
(le cas échéant)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Remplacer le filtre en ligne.
107
9 Maintenance
9.1 Programme de maintenance utilisateur
Intervalle
Action
Instructions/référence
Changer la solution de
rinçage des pompes
Changer la solution de rinçage. Toujours utiliser de l'acétonitrile comme solution de rinçage.
Si le volume de la solution de rinçage dans le flacon de
stockage a augmenté, cela peut indiquer une fuite
interne de la pompe. Remplacer le joint du piston conformément aux instructions du Section 9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900, à la
page 120.
Si le volume de la solution de rinçage dans le flacon de
stockage a significativement baissé, vérifier que les
connecteurs du système de rinçage sont correctement
montés.
Si les connecteurs du système de rinçage ne fuient pas,
les membranes de rinçage ou les joints de piston sont à
risque pour des fuites. Remplacer les membranes et les
joints d'étanchéité du piston conformément au Section
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la
P-900, à la page 120.
Remarque :
Remplacer toutes les anciennes solutions d'amidite afin
de maintenir la qualité des solutions utilisées.
108
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.1 Programme de maintenance utilisateur
Intervalle
Action
Instructions/référence
Tous les
mois
Limiteur de débit
Vérifier que le limiteur de débit génère la contre-pression suivante :
FR-902: 0,2 ± 0,05 MPa
Vérifier que la contre-pression est la suivante :
1. Débrancher le limiteur de débit.
2. Raccorder une tubulure (d’env. 1 m de long et 1 mm)
à un port vide de la vanne d’injection. Régler la vanne
manuellement sur ce port. Placer l’extrémité ouverte
dans un conteneur à déchets.
3. Faire fonctionner la pompe à un débit de 10 ml/min
avec de l’acétonitrile. Noter la contre-pression (Bp1)
affichée sur l’écran de la pompe, ou dans la fenêtre
Run Data (Données d’analyse).
4. Raccorder le limiteur de débit à l'extrémité ouverte
de la tubulure (respecter le repère IN). Placer le
réducteur de débit dans le conteneur à déchets.
5. Faire fonctionner la pompe à un débit de 10 ml/min
avec de l’acétonitrile. Noter la contre-pression (Bp2)
affichée sur l’écran de la pompe, ou dans la fenêtre
Run Data (Données d’analyse).
6. Calculer la contre-pression générée par le limiteur de
débit. Le remplacer s’il est endommagé.
Collecteur à gaz inerte
Inspecter la soupape de dépressurisation pour détecter
d’éventuelles fuites.
Remarque :
En premier lieu, extraire la soupape de dépressurisation
et la relâcher. Si nécessaire, nettoyer le joint torique à
l'aide d'éthanol et d'un chiffon doux.
Tous les
ans
Contrôle du moniteur
UV-900
Inspecter le monitor UV-900 conformément aux instructions du mode d'emploi du moniteur UV-900, référence
28962214.
Inspection des vannes
Vérifier l’absence de fuite interne ou externe. Changer la
plaque des canaux et la plaque de distribution tous les
ans ou lorsque nécessaire. Se reporter à la fiche d'instructions de la vanne concernée.
Bouchons pour flacons de
capping A et DEA
Remplacer les joints d'étanchéité.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
109
9 Maintenance
9.1 Programme de maintenance utilisateur
Intervalle
Action
Instructions/référence
Lorsque
cela est
nécessaire
Remplacer les
membranes ou le culbuteur
Se reporter au manuel de l’utilisateur approprié.
110
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.2 Nettoyage
9.2
Nettoyage
Nettoyage avant une
maintenance/une intervention
planifiée
Pour garantir la protection et la sécurité du personnel d'entretien, tous les équipements et toutes les zones de travail doivent être propres et exempts de contaminants
dangereux avant que le technicien de maintenance ne commence son travail.
Remplir la liste de vérification du Formulaire de déclaration de santé et de sécurité sur
site ou du Formulaire de déclaration de santé et de sécurité pour la réparation ou le
retour de produits, selon que l'instrument doit être réparé sur site ou renvoyé pour
réparation, respectivement.
Formulaires de déclaration de santé
et de sécurité
Les formulaires de déclaration de santé et de sécurité peuvent être copiés ou imprimés
depuis le chapitre Informations de référence de ce manuel ou le support numérique
fourni avec la documentation utilisateur.
Nettoyage du circuit du système
Rincer le système avec de l'acétonitrile à l'aide du modèle de méthode d'arrêt fourni.
Nettoyage des connecteurs de fibres
optiques
Se reporter à la section pertinente du mode d'emploi du moniteur UV-900 .
Nettoyer la chambre de mesure du
moniteur UV-900
Si le niveau de mise à zéro automatique excède 1000 mAU à 280-290 nm, la chambre
de mesure doit être nettoyée, pour
• réussir le test d'installation (gradient d'étape)
• obtenir des valeurs de détritylation appropriées pendant la synthèse.
La procédure dure 30 minutes (du début à la fin).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
111
9 Maintenance
9.2 Nettoyage
AVERTISSEMENT
Substances dangereuses. Lors de l'utilisation de substances
chimiques dangereuses, prendre toutes les mesures de protection
appropriées, telles que le port de vêtements de protection, de
lunettes de sécurité et de gants résistant aux substances utilisées.
Respecter les réglementations locales et/ou nationales pour une
utilisation et une maintenance en toute sécurité du produit.
Éléments nécessaires
Le tableau ci-dessous répertorie les articles nécessaires.
Élément
Quantité
MilliQ ou eau désionisée
100 ml
Acide nitrique, 69-70 %
20 ml
Tubulure en ETFE, 1/16 po de Ø ext., 1 mm
20 cm
(18114238)
1
Connecteur Fingertight, 1/16 po
(18111255)
1
Connecteur luer mâle/femelle de 1/16 po
(18111251)
Seringue de 10 ml
2
Béchers
3
Procédure
Suivre les étapes ci-dessous pour nettoyer la cellule de mesure UV-900.
112
Étape
Action
1
Raccorder le connecteur luer mâle à l'entrée de la chambre de mesure UV.
2
Raccorder le connecteur manuel 1/16 po via la tubulure en ETFE à la sortie
de la chambre de mesure UV.
3
Raccorder une seringue vide de 10 ml au connecteur luer pour aspirer des
solutions d'eau, d'air et de nettoyage.
4
Placer la tubulure en ETFE dans un bêcher rempli d'eau.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.2 Nettoyage
Étape
Action
5
Aspirer 8 à 10 ml d'eau dans la seringue.
6
Aspirer 8 à 10 ml d'air dans la seringue pour éliminer l'eau.
7
Verser l'acide nitrique dans un bêcher et y plonger la tubulure en ETFE.
8
Aspirer 8 à 10 ml de solution de nettoyage dans la seringue.
9
Laisser la seringue et la solution de nettoyage en place pendant 30 minutes.
10
Aspirer 2 à 3 ml d'air dans la seringue.
11
Retirer la seringue contenant la solution de nettoyage.
12
Raccorder la seringue vide de 10 ml au connecteur luer.
13
Placer la tubulure en ETFE dans un bêcher rempli d'eau.
14
Aspirer 10 ml d'eau dans la seringue. Répéter cette opération deux fois.
15
Aspirer 8 à 10 ml d'air dans la seringue pour éliminer l'eau.
16
Raccorder la chambre de mesure UV au système.
17
Rincer la chambre de mesure UV en pompant de l'acétonitrile pour éliminer
les déchets.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
113
9 Maintenance
9.3 Maintenance des composants
9.3
Maintenance des composants
Dans cette section
Section
114
Voir page
9.3.1
Introduction
115
9.3.2
Purge de la pompe P-900
116
9.3.3
Amorçage du système de rinçage du joint de piston de la
pompe P-900
117
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.3 Maintenance des composants
9.3.1 Introduction
9.3.1
Introduction
Cette section décrit les tâches de maintenance de la pompe P-900 pump. La maintenance et le remplacement préventif des pièces des autres composants essentiels sont
décrits dans les manuels respectifs inclus dans la documentation du système.
La documentation du système inclut également une liste des pièces de rechange
communes et leur référence de commande. Cette liste est également disponible en
ligne à l’adresse cytiva.com/oligo.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
115
9 Maintenance
9.3 Maintenance des composants
9.3.2 Purge de la pompe P-900
9.3.2
Purge de la pompe P-900
Suivre la procédure ci-dessous pour purger la pompe.
Étape
Action
1
La pompe P-900 comprend quatre vannes de purge. Lors de la purge, ouvrir
l’une des vannes en la tournant de ½ à 1 tour dans le sens antihoraire.
Résultat :
Résultat : le liquide s'écoule à travers l'évent de la vanne – à supposer que les
flacons de réactif sont pressurisés.
116
2
Attendre jusqu'à ce qu'un écoulement régulier de solvant provienne de la
vanne de purge. Cela peut prendre quelques minutes.
3
Si les lignes d’entrée sont trop longues, il peut être nécessaire de raccorder
une seringue de 20 à 60 ml résistante aux solvants à la vanne de purge P-900
et d'aider la progression du solvant dans la pompe à l'aide de la seringue.
4
Lorsqu'un débit constant est établi, fermer la vanne de purge et procéder de
même avec les 3 vannes de purge restantes.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.3 Maintenance des composants
9.3.3 Amorçage du système de rinçage du joint de piston de la pompe P-900
9.3.3
Amorçage du système de rinçage du joint de piston de la
pompe P-900
Suivre les étapes ci-dessous pour amorcer le système de rinçage du joint d’étanchéité
du piston de la pompe P-900.
Étape
Action
1
Raccorder la tubulure et le clapet anti-retour conformément à l'illustration
ci-dessous. Noter le sens de l’écoulement sur le clapet anti-retour.
2
Plonger la tubulure de rinçage (1) à travers la membrane du bouchon (inclus)
d’un flacon (2) contenant de l'acétonitrile à 100 %.
3
Raccorder une seringue avec les connecteurs fournis à la tubulure de
rinçage (3) qui est reliée à la partie inférieure de la tête de pompe gauche de
la pompe A (4). Aspirer lentement 5 à 10 ml de solution de rinçage dans la
seringue.
Remarque :
Le matériau à l'intérieur de l'adaptateur luer femelle de 1/16 po n'est pas
compatible avec l'acétonitrile. Veiller à ce que l'immersion soit très brève.
4
Retirer la seringue et insérer la tubulure (3) à travers la membrane du
bouchon du flacon. S'assurer que la tubulure est à environ 1 cm au-dessus de
la surface du liquide – cela facilitera la vérification des fonctions du système
de rinçage pendant la synthèse.
5
Lorsque le niveau de liquide/d’acétonitrile dans le flacon est bas, ajouter du
solvant jusqu'à ce que le niveau arrive à 1 cm sous la tubulure 3. Le solvant
doit être changé lorsqu'il est décoloré (couleur brunâtre, jaunâtre). Si le
solvant se décolore en moins d'une semaine, cela indique qu’il est probablement temps d’effectuer une vérification de service et de remplacer les joints
de pompe.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
117
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4
Désassemblage et assemblage des composants et
consommables
Important
L'opérateur doit lire attentivement et comprendre les instructions fournies pour
chaque composant avant de démonter et de monter un composant. Lorsque des
consommables sont remplacés, tels que les tubulures et les connecteurs de tubulures,
toutes les précautions de sécurité nécessaires doivent être prises. Prendre contact
avec un représentant Cytiva local pour obtenir plus d'informations ou d’assistance.
Dans cette section
Section
118
Voir page
9.4.1
Consignes de sécurité
119
9.4.2
Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
120
9.4.3
Remplacement d’un piston endommagé
130
9.4.4
Nettoyage et remplacement des clapets antiretour d’entrée et de sortie
131
9.4.5
Remplacement des vannes IV-908 etINV-907H
133
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.1 Consignes de sécurité
9.4.1
Consignes de sécurité
AVERTISSEMENT
Coupure de l'alimentation électrique. Toujours couper l'alimentation électrique de l'instrument avant de remplacer tout composant, sauf indication contraire dans le manuel d'utilisation.
AVERTISSEMENT
Avant le démontage, vérifier que le réseau de tuyaux n'est pas
pressurisé.
AVERTISSEMENT
Avant utilisation, tous les raccordements de procédé et le système
de tuyauterie doivent être testés pour détecter une fuite éventuelle à la pression maximale et assurer une protection continue
contre les risques de blessures dus aux jets de liquide, aux tuyaux
percés ou à un environnement explosif.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
119
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
9.4.2
Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la
P-900
Introduction
En cas de signe de fuite de liquide entre la tête de pompe et le panneau latéral de l’enceinte, ou de réduction ou d’augmentation du volume de la solution de rinçage,
remplacer le joint d’étanchéité du piston ou la tête de pompe présentant la fuite.
AVIS
Ne pas démonter la tête de pompe, à moins qu’il n’existe une bonne
raison de suspecter une fuite du joint d’étanchéité. Toujours s’assurer qu’un nombre suffisant de pièces de rechange est disponible
avant d’essayer de remplacer le joint d’étanchéité du piston. Il n’est
pas possible de réinstaller un joint d’étanchéité de piston usagé
après l’avoir enlevé.
Remarque :
L’alimentation doit être coupée (OFF) lors du démontage et du
remontage des têtes de pompe.
Remarque :
Toujours remplacer les joints d’étanchéité du piston des deux
têtes de pompe en même temps. La meilleure pratique consiste
à remplacer les quatre joints d’étanchéité de piston.
Pièces de rechange et outils requis
Kit d’étanchéité (voir cytiva.com/oligo pour le numéro de code) :
•
•
•
•
•
120
2 ou 4 joints d’étanchéité de piston
2 ou 4 membranes de rinçage
Clé de 1/4 de pouce (fournie avec la pompe)
Clé hexagonale de 3 mm (fournie avec la pompe)
Tournevis (fourni avec la pompe)
Remarque :
Après l’installation d’un nouveau joint, la pompe doit être rodée
(voir Rodage d’un nouveau joint d’étanchéité de piston, à la page
123.
Remarque :
Avant de démonter les têtes de pompe, placer tous les flacons de
tampon d’entrée en dessous du niveau des têtes de pompe afin
d’éviter tout effet de siphonnage.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
AVIS
Lire attentivement les instructions suivantes. Certaines pièces de
la tête de pompe peuvent être mal montées. Vérifier l’emplacement correct de chaque pièce avant de passer à l’instruction
suivante.
Instructions pour retirer le joint du
piston
Suivre les instructions ci-dessous pour retirer le joint d’étanchéité du piston d’une
pompe :
Étape
Action
1
Éteindre la pompe à l’aide de l’interrupteur d’alimentation électrique situé
sur le panneau arrière. Retirer le système de rinçage du joint d’étanchéité du
piston. Les connecteurs sont de simples raccords enfichables.
2
Desserrer complètement le raccord de tubulure sur la vanne de sortie.
Outlet valve
3
À l’aide de la clé Allen, dévisser et retirer complètement l’une des deux vis
hexagonales qui bloquent la tête de pompe en position.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
121
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
122
Étape
Action
4
Desserrer la deuxième vis de blocage tout en poussant fermement sur
l’avant de la tête de pompe afin de compenser la pression du ressort de
rappel du piston. Tenir fermement la tête de pompe pour éviter qu’elle ne se
torde. Retirer la deuxième vis et, sans laisser la tête de la pompe tourner sur
le côté, la tirer avec précaution.
5
Placer la partie avant de la tête de pompe face vers le bas, contre la paillasse.
Retirer le piston avec le ressort de rappel.
6
Inspecter le piston et le ressort de rappel pour s'assurer de l'absence de
dommages. En cas de dommages, ils doivent être remplacés.
7
Essuyer le piston avec un chiffon propre. Si des solutions salines ont été utilisées, le piston peut être légèrement corrodé. Cette corrosion peut être
éliminée avec une gomme en caoutchouc. Si elle ne peut pas être essuyée
ou frottée, racler les dépôts éventuels avec un scalpel ou une lame de rasoir.
Inspecter le piston à l’aide d’une loupe pour s'assurer de l'absence d’éraflures. Le remplacer par un piston neuf en cas de présence d’éraflures ou de
fissures.
8
Retirer les deux vis fixant la plaque de drainage et la chambre de rinçage.
Retirer et mettre au rebut la membrane de rinçage. Retirer la chambre de
rinçage. Pour la pompe P-903 : retirer également la rondelle de soutien.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
Étape
Action
Rinsing membrane
Drain plate
Rinse chamber
9
Retirer délicatement le joint d’étanchéité du piston. Jeter le joint utilisé.
10
Rincer ou nettoyer soigneusement la tête de pompe, la chambre de rinçage
et la plaque de drainage dans un bain à ultrasons, si disponible. Si des saletés
sont visibles sur une surface quelconque, les clapets antiretour d’entrée et
de sortie doivent être enlevés et nettoyés séparément (voir Section 9.4.4
Nettoyage et remplacement des clapets antiretour d’entrée et de sortie, à la
page 131).
Passer à Installation du joint d’étanchéité du piston, à la page 127. De plus amples
détails sur les pompes sont fournis à la section Vue éclatée des pompes P-901 et P-903,
à la page 126.
Rodage d’un nouveau joint
d’étanchéité de piston
Remarque :
Cette section n’est pas applicable à la synthèse des oligonucléotides.
Le joint du piston doit être rodé en utilisant du méthanol à 100 %.
AVIS
Pour protéger les joints de la pompe, toujours veiller à l’apport
constant d’éluant. La pompe ne doit jamais fonctionner à sec.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
123
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
Étape
Action
1
Veiller à ce que le réservoir soit rempli avec une quantité d’éluant suffisante.
Immerger la tubulure d’entrée dans l’éluant. Le réservoir doit être placé à au
moins 30 cm au-dessus de l’entrée de la pompe.
2
Raccorder une seringue Luer mâle d’environ 30 ml à l’extrémité ouverte de la
tubulure de purge.
3
Raccorder le connecteur Luer mâle à l’autre extrémité de la tubulure de
purge à la vanne de purge, à gauche du module de pompe A.
4
Tourner la vanne de purge d’un demi-tour dans le sens antihoraire pour l’ouvrir et aspirer lentement l’éluant dans la seringue.
5
Lorsque le liquide commence à entrer dans la seringue, continuer à prélever
quelques millilitres avant de fermer la vanne de purge. Vérifier qu’il ne reste
pas d’air dans la tubulure d’entrée.
6
Répéter les étapes 3 à 5 pour le module de pompe B, si installé.
7
Vérifier que les tubulures de sortie ne sont pas obstruées.
8
Raccorder un capillaire fin ou une colonne qui fournira une contre-pression
suffisante.
9
Faire fonctionner la pompe au débit suivant pendant15 minutes:
10
11
124
P-901
1 ml/min (ou 2 ml/min 50 %B)
P-903
0,1 ml/min (ou 0,2 ml/min 50 %B)
Faire fonctionner la pompe au débit, à la contre-pression et à la durée
suivants :
P-901
20 ml/min (ou 40 ml/min 50 %B) à une contre-pression de
2 à 5 MPa pendant 15 minutes.
P-903
2 ml/min (ou 4 ml/min 50 %B) à une contre-pression de
5 à 10 MPa pendant 2 heures, ou plus longtemps si possible
(par exemple, toute une nuit)
Enfin, changer l’éluant selon les instructions de la rubrique Remplacement
de l'éluant, à la page 125.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
Remplacement de l'éluant
AVIS
Pour éviter la précipitation de cristaux lors du changement du sel
contenu dans le tampon à un solvant organique, toujours rincer le
système avec de l'eau comme liquide intermédiaire.
Lors du remplacement d’un éluant particulier par un autre, il est extrêmement important que les deux éluants soient totalement miscibles l’un avec l’autre. Si les deux
éluants sont totalement miscibles l’un avec l’autre, rincer la pompe avec un liquide
intermédiaire qui soit miscible avec les deux éluants. Le non-respect de cette recommandation peut entraîner un écoulement d’éluant inapproprié de la pompe.
Lors du remplacement du tampon contenant du sel par un solvant organique, utiliser
de l'eau comme liquide intermédiaire pour empêcher la précipitation.
Étape
Action
1
Arrêter la pompe en la configurant en mode Pause.
2
Transférer la tubulure d'entrée dans le nouvel éluant ou dans le liquide intermédiaire.
3
Faites fonctionner la pompe au débit et pendant la durée spécifiés dans le
tableau ci-dessous.
Pompe
Débit
Durée
P-901
40 ml/min
10 minutes
P-903
4 ml/min
10 minutes
4
Arrêter la pompe. Si un liquide intermédiaire est utilisé, transférer la tubulure d'entrée dans le dernier éluant, puis répéter l'étape 3 avec ce nouvel
éluant.
5
Dans UNICORN, sélectionner l'instruction PumpWash (Lavage de pompe)
dans System Control →Manual →Pump (Commande du système > Manuel
> Pompe).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
125
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
Vue éclatée des pompes P-901 et
P-903
1
2
3
3
4
UP
UP
5
6
7
7
8
9
10
12
12
11
11
P-901
126
P-903
Élément
Description
1
Piston
2
Ressort de rappel
3
Orifice de vidange
4
Plaque de drainage
5
Membrane de rinçage
6
Rinçage de la chambre
7
Sortie de la chambre de rinçage
8
Rondelle de support
9
Bague de raccord
10
Joint de piston
11
Clapet antiretour d'entrée
12
Clapet antiretour de sortie
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
Installation du joint d’étanchéité du
piston
Suivre les instructions ci-dessous pour installer un nouveau joint d’étanchéité de
piston dans une pompe :
Étape
Action
1
Humidifier légèrement le nouveau joint et le placer dans l’orifice de la tête de
pompe, puis appuyer dessus avec un objet plat et dur. Pour la pompe P-903 :
remette la rondelle de support sur le nouveau joint.
2
En orientant la tête de pompe vers le bas, contre la paillasse, placer la
chambre de rinçage sur la tête de pompe, les ports de rinçage alignés avec
les clapets antiretour d’entrée et de sortie. La dépression conique dans la
chambre de rinçage doit être orientée vers le haut, prête à recevoir la
nouvelle membrane de rinçage. Installer la membrane de rinçage avec la
face conique orientée vers le bas.
3
Placer la plaque de drainage au-dessus de l'assemblage. Utiliser les deux vis
de la chambre de rinçage pour verrouiller l’ensemble.
Remarque :
Aligner l’orifice de vidange de la plaque de drainage avec le clapet antiretour
d’entrée (le côté opposé de la tête de pompe marqué OUT/UP ([Sortie/Haut]).
4
Nettoyer le piston et supprimer toutes les traces de doigts. Humidifier le
piston puis l’insérer dans le ressort de rappel. En orientant la tête de la
pompe vers le bas, contre la paillasse, insérer le piston dans la tête de pompe
en le poussant verticalement dans le joint, doucement mais fermement.
Inlet check
valve
UP
AVIS
Ne pas pousser le piston à un angle par rapport à la tête
et ne pas tordre le piston.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
127
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
Étape
Action
5
Tourner la tête de sorte que la vanne d’entrée et l’orifice de vidange soient
orientés vers le bas et que le texte UP/OUT (Haut/Sortie) sur la tête de la
pompe soit orienté vers le haut. Monter la tête de pompe complète sur les
broches de positionnement du panneau avant. Repérer l’extrémité métallique du piston et le ressort vers la came d’entraînement. Tenir la tête de
pompe fermement contre le panneau latéral du boîtier d’une main. Ne pas
laisser l’ensemble se tordre sous la pression du ressort de rappel. À l’aide de
la clé Allen, placer et serrer une des vis hexagonales. Installer et serrer la vis
hexagonale restante.
AVERTISSEMENT
Une tubulure mal fixée risque de se desserrer et de
provoquer la projection d'un jet de liquide. Cette situation est particulièrement dangereuse si des substances
chimiques dangereuses sont utilisées. Raccorder la
tubulure en commençant par l'insérer entièrement, puis
serrer le raccord à serrage manuel. Bien serrer le
connecteur en effectuant 1/4 de tour supplémentaire à
l’aide de la clé fournie.
128
6
Raccorder la tubulure de sortie au clapet antiretour de sortie et le bloc du
collecteur comme décrit ci-dessus.
7
Remonter la tubulure du système de rinçage du piston de la pompe.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du piston de la P-900
Étape
Action
8
La pompe doit maintenant être purgée et le nouveau joint de piston doit être
soigneusement rodé, en suivant les instructions de la rubrique Rodage d’un
nouveau joint d’étanchéité de piston, à la page 123.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
129
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.3 Remplacement d’un piston endommagé
9.4.3
Remplacement d’un piston endommagé
Les symptômes typiques d’un piston endommagé sont notamment une usure du
piston excessive, une pression instable, une réduction du débit ou, dans certains cas,
un bruit lorsque le piston bouge. Le piston doit être retiré, examiné pour vérifier l’absence de dommages ou de précipitation de sel, puis remplacé par un piston neuf si
nécessaire.
Si un piston endommagé a été utilisé, le joint d’étanchéité du piston sera détérioré et
devra également être remplacé. Pour remplacer le piston et le joint d’étanchéité,
consulter les instructions de la Section 9.4.2 Remplacement du joint d’étanchéité du
piston de la P-900, à la page 120.
Outre les pièces de rechange énumérées dans Section 9.4.2 Remplacement du joint
d’étanchéité du piston de la P-900, à la page 120, le matériel suivant est requis :
130
Produit
Nom du produit
11-0003-34
Solution inerte pour pompe (10 ml)
11-0008-85
Solution inerte pour pompe (100 ml)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.4 Nettoyage et remplacement des clapets antiretour d’entrée et de sortie
9.4.4
Nettoyage et remplacement des clapets antiretour
d’entrée et de sortie
Avant de démonter les clapets antiretour, placer tous les flacons de tampon d’entrée
en dessous du niveau des têtes de pompe afin d’éviter tout effet de siphonnage.
AVERTISSEMENT
Substances dangereuses. Lors de l'utilisation de substances
chimiques dangereuses, prendre toutes les mesures de protection
appropriées, telles que le port de vêtements de protection, de
lunettes de sécurité et de gants résistant aux substances utilisées.
Respecter les réglementations locales et/ou nationales pour une
utilisation et une maintenance en toute sécurité du produit.
Remarque :
Remplacer le solvant par du méthanol et rincer entièrement le
sel avant de retirer les clapets antiretour.
Outils nécessaires : Clés de 13 mm et 1/4 po.
Étape
Action
1
Si l’état du clapet antiretour n’est pas amélioré par un nettoyage en place,
débrancher et retirer le collecteur d’entrée et la tubulure de sortie.
2
Utiliser la clé de 13 mm pour retirer le clapet de la tête de pompe.
AVIS
Manipuler avec précaution les clapets antiretour retirés
des têtes de pompe pour prévenir la perte d’éléments
internes.
3
Immerger les clapets entièrement dans du méthanol et les placer dans un
bain à ultrasons pendant quelques minutes. Répéter l’immersion dans le
bain à ultrasons avec de l’eau déminéralisée.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
131
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.4 Nettoyage et remplacement des clapets antiretour d’entrée et de sortie
Étape
Action
4
Remonter les clapets antiretour. Le clapet antiretour d’entrée (avec un bord
pour le collecteur et une ouverture de plus grand diamètre) est monté sur le
côté marqué IN (Entrée) de la tête de pompe. Serrer l’écrou manuellement à
fond, puis utiliser la clé à molette de 13 mm pour le serrer encore de 1/3 de
tour (120°). Ne pas serrer excessivement les clapets, car les composants
internes pourraient être endommagés.
5
Raccorder la tubulure en commençant par l'insérer entièrement, puis serrer
le raccord à serrage manuel. Bien serrer le connecteur en effectuant 1/4 de
tour supplémentaire à l’aide de la clé fournie.
AVERTISSEMENT
Avant utilisation, tous les raccordements de procédé et
le système de tuyauterie doivent être testés pour
détecter une fuite éventuelle à la pression maximale et
assurer une protection continue contre les risques de
blessures dus aux jets de liquide, aux tuyaux percés ou à
un environnement explosif.
6
Remettre en place la tubulure de sortie et le collecteur d’entrée.
7
Purger la pompe avec précaution et vérifier que l’action de pompage est
corrigée. Voir Section 9.3.2 Purge de la pompe P-900, à la page 116.
AVIS
Les clapets antiretour disposent de composants définis
avec précision et doivent être démontés uniquement
par un technicien de maintenance formé. Si le problème
persiste, le clapet antiretour doit être complètement
remplacé.
132
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.4 Désassemblage et assemblage des composants et consommables
9.4.5 Remplacement des vannes IV-908 etINV-907H
9.4.5
Remplacement des vannes IV-908 etINV-907H
Démonter les vannes et remplacer la plaque de distribution.
Remarque :
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Les pièces de rechange de différents types de vannes ne sont
pas interchangeables. Se reporter aux manuels des composants
de vanne fournis avec le système ÄKTA oligopilot plus pour plus
d’informations.
133
9 Maintenance
9.5 Remplacement des fusibles
9.5
Remplacement des fusibles
AVERTISSEMENT
Risque de choc électrique. Toutes les réparations doivent être
effectuées par le personnel technique agréé par Cytiva. N'ouvrir
aucun capot et ne remplacer aucune pièce sauf en cas d’indication
spécifique dans la documentation utilisateur.
Remarque :
134
En cas de panne électrique, contacter un représentant Cytiva.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.6 Étalonnage
9.6
Étalonnage
Le tableau ci-dessous indique le type et la fréquence des étalonnages qui peuvent être
effectués sur l’instrument. Se reporter à la documentation utilisateur de UNICORN, aux
manuels d’utilisation et aux instructions relatives à chaque composant pour obtenir
des informations sur les procédures d’étalonnage. Les étalonnages sont effectués à
partir de UNICORN en sélectionnant System →Calibrate (Système > Étalonnage)
dans System Control(Commande du système).
Composant
Fréquence
Résultat de pression
Si nécessaire.
Cellule de
mesure de la
conductivité
Constante de
la cuve
Uniquement nécessaire si une conductivité
spécifique avec une précision élevée est
mesurée (Cond_Calib).
Température
Doit être réalisée lors du changement de cuve à
circulation de conductivité (Temp).
Entrer une
nouvelle
constante de
cuve
Doit être réalisée lors du changement de cuve à
circulation de conductivité (Cond_Cell).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
135
9 Maintenance
9.7 Préparation à la mise en veille du système ÄKTA oligopilot plus
9.7
Préparation à la mise en veille du système ÄKTA
oligopilot plus
Suivre les étapes ci-dessous s’il est prévu de ne pas utiliser le système ÄKTA oligopilot
plus pendant plusieurs semaines.
Étape
Action
1
Débrancher les flacons suivants :
•
•
•
•
•
•
amidites
activateur
réactif d'oxydation
réactif de capping A
réactif de capping B
réactif de thiolation
Placer les bouchons sur les flacons et les visser à fond.
136
2
Conserver les solutions d'amidite à 4 °C et la solution d'activateur à température ambiante.
3
Raccorder les flacons d'acétonitrile sur les lignes d'amidite, d'activateur et
de solvant.
4
Exécuter la méthode de modèle d'arrêt dans UNICORN pour purger le
système à l’aide d'acétonitrile.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
9 Maintenance
9.8 Stockage
9.8
Stockage
Recommandation générale
Pour le stockage, le système doit être tout d'abord nettoyé comme décrit dans
Nettoyage du circuit du système, à la page 111.
Conditions de stockage
Les conditions suivantes doivent être maintenues lorsque le système est stocké :
• Température : 2 °C à 30 °C (température ambiante de préférence)
• Humidité relative : 0 % à 95 %, sans condensation (faible humidité de préférence).
Avant d'utiliser le système après un stockage, nettoyer et désinfecter le système,
étalonner tous les moniteurs et effectuer un test d'étanchéité.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
137
10 Dépannage
10 Dépannage
À propos de ce chapitre
Ce chapitre fournit des informations permettant aux utilisateurs et au personnel de
maintenance d’identifier et de résoudre les éventuels problèmes liés au fonctionnement du produit.
Si les mesures suggérées dans ce guide ne résolvent pas le problème ou que le
problème n'est pas évoqué dans ce guide, contacter un représentant Cytiva pour
obtenir des conseils.
Dans ce chapitre
Section
138
Voir page
10.1
Problèmes relatifs aux courbes d'UV
139
10.2
Problèmes relatifs au moniteur
140
10.3
Problèmes des courbes de conductivité
141
10.4
Pompe P-900
143
10.5
Tubulures et raccords
146
10.6
Contrepression élevée dans le système
147
10.7
Vannes IV-908 et INV-907-H
148
10.8
Problèmes chimiques
149
10.9
Pics de tritylation erronés
150
10.10
Aucun pic détecté
151
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.1 Problèmes relatifs aux courbes d'UV
10.1 Problèmes relatifs aux courbes d'UV
Symptôme d’erreur
Cause éventuelle
Mesure corrective
Signal UV bruyant,
dérive ou instabilité
du signal
Connexions des
fibres UV médiocres
Vérifier les connexions de la fibre
optique de la cellule de mesure
UV. Le remplacer si nécessaire.
Chambre de mesure
UV sale
Nettoyer la chambre UV en
suivant les instructions dans
Nettoyer la chambre de mesure
du moniteur UV-900, à la page
111.
Air dans la pompe ou
la chambre de
mesure UV
Vérifier que le limiteur de débit
FR-902 génère une contrepression de 2,0±1,0 bar à 10 ml/min.
Les filtres d'extrémité sont obstrués
Nettoyer les filtres d'extrémité.
La chambre de
mesure UV est
obstruée ou sale.
Nettoyer la chambre UV en
suivant les instructions dans
Nettoyer la chambre de mesure
du moniteur UV-900, à la page
111.
Le niveau de mise à
zéro automatique
excède 1000 mAU à
une longueur d'onde
de 280 à 290 nm.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
139
10 Dépannage
10.2 Problèmes relatifs au moniteur
10.2 Problèmes relatifs au moniteur
Moniteur pH/C-900 et moniteur
UV-900
140
Symptôme
d’erreur
Cause éventuelle
Mesure corrective
Pas de texte sur
l'écran avant
Le câble d'alimentation n'est pas
raccordé
Vérifier que l'interrupteur d'alimentation est à la position ON (Marche).
Pas de courant
dans la prise électrique
Vérifier que la prise électrique fonctionne en raccordant d'autres appareils. Si la prise électrique est défectueuse, raccorder le câble d'alimentation à une autre prise électrique.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.3 Problèmes des courbes de conductivité
10.3 Problèmes des courbes de conductivité
Symptôme d’erreur
Cause éventuelle
Mesure corrective
Dérive ou signal
bruyant
Air dans la pompe ou
la chambre de
mesure
Vérifier le limiteur de débit après
la chambre de mesure.
Fuite au niveau des
raccords de tubulure
Serrer les connecteurs. Si nécessaire, remplacer les connecteurs.
La pompe ne fonctionne pas correctement
Dépanner la pompe. Voir le
Section 10.4 Pompe P-900, à la
page 143.
Chambre de mesure
sale
Nettoyer la cellule de mesure en
fonction de la procédure dans le
mode d’emploi du moniteur pH/
C-900, référence 29054925.
La mesure de
conductivité avec le
même tampon
baisse dans le temps
Chambre de mesure
sale
Nettoyer la cellule de mesure en
fonction de la procédure dans le
mode d’emploi du moniteur pH/
C-900, référence 29054925.
Résultat incorrect ou
instable
Connexion desserrée
du câble du débit de
conductivité
Vérifier que le câble de la cellule
de conductivité est correctement
raccordé.
Dysfonctionnement
de la pompe et des
vannes
Vérifier que la pompe et les
vannes fonctionnent correctement.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
141
10 Dépannage
10.3 Problèmes des courbes de conductivité
Symptôme d’erreur
Cause éventuelle
Mesure corrective
Erreur possible dans
la cellule COND
Tester le moniteur COND à l'aide
d'une des procédures ci-dessous.
Avec KCl :
1. Injecter 10 à 20 ml de KCl
1 mM dans la cellule COND. La
valeur affichée doit être de
150 ± 20 μS/cm.
2. Injecter 10 à 20 ml de KCl
2 mM dans la cellule COND. La
valeur affichée doit être de
280 ± 20 μS/cm.
Avec NaCL :
• Injecter 10 à 20 ml de NaCl
2 mM dans la cellule COND. La
valeur affichée doit être de 240
± 20 μS/cm.
Réétalonner en cas d'échec aux
tests susmentionnés. Si le
problème persiste après le réétalonnage, contacter un technicien
de maintenance ou remplacer la
cellule COND.
142
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.4 Pompe P-900
10.4 Pompe P-900
Informations importantes
Remarque :
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Les pompes P-900 oligo disposent d’un joint de piston spécial,
fabriqué dans un matériau résistant aux produits chimiques, et
de clapets antiretour spéciaux. Contacter Cytiva si de nouvelles
pièces sont requises.
143
10 Dépannage
10.4 Pompe P-900
Guide de dépannage
Symptôme d’erreur
Mesure corrective
Pas de texte sur
l'écran avant
Vérifier que le cordon d'alimentation électrique est connecté
et que l’interrupteur Power (Alimentation électrique) est en
position ON I (Marche).
Fuite de liquide
entre la tête de la
pompe et le
panneau latéral
Le joint du piston ou la membrane de rinçage est mal inséré(e)
ou usé(e).
1. Remplacer ou réinstaller le joint ou la membrane.
2. Procéder au rodage avec précaution (voir Rodage d’un
nouveau joint d’étanchéité de piston, à la page 123 pour
obtenir des instructions).
Fuite de la connexion et/ou du
matériau cristallisé autour du
connecteur.
Pression de la
pompe erratique
1. Dévisser le connecteur et vérifier qu’’il n’est pas usé ou
incorrectement fixé. Si c’est le cas, remplacer le connecteur.
2. Serrer délicatement le connecteur avec les doigts.
Pour vérifier le fonctionnement de la pompe, faire un enregistrement de la pression ou vérifier la pression dans UNICORN.
En observant l’indicateur de course du piston dans le menu
Check (Vérifier) ainsi que le tracé de la pression, la tête de
pompe qui fonctionne anormalement peut être identifiée
(voir le paragraphe Véirifcation de la course du piston cidessous).
Il peut exister plusieurs causes à l'enregistrement d'une pression anormale, par exemple :
•
•
•
•
•
•
air bloqué dans les têtes de pompes
filtres du solvant partiellement bloqués
fuites au niveau des connexions
fuites au niveau du joint du piston
dysfonctionnement du clapet antiretour
piston endommagé.
Remarque :
Lors du replacement du clapet antiretour, le serrer à 10 Nm.
Cela équivaut à le serrer manuellement, plus 1/8 de tour
supplémentaire.
144
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.4 Pompe P-900
Symptôme d’erreur
Mesure corrective
Débit irrégulier,
très faible débit
Les causes possibles sont de l’air, de la saleté dans un clapet
antiretour qui empêchent ce dernier de fermer de manière
étanche et de résister à la pression.
1. Enregistrer la pression (voir Pression de pompe erratique
ci-dessus).
2. Identifier le clapet antiretour défectueux en déterminant
par observation la tête de pompe qui fournit le débit (voir
Vérification de la course du piston ci-dessous.
3. Essayer de nettoyer les clapets antiretour en place sur la
tête de la pompe en pompant du méthanol à
100 % pendant environ 10 minutes.
4. Si cela ne corrige pas le problème, suivre les instructions
pour retirer puis nettoyer les vannes. Voir Section 9.4.4
Nettoyage et remplacement des clapets antiretour d’entrée et de sortie, à la page 131.
Vérification de la course du piston
Pour permettre le dépannage, il est possible de vérifier laquelle des têtes de module de
pompe fournit le débit :
Sélectionner le menu principal Check (Vérifier) puis appuyer sur OK.
L’écran indique l’état des pistons des deux modules de pompe. A: Left (A : gauche)
signifie que la tête de pompe de gauche fournit un débit dans les pompes A et B: Right
(B : droite) signifie que la tête de pompe droite fournit un débit dans la pompe B. Au
point de changement, les deux sont affichées. La pompe A est la plus proche du
panneau avant.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
145
10 Dépannage
10.5 Tubulures et raccords
10.5 Tubulures et raccords
Symptôme d’erreur
Mesure corrective
Fuites externes
Vérifier les connexions (raccords) des tubulures. Serrer ou
remplacer si requis.
Fuites internes
Les fuites internes peuvent être détectées au niveau du
petit orifice situé au-dessous du corps de la vanne.
Des pièces internes peuvent s'être usées. Changer la
plaque des canaux et la plaque de distribution conformément aux instructions relatives à la vanne concernée.
Contre-pression
élevée (liée aux
vannes des tubulures)
146
1. Procéder à un nettoyage en place conformément aux
instructions relatives à la vanne concernée.
2. Changer la plaque des canaux et la plaque de distribution conformément aux instructions relatives à la vanne
concernée.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.6 Contrepression élevée dans le système
10.6 Contrepression élevée dans le système
Introduction
La contrepression du système est élevée si ce qui suit est vrai :
• l'alarme de pression se déclenche, ce qui se produit lorsque la pression excède
20 bar.
• la contrepression est supérieure à 15 bar et continue d'augmenter.
Causes
Une contrepression élevée dans le système peut être provoquée par des joints frittés
de colonne sales, une tubulure bloquée/coudée, une cuve à circulation d'UV bloquée,
une cuve à circulation de conductivité bloquée ou un limiteur de débit bloqué. Une
contrepression élevée peut aussi être générée par une colonne surchargée à cause,
par exemple, d'une charge trop élevée combinée à une synthèse d'oligonucléotides
longs et/ou de hauteurs de lits importantes.
Mesure
S’il n'est pas possible de déterminer la cause de la contrepression, interrompre la
synthèse et suivre les instructions ci-dessous.
Étape
Action
1
Dans System Control →Manual →Flowpath (Commande du système >
Manuel > Circuit d’écoulement), sélectionner Bypass (Dérivation) et cliquer
sur Execute (Exécuter).
2
Sélectionner Pump (Pompe) et définir Flow_A
• sur 5 ml/min pour le système ÄKTA oligopilot plus 10 ;
• sur 50 ml/min pour le système ÄKTA oligopilot plus 100.
3
Cliquer sur Execute (Exécuter).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
147
10 Dépannage
10.7 Vannes IV-908 et INV-907-H
10.7 Vannes IV-908 et INV-907-H
Symptôme d’erreur
Cause éventuelle
Mesure corrective
La vanne ne commute pas.
Le raccordement à la
pompe n'est pas sécurisé.
Vérifier le serrage du
raccordement de la vanne
et de la pompe.
Le raccordement à la
pompe est incorrect.
Vérifier que la vanne est
raccordée à la prise
UniNet 1.
Le numéro d’ID du
commutateur ne
correspond pas à celui
affiché dans
UNICORN.
Vérifier que le réglage de
l’ID du commutateur dans
UNICORN correspond à
l’ID du commutateur de la
vanne.
Le câble UniNet est
défectueux.
Remplacer le câble
UniNet.
La vanne bascule sur une
position incorrecte.
La vanne a été assemblée de manière incorrecte lors du remplacement de vanne.
Vérifier que le repère i/o
(e/s) ou 3 est horizontal.
Retirer et tourner la
plaque de distribution si
nécessaire.
Fuite externe visible.
Les raccords de tubulure ne sont pas serrés
(étanches).
Serrer ou remplacer les
raccords de tubulure si
nécessaire.
Fuite interne dans la vanne
(détectée au niveau du
petit orifice en dessous du
corps de la vanne).
Les parties internes de
la vanne sont usées.
Changer la plaque des
canaux et la plaque de
distribution.
La contre-pression est
trop élevée, c.-à-d. :
La vanne est obstruée.
Nettoyer la vanne.
La plaque des canaux
ou la plaque de distribution est usée.
Changer la plaque des
canaux et la plaque de
distribution.
• supérieure à 20 bars,
• supérieure ou égale à
15 bars, et en hausse
148
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.8 Problèmes chimiques
10.8 Problèmes chimiques
Les causes courantes des problèmes chimiques sont les suivantes :
• Les réactifs contiennent trop d’eau (> 30 ppm). Utiliser des réactifs de qualité et des
tamis moléculaires si nécessaire.
• Les réactifs sont trop vieux. Les amidites ont une durée de conservation de 2 à 4
semaines – le G-amidite étant plus sensible que les autres. Le T-amidite est le moins
sensible.
• La concentration d'amidite est erronée. Les amidites à 5 grammes et à 10 grammes
sont conditionnés dans le même type de flacon.
• Insuffisance ou absence de purge des amidites ou des solvants avant la synthèse.
• Diminution de la pression du gaz inerte causée par la fuite des bouchons de flacon
ou des tubulures, ou l’ouverture d’un flacon pendant la synthèse.
• Fluctuations du débit résultant de chutes temporaires de pression de gaz, entraînant le piégeage des bulles de gaz de cavitation dans l'une des têtes de pompe.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
149
10 Dépannage
10.9 Pics de tritylation erronés
10.9 Pics de tritylation erronés
150
Symptôme d’erreur
Cause éventuelle
Mesure corrective
Dans la vue des données de
synthèse, les valeurs de rétention et de durée de différentes
bases sont instables, ou ne
suivent pas les tendances.
Un pic de tritylation erroné a
été détecté.
Comparer la valeur de rétention et de durée pour la
dernière efficacité calculée. Si
ces valeurs diffèrent significativement des autres valeurs du
tableau, ignorer ces valeurs de
pic.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.10 Aucun pic détecté
10.10 Aucun pic détecté
Premières mesures
Si le message No Peak detected (Aucun pic détecté) s'affiche dans UNICORN lorsque
ÄKTA oligopilot plus est en mode Pause, suivre les étapes du tableau ci-dessous.
Cause éventuelle
Mesure corrective
Un ou plusieurs flacons de
réactif sont vides.
Vérifier et remplir tous les flacons vides.
Une flacon d'amidite est
endommagé.
Vérifier les cols et les joints des flacons d'amidite. Remplacer tous les flacons endommagés.
Les joints de flacon d'amidite
sont sales.
Nettoyer les joints de flacon d’amidite avec de
l'acétone.
Le circuit du flux présente des
fuites.
Vérifier les pompes, les vannes et la colonne
pour détecter toute fuite.
Vérifier si l'élution du pic de
détritylation orange est correcte.
Suivre les instructions ci-dessous pour vérifier que l'élution du pic de détritylation
orange est correcte.
Étape
Action
1
Cliquer sur Continue (Continuer) dans System control (Commande du
système).
2
Vérifier si l'élution du pic de détritylation orange a lieu pendant la détritylation suivante.
• Si l’élution de la couleur a lieu : Vérifier le moniteur de temps en temps
et voir si le message d'erreur se répète.
• Si aucune élution de couleur n’a lieu : La synthèse a échoué. Redémarrer la synthèse.
Vérifier si le flacon de détritylation
est vide.
Suivre les instructions ci-dessous pour vérifier que le flacon de détritylation est vide.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
151
10 Dépannage
10.10 Aucun pic détecté
Étape
Action
1
Dans System →Control →Manual →Flowpath (Commande du système >
Manuel > Circuit d’écoulement), définir Solvent_A sur Detrit_3.7. Cliquer
sur Execute (Exécuter).
2
Raccorder à la vanne de purge de la pompe A une seringue résistante aux
solvants .
3
Ouvrir la vanne de purge et aspirer la solution dans la seringue. Lorsque la
solution pénètre dans la seringue, fermer la vanne.
4
Déplacer la seringue jusqu’à la deuxième vanne de purge de la pompe A.
5
Ouvrir la vanne et aspirer la solution dans la seringue. Lorsque la solution
pénètre dans la seringue, fermer la vanne.
6
Appuyer sur Continue (Continuer) et attendre 10 secondes. La pompe A
doit démarrer ; quand elle démarre, cliquer sur Hold (Suspendre). La
pompe A continue à pomper, mais la méthode ne progresse pas jusqu'au
point d’arrêt suivant.
7
Lorsque la couleur de la détritylation commence à apparaître hors de la
colonne, cliquer sur Continue (Continuer).
La synthèse continue avec l’ajout de l’amidite suivant. Cependant, tout effet
négatif causé par un flacon de détritylation vide ne sera pas révélé jusqu'à ce
que les synthèses brutes aient été analysées (post-synthèse) pour connaître
le % de longueur complète du produit et le rendement de A260.
Vérifier que la tubulure d'amidite
n’est pas obstruée.
Exécuter la méthode de dépannage Delivery test, ou procéder comme suit manuellement.
152
Étape
Action
1
Remplacer le flacon d'amidite suspect par un flacon de 100 ml rempli d'acétonitrile. Si nécessaire, remplacer tous les flacons d'amidite.
2
Ouvrir System Control →Manual →Flowpath (Commande du système >
Manuel > Circuit d’écoulement) et sélectionner Amidite Acn_A/X. Cliquer
sur Execute (Exécuter).
3
Sélectionner Pump (Pompe) et définir Flow_A sur 10 ml/min. Attendre 2
minutes.
4
Sélectionner la position d'amidite suspecte ou vérifier les positions dans
l'ordre.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
10 Dépannage
10.10 Aucun pic détecté
Étape
Action
5
Observer la diminution du niveau dans les flacons. Si le niveau est inchangé,
installer une nouvelle tubulure en PEEK et nettoyer la glissière.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
153
11 Informations de référence
11 Informations de référence
À propos de ce chapitre
Ce chapitre décrit les caractéristiques techniques des instruments ÄKTA oligopilot
plus. Il contient également un guide de résistance chimique, les informations de
commande et le formulaire de déclaration de santé et de sécurité.
Dans ce chapitre
Section
154
Voir page
11.1
Caractéristiques
155
11.2
Résistance chimique
161
11.3
Informations sur le recyclage
163
11.4
Informations réglementaires
164
11.5
Informations de commande
174
11.6
Formulaire de déclaration de santé et de sécurité
175
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.1 Caractéristiques
11.1 Caractéristiques
Introduction
Cette section répertorie les caractéristiques techniques du système ÄKTA oligopilot
plus.
Dans cette section
Section
Voir page
11.1.1
Instrument ÄKTA oligopilot plus
156
11.1.2
Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot
plus
157
11.1.3
Caractéristiques des pompes P-900
160
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
155
11 Informations de référence
11.1 Caractéristiques
11.1.1 Instrument ÄKTA oligopilot plus
11.1.1
Instrument ÄKTA oligopilot plus
Spécifications techniques générales
156
Paramètre
Valeur
Indice de protection contre la pénétration
de liquides
IP20
Tension d’alimentation
100-240 V~
Fluctuations maximum de la tension
± 10 % par rapport à la tension
nominale
Fréquence
50-60 Hz
Puissance maximum
600 VA
Surtensions transitoires
Surtension de catégorie II
Caractéristiques techniques des fusibles
T 6,3 AL 250 V
Dimensions (H × L × P)
610 × 450 ×480 mm
Poids
63 kg
Température ambiante
4 °C à 40 °C
Tolérance d'humidité relative (sans condensation)
10 % à 95 %
Pression atmosphérique
840 à 1060 mbar (84 à 106 kPa)
Degré de pollution
2
Niveau sonore
70 dB A
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.1 Caractéristiques
11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus
11.1.2
Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot
plus
Introduction
Cette section répertorie les matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot
plus qui entrent en contact avec des liquides.
Abréviations des matériaux
composites
Abréviation
Nom complet
CTFE
Chlorotrifluoroethylene
ETFE
Ethylenetetrafluoroethylene
FEP
Perfluoroethylenepropylene copolymer
FFKM
Perfluororubber
PE
Polyethylene
PEEK
Polyetheretherketone
PP
Polypropylene
PTFE
Polytetrafluoroethylene
PVDF
Polyvinylidenefluoride
Rulon™
Tetrafluoroethylene fluorocarbon
Matériaux de la pompe P-900
Matériaux composites
•
•
•
•
•
PE
PEEK
PTFE
PVDF
Rulon
Autres matériaux
• Oxyde d'aluminium
• Rubis/Saphire
• Acier inoxydable (Elgiloy)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
157
11 Informations de référence
11.1 Caractéristiques
11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus
• Alliage titane
Matériaux du UV-900 monitor
Matériaux composites
• PEEK
• PTFE
Autres matériaux
• Quartz
• Alliage titane
Matériaux du pH/C-900 monitor
Matériaux composites
•
•
•
•
CTFE
FFKM
PEEK
PTFE
Autres matériaux
• Verre
• Alliage titane
Matériaux des vannes UV/PV-908
Matériaux composites
PEEK
Matériaux des vannes INV-907
Matériaux composites
PEEK
Matériaux du limiteur de débit
Matériaux composites
• ETFE
158
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.1 Caractéristiques
11.1.2 Matériaux des composants du système ÄKTA oligopilot plus
• PEEK
• PTFE
Autres matériaux
Or
Matériaux des tubulures
Matériaux composites
• ETFE
• PEEK
• PTFE
Autres matériaux
FEP
Matériaux du filtre d'entrée
Matériaux composites
PP
Autres matériaux
Alliage titane
Raccords et connecteurs
Matériaux composites
• ETFE
• PEEK
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
159
11 Informations de référence
11.1 Caractéristiques
11.1.3 Caractéristiques des pompes P-900
11.1.3
Caractéristiques des pompes P-900
Paramètre
P-901
P-903
Nbre de modules de pompe
2
2
Volume de la tête de pompe
100 ml
10 ml
Plage de pressions
0 à 100 bars
0 à 250 bars
Volume d’éjection
36 μl (ÄKTA oligopilot plus 10)
286 μl (ÄKTA oligopilot plus 100)
Volume de retard
< 600 μl (ÄKTA oligopilot plus 10)
< 1200 μl (ÄKTA oligopilot plus 100)
160
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.2 Résistance chimique
11.2 Résistance chimique
Exposition
Exposition
< 1 jour
jusqu'à 2
mois
Acétonitrile
OK
OK
Acétone, 10 %
OK
Éviter
Ammoniaque,
30 %
OK
OK
1-Butanol
OK
OK
2-Butanol
OK
OK
Chloroforme
OK
Éviter
Cyclohexane
OK
OK
Diméthylsulfoxide
Éviter
Éviter
1, 4-Dioxane
Éviter
Éviter
Éthanol, 100 %
OK
OK
Hexane
OK
Éviter
Acide chlorhydrique, 0,1 M
OK
OK
Substance
chimique
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
N° CAS
N° CEE
Commentaires
75-05-8
200-835-2
Gonflement PP et
PE.
Le PVDF est
affecté par une
utilisation à long
terme.
7664-41-7
231-635-3
Le silicone est
affecté par une
utilisation à long
terme.
Le Kalrez™, le
CTFE, le PP et le PE
sont affectés par
une utilisation à
long terme.
67-68-5
200-664-3
Le PVDF est
affecté par une
utilisation à long
terme.
ETFE, PP, PE et
PVDF sont affectés
par une utilisation
à long terme.
75-08-1
200-837-3
Silicone non résistant. La limite de
pression pour
PEEK baisse.
7647-01-0
231-595-7
Silicone non résistant.
161
11 Informations de référence
11.2 Résistance chimique
Exposition
Exposition
< 1 jour
jusqu'à 2
mois
Acide chlorhydrique, > 0,1 M
OK
Éviter
Iso-propanol,
100 %
OK
OK
67-63-0
200-661-7
Méthanol, 100 %
OK
OK
74-93-1
200-659-6
Acide nitrique,
dilué
OK
Éviter
Silicone non résistant.
Acide nitrique,
30 %
Éviter
Éviter
Le matériau
Elgiloy™ est
affecté par une
utilisation à long
terme.
Pyridine
OK
OK
ETFE, PP et PE non
résistants.
Tétrahydrofurane
Éviter
Éviter
ETFE, CTFE, PP et
PE non résistants.
Toluène
OK
OK
La limite de pression pour PEEK
baisse.
Acide trichloroacétique, 1 %
OK
OK
76-03-9
200-927-2
Acide trifluoroacétique, 1 %
OK
OK
176-05-1
200-929-3
Substance
chimique
162
N° CAS
N° CEE
Commentaires
Silicone non résistant. Le titane est
affecté par une
utilisation à long
terme.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.3 Informations sur le recyclage
11.3 Informations sur le recyclage
Introduction
Cette section contient des informations sur le déclassement du système ÄKTA
oligopilot plus.
Décontamination
Le produit doit être décontaminé avant son déclassement. Toutes les réglementations
locales en matière de recyclage des équipements doivent être respectées.
Mise au rebut du produit
Lors de la mise hors service du produit, les différents matériaux doivent être séparés et
recyclés conformément aux réglementations environnementales nationales et
locales.
Recyclage des substances
dangereuses
Le produit contient des substances dangereuses. Des informations détaillées sont
disponibles auprès du représentant Cytiva local.
Mise au rebut des composants
électriques
Les déchets issus des équipements électriques et électroniques ne doivent pas être
mis au rebut comme des déchets municipaux non triés et doivent être collectés séparément. Contacter un représentant agréé du fabricant pour obtenir des informations
sur le déclassement de l’équipement.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
163
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4 Informations réglementaires
Introduction
Cette section décrit les réglementations et les normes qui s'appliquent à l'instrument
ÄKTA oligopilot plus.
Dans cette section
Section
164
Voir page
11.4.1
Coordonnées de contact
165
11.4.2
Union européenne et Espace économique européen
166
11.4.3
Eurasian Economic Union
Евразийский экономический союз
167
11.4.4
Réglementations pour l’Amérique du Nord
169
11.4.5
Réglementations
170
11.4.6
Déclaration DoHS relative aux substances dangereuses
171
11.4.7
Autres règlementations et normes
173
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.1 Coordonnées de contact
11.4.1
Coordonnées de contact
Coordonnées de l'assistance
Les coordonnées des équipes locales pour l’assistance et l’envoi des rapports de
dépannage se trouvent sur le site cytiva.com/contact.
Informations sur la fabrication
Le tableau ci-dessous résume les informations requises sur la fabrication.
Exigence
Informations
Nom et adresse du fabricant
Cytiva Sweden AB
Björkgatan 30
SE 751 84 Uppsala
Sweden
Numéro de téléphone du fabricant
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
+ 46 771 400 600
165
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.2 Union européenne et Espace économique européen
11.4.2
Union européenne et Espace économique européen
Introduction
Cette section décrit les réglementations de l’Union européenne et de l’Espace économique européen qui s'appliquent à l'équipement.
Conformité aux directives UE
Consulter la déclaration de conformité UE pour connaître les directives et les règlements applicables pour le marquage CE.
Dans le cas où elle ne serait pas incluse avec le produit, une copie de la déclaration de
conformité UE est disponible sur demande.
Marquage CE
Le marquage CE et la Déclaration de conformité UE correspondante de l'instrument
sont valides lorsque celui-ci est :
• utilisé conformément au Mode d'emploi ou aux manuels d'utilisation et
• utilisé dans l’état où il a été livré, exception faite des modifications décrites dans le
Mode d’emploi ou les manuels d’utilisation.
166
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.3 Eurasian Economic Union
Евразийский экономический союз
11.4.3
Eurasian Economic Union
Евразийский экономический союз
Cette section décrit les informations applicables au produit dans l’Union douanière
eurasienne (Fédération de Russie, République d’Arménie, République du Bélarus,
République du Kazakhstan et République du Kirghizistan).
Introduction
This section provides information in accordance with the requirements of the Technical Regulations of the Customs Union and (or) the Eurasian Economic Union.
Введение
В данном разделе приведена информация согласно требованиям Технических
регламентов Таможенного союза и (или) Евразийского экономического союза.
Manufacturer and importer
information
The following table provides summary information about the manufacturer and
importer, in accordance with the requirements of the Technical Regulations of the
Customs Union and (or) the Eurasian Economic Union.
Requirement
Information
Name, address and telephone
number of manufacturer
See Manufacturing information
Importer and/or company for
obtaining information about
importer
Cytiva RUS LLC
109004, Russian Federation
Moscow
Stanislavskogo str., 21, building 3, premises
I, room 57
Telephone: +7 495 7877617
E-mail: rucis@cytiva.com
Информация о производителе и
импортере
В следующей таблице приводится сводная информация о производителе и
импортере, согласно требованиям Технических регламентов Таможенного союза
и (или) Евразийского экономического союза.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
167
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.3 Eurasian Economic Union
Евразийский экономический союз
Требование
Информация
Наименование, адрес и номер
телефона производителя
См. Информацию об изготовлении
Импортер и/или лицо для
получения информации об
импортере
ООО "Цитива РУС"
109004, Российская Федерация
город Москва, ул. Станиславского, д. 21,
строение 3, помещение I, комната 57
Телефон: +7 495 7877617
Адрес электронной почты:
rucis@cytiva.com
Description of symbol on the system
label
Описание обозначения на этикетке
системы
This Eurasian compliance mark indicates that the product is
approved for use on the markets of the Member States of the
Customs Union of the Eurasian Economic Union
Данный знак о Евразийском соответствии указывает, что
изделие одобрено для использования на рынках
государств-членов Таможенного союза Евразийского
экономического союза
168
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.4 Réglementations pour l’Amérique du Nord
11.4.4
Réglementations pour l’Amérique du Nord
Introduction
Cette section décrit les informations applicables au produit aux États-Unis et au
Canada.
Conformité FCC
Cet équipement est conforme à la partie 15 des normes FCC Rules. Le fonctionnement
de l'instrument dépend des deux conditions suivantes : (1) Ce dispositif ne doit pas
provoquer de brouillages nuisibles et (2) il doit pouvoir accepter toutes les interférences reçues, y compris celles susceptibles de provoquer un fonctionnement non
souhaité.
Remarque :
L'utilisateur est averti que toute modification non expressément
approuvée par Cytiva peut invalider l'autorisation d'exploitation
de l'équipement accordée à l'utilisateur.
Cet équipement a été testé et est conforme aux seuils définis pour les dispositifs
numériques de Class A, conformément à la partie 15 des normes de la FCC (FCC Rules).
Ces seuils sont conçus de sorte à offrir une protection raisonnable contre les interférences nuisibles lorsque l'équipement est utilisé dans un environnement commercial.
Cet équipement génère, utilise et peut émettre des fréquences radio qui, si le système
n’est pas installé et utilisé conformément au mode d’emploi, risquent de créer des
interférences nuisibles avec les communications radio. L'exploitation de cet équipement dans une zone résidentielle est susceptible de créer des interférences nuisibles.
Dans ce cas, l'utilisateur doit corriger ces interférences à ses propres frais.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
169
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.5 Réglementations
11.4.5
Réglementations
Introduction
Cette section présente les déclarations règlementaires applicables aux exigences
régionales.
Émissions CEM, CISPR 11 :
Déclaration de groupe 1, classe A
AVIS
Cet équipement n’est pas destiné à être utilisé dans un environnement résidentiel et peut ne pas fournir une protection adéquate
contre la réception radioélectrique dans de tels environnements.
South Korea
Regulatory information to comply with the Korean technical regulations.
NOTICE
Class A equipment (equipment for business use).
This equipment has been evaluated for its suitability for use in a
business environment.
When used in a residential environment, there is a concern of radio
interference.
주의사항
A급 기기 (업무용 방송통신 기자재)
이 기기는 업무용환경에서 사용할 목적으로 적합성평가를 받
은 기기
로서 가정용 환경에서 사용하는 경우 전파간섭의 우려가 있습
니다.
170
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.6 Déclaration DoHS relative aux substances dangereuses
11.4.6
Déclaration DoHS relative aux substances dangereuses
根据 SJ/T11364-2014《电子电气产品有害物质限制使用标识要求》特提供如下
有关污染控制方面的信息。
The following product pollution control information is provided according to SJ/
T11364-2014 Marking for Restriction of Hazardous Substances caused by electrical
and electronic products.
电子信息产品污染控制标志说明
Explanation of Pollution Control
Label
该标志表明本产品含有超过中国标准 GB/T 26572 《电子电气产品中限用物质的限量要
求 》中限量的有害物质。标志中的数字为本产品的环保使用期，表明本产品在正常使用
的条件下，有毒有害物质不会发生外泄或突变，用户使用本产品不会对环境造成严重污
染或对其人身、财产造成严重损害的期限。单位为年。
为保证所申明的环保使用期限，应按产品手册中所规定的环境条件和方法进行正常使
用，并严格遵守产品维修手册中规定的定期维修和保养要求。
产品中的消耗件和某些零部件可能有其单独的环保使用期限标志，并且其环保使用期限
有可能比整个产品本身的环保使用期限短。应到期按产品维修程序更换那些消耗件和零
部件，以保证所申明的整个产品的环保使用期限。
本产品在使用寿命结束时不可作为普通生活垃圾处理，应被单独收集妥善处理。
This symbol indicates the product contains hazardous materials in excess of the limits established by the Chinese standard GB/T 26572 Requirements of concentration limits for certain
restricted substances in electrical and electronic products. The number in the symbol is the Environment-friendly Use Period (EFUP), which indicates the period during which the hazardous
substances contained in electrical and electronic products will not leak or mutate under normal
operating conditions so that the use of such electrical and electronic products will not result in
any severe environmental pollution, any bodily injury or damage to any assets. The unit of the
period is “Year”.
In order to maintain the declared EFUP, the product shall be operated normally according to the
instructions and environmental conditions as defined in the product manual, and periodic maintenance schedules specified in Product Maintenance Procedures shall be followed strictly.
Consumables or certain parts may have their own label with an EFUP value less than the product.
Periodic replacement of those consumables or parts to maintain the declared EFUP shall be done
in accordance with the Product Maintenance Procedures.
This product must not be disposed of as unsorted municipal waste, and must be collected separately and handled properly after decommissioning.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
171
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.6 Déclaration DoHS relative aux substances dangereuses
有害物质的名称及含量
Name and Concentration of
Hazardous Substances
产品中有害物质的名称及含量
Table of Hazardous Substances’ Name and Concentration
172
部件名称
有害物质
Component name
Hazardous substance
铅
汞
镉
六价铬
多溴联苯
多溴二苯醚
(Pb)
(Hg)
(Cd)
(Cr(VI))
(PBB)
(PBDE)
18114042
X
0
0
0
0
0
18113679
X
0
0
0
0
0
0:
表示该有害物质在该部件所有均质材料中的含量均在 GB/T 26572 规定
的限量要求以下。
X:
表示该有害物质至少在该部件的某一均质材料中的含量超出 GB/T 26572
规定的限量要求。
•
此表所列数据为发布时所能获得的最佳信息.
0:
Indicates that this hazardous substance contained in all of the homogeneous
materials for this part is below the limit requirement in GB/T 26572.
X:
Indicates that this hazardous substance contained in at least one of the
homogeneous materials used for this part is above the limit requirement in
GB/T 26572
•
Data listed in the table represents best information available at the time of
publication.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.4 Informations réglementaires
11.4.7 Autres règlementations et normes
11.4.7
Autres règlementations et normes
Introduction
Cette section décrit les normes qui s'appliquent au produit.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
173
11 Informations de référence
11.5 Informations de commande
11.5 Informations de commande
Coordonnées
Pour les information de commande, consulter cytiva.com/oligo.
174
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
11 Informations de référence
11.6 Formulaire de déclaration de santé et de sécurité
11.6 Formulaire de déclaration de santé et de sécurité
Intervention sur site
On Site Service Health &
Safety Declaration Form
Service Ticket #:
To make the mutual protection and safety of Cytiva service personnel and our customers, all equipment and work areas must be
clean and free of any hazardous contaminants before a Service Engineer starts a repair. To avoid delays in the servicing of your
equipment, complete this checklist and present it to the Service Engineer upon arrival. Equipment and/or work areas
not sufficiently cleaned, accessible and safe for an engineer may lead to delays in servicing the equipment and could be subject to
additional charges.
Yes
No
Review the actions below and answer “Yes” or “No”.
Provide explanation for any “No” answers in box below.
Instrument has been cleaned of hazardous substances.
Rinse tubing or piping, wipe down scanner surfaces, or otherwise make sure removal of any dangerous residue.
Make sure the area around the instrument is clean. If radioactivity has been used, perform a wipe test or other
suitable survey.
Adequate space and clearance is provided to allow safe access for instrument service, repair or
installation. In some cases this may require customer to move equipment from normal operating location
prior to Cytiva arrival.
Consumables, such as columns or gels, have been removed or isolated from the instrument and from
any area that may impede access to the instrument .
All buffer / waste vessels are labeled.
Excess containers have been removed from the area to provide access.
Provide
explanation
for any “No”
answers here:
Equipment type / Product No:
Serial No:
I hereby confirm that the equipment specified above has been cleaned to remove any hazardous substances and that the area
has been made safe and accessible.
Name:
Company or institution:
Position or
job title:
Date (YYYY/MM/DD):
Signed:
Cytiva and the Drop logo are trademarks of Global Life Sciences IP Holdco LLC or an affiliate.
© 2020 Cytiva.
All goods and services are sold subject to the terms and conditions of sale of the supplying company operating
within the Cytiva business. A copy of those terms and conditions is available on request. Contact your local Cytiva
representative for the most current information.
For local office contact information, visit cytiva.com/contact.
28980026 AD 04/2020
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
175
11 Informations de référence
11.6 Formulaire de déclaration de santé et de sécurité
Retour du produit ou entretien
Health & Safety Declaration Form
for Product Return or Servicing
Return authorization
number:
and/or
Service Ticket/Request:
To make sure the mutual protection and safety of Cytiva personnel, our customers, transportation personnel and our environment,
all equipment must be clean and free of any hazardous contaminants before shipping to Cytiva. To avoid delays in the processing of
your equipment, complete this checklist and include it with your return.
1.
2.
3.
Note that items will NOT be accepted for servicing or return without this form
Equipment which is not sufficiently cleaned prior to return to Cytiva may lead to delays in servicing the equipment and
could be subject to additional charges
Visible contamination will be assumed hazardous and additional cleaning and decontamination charges will be applied
Yes
No
Specify if the equipment has been in contact with any of the following:
Radioactivity (specify)
Infectious or hazardous biological substances (specify)
Other Hazardous Chemicals (specify)
Equipment must be decontaminated prior to service / return. Provide a telephone number where Cytiva can contact
you for additional information concerning the system / equipment.
Telephone No:
Water
Liquid and/or gas in equipment is:
Ethanol
None, empty
Argon, Helium, Nitrogen
Liquid Nitrogen
Other, specify
Equipment type / Product No:
Serial No:
I hereby confirm that the equipment specified above has been cleaned to remove any hazardous substances and that
the area has been made safe and accessible.
Name:
Company or
institution:
Position or job title:
Date (YYYY/MM/DD)
Signed:
Cytiva and the Drop logo are trademarks of Global Life Sciences IP Holdco LLC or an affiliate.
© 2020 Cytiva.
All goods and services are sold subject to the terms and conditions of sale of the supplying company operating
within the Cytiva business. A copy of those terms and conditions is available on request. Contact your local Cytiva
representative for the most current information.
To receive a return authorization number
or service number, call local
technical support or customer service.
For local office contact information, visit cytiva.com/contact.
28980027 AD 04/2020
176
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
A. Tubulure
Annexe A
Tubulure
À propos de ce chapitre
Les numéros figurant dans la colonne de référence Figure dans Caractéristiques techniques de la tubulure ÄKTA oligopilot plus 10, à la page 177 et Caractéristiques techniques de la tubulure ÄKTA oligopilot plus 100, à la page 179 font référence aux numéros
de la tubulure du schéma de connexion du circuit de liquide, voir Annexe I Schémas de
raccordement, à la page 260.
Caractéristiques techniques de la
tubulure ÄKTA oligopilot plus 10
Réf. Figure
Tuyauterie, d. i. [mm], d.e.
Longueur
[mm]
Repère sur la
tubulure
K1
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
C (jaune)
K2
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
A (jaune)
K3
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
T (jaune)
K4
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
G (jaune)
K5
FEP, 2,9 (3/16 po.)
290
K6
FEP, 2,9 (3/16 po.)
210
K7
PEEK, 0,5, 1/16 po
260
K7 (vert)
K8
PEEK, 0,5, 1/16 po
230
K8 (vert)
K9
FEP, 2,9 (3/16 po.)
290
K10
FEP, 2,9 (3/16 po.)
350
K11
FEP, 2,9 (3/16 po.)
350
K12
FEP, 2,9 (3/16 po.)
370
K13
FEP, 2,9 (3/16 po.)
225
K14
FEP, 2,9 (3/16 po.)
350
K15
FEP, 2,9 (3/16 po.)
250
K17
FEP, 1,6 (1/8 po.)
390
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
177
A. Tubulure
Repère sur la
tubulure
Réf. Figure
Tuyauterie, d. i. [mm], d.e.
Longueur
[mm]
K18
FEP, 1,6 (1/8 po.)
455
K20
FEP, 1,6 (1/8 po.)
245
K21
FEP, 1,6 (1/8 po.)
160
K23
FEP, 1,6 (1/8 po.)
255
K24
PEEK, 0,5, 1/16 po
410
K24 (bleu)
K251
PEEK, 0,5, 1/16 po
820
K25 (vert)
K26
PEEK, 0,5, 1/16 po
320
K26 (bleu)
K27
PEEK, 0,5, 1/16 po
80
K27 (rouge)
K28
PEEK, 0,5, 1/16 po
80
K28 (rouge)
K29
PEEK, 0,5, 1/16 po
920
K29 (rouge)
K30
PEEK, 0,5, 1/16 po
280
K30 (rouge)
K31
PEEK, 0,5, 1/16 po
220
K31 (rouge)
K32
PEEK, 0,5, 1/16 po
580
K32 (rouge)
K33
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
540
K33 (rouge)
K34
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
70
K34 (rouge)
K35
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
520
K35 (rouge)
K36
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
C* (jaune)
K37
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
A* (jaune)
K38
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
T* (jaune)
K39
PEEK, 0,5, 1/16 po
900
G* (jaune)
K40
PEEK, 0,5, 1/16 po
70
K40 (vert)
K41
PEEK, 0,5, 1/16 po
70
K41 (vert)
K42
PEEK, 0,5, 1/16 po
70
K42 (bleu)
K43
PEEK, 0,5, 1/16 po
70
K43 (bleu)
1 Pour fonctionner comme un assemblage en T, la tubulure et la ferrule doivent être de niveau.
178
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
A. Tubulure
Caractéristiques techniques de la
tubulure ÄKTA oligopilot plus 100
Réf. Figure
Tuyauterie, d. i. [mm], d.e.
Longueur
[mm]
Repère sur la
tubulure
K1
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
C (jaune)
K2
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
A (jaune)
K3
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
T (jaune)
K4
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
G (jaune)
K5
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
290
K6
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
210
K7
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
240
K7 (vert)
K8
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
210
K8 (vert)
K10
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
350
K11
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
350
K12
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
370
K13
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
225
K14
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
350
K15
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
250
K17
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
390
K18
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
455
K19
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
200
K20
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
245
K21
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
160
K23
FEP, 2,9 ; 4,8 mm (3/16 po.)
255
K24
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
360
K24 (bleu)
K25
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
900
K25 (vert)
K26
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
510
K26 (bleu)
K27
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
80
K27 (rouge)
K28
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
80
K28 (rouge)
K29
FEP, 1,0 ; 4,8 mm (1/16 po.)
900
K29 (rouge)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
179
A. Tubulure
180
Réf. Figure
Tuyauterie, d. i. [mm], d.e.
Longueur
[mm]
Repère sur la
tubulure
K30
FEP, 1,0 ; 4,8 mm (1/16 po.)
270
K30 (rouge)
K31
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
200
K31 (rouge)
K32
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
500
K32 (rouge)
K33
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
540
K33 (rouge)
K34
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
70
K34 (rouge)
K35
ETFE, 1,0 ; 1,6 mm (1/16 po.)
520
K35 (rouge)
K36
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
C* (jaune)
K37
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
A* (jaune)
K38
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
T* (jaune)
K39
PEEK, 1,0, 1/16 po
900
G* (jaune)
K40
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
70
K40 (vert)
K41
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
70
K41 (vert)
K42
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
70
K42 (bleu)
K43
FEP, 1,6 ; 4,8 mm (1/8 po.)
70
K43 (bleu)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
Annexe B
Chimie de la synthèse
d’oligonucléotides
À propos de ce chapitre
Ce chapitre présente une introduction générale à la chimie permettant la synthèse en
phase solide d’oligonucléotides à l’aide du système ÄKTA oligopilot plus. Pour des
informations plus détaillées, voir la documentation sur cytiva.com/oligo.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
B.1
La réaction de couplage
182
B.2
Chimie de protection
184
B.3
Chimie de l’activation
188
B.4
Le support solide
189
B.5
Le cycle de synthèse
190
B.6
Traitement post-synthétique
195
B.7
Oligonucléotides thiolés
197
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
181
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.1 La réaction de couplage
B.1
La réaction de couplage
Aperçu
La synthèse des oligonucléotides implique l'ajout séquentiel de monomères d'amidite
(voir l'illustration ci-dessous). La synthèse est le résultat de réactions de couplage
spontanées entre le groupe 3'-phosphite du monomère dans la solution (à gauche) et
le groupe 5'-hydroxyle du monomère fixé au support solide.
Remarque :
La chimie de synthèse est essentiellement la même pour les
oligonucléotides d'ADN et d'ARN, à l'exception de la structure
moléculaire et du schéma du groupe de protection des réactifs
amidites.
La réaction de couplage dans le
système ÄKTA oligopilot plus
Le couplage est effectué dans le système ÄKTA oligopilot plus en utilisant de l'acétonitrile sec comme solvant. Les groupes hydroxyles de l'eau entrent fortement en compétition avec les groupes hydroxyles du sucre. Par conséquent, un couplage efficace
requiert impérativement des conditions anhydres.
182
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.1 La réaction de couplage
De nombreux protocoles de synthèse par lots utilisent une grande quantité de monomères pour contrecarrer l'effet compétitif des traces d'eau dans les solvants. Les
méthodes du système ÄKTA oligopilot plus sont conçues pour utiliser un minimum de
monomères, ce qui rend le succès de la synthèse dépendant de conditions totalement
anhydres.
Astuce :
L’intérêt d’utiliser des nucléotides protégés tels que les phosphoramidites dans la réaction de couplage réside dans le fait
que ces derniers sont hautement solubles dans des solvants
organiques anhydres tels que l'acétonitrile. L'utilisation de phosphoramidites nucléotidiques non protégés peut conduire à des
réactions secondaires ambiguës.
Calcul de l'efficacité du couplage
L'efficacité du couplage est calculée en intégrant la zone sous le pic de détritylation. Il
est possible d’utiliser les valeurs d’UV ou de conductivité pour le calcul.
Remarque :
Les efficacités de couplage sont calculées en utilisant les mêmes
bases, (c.-à-d. un dA avec le dA précédent). Par conséquent, l'efficacité calculée est toujours de 100 % après le premier calcul.
Ceci affecte l'efficacité de couplage moyenne calculée pour la
synthèse.
Formule d'efficacité
b = le nombre de bases depuis la dernière base identique fournit par Base_id
Si l'efficacité du couplage est inférieure à une valeur prédéfinie, la synthèse peut être
mise en pause pour permettre à l'utilisateur de continuer, ou de ne pas continuer, le
cycle. Ce réglage est effectué depuis le module System Control (Commande du
système) dans le logiciel UNICORN.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
183
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.2 Chimie de protection
B.2
Chimie de protection
Principes de la protection chimique
Certains groupes moléculaires sont utilisés pour prévenir les réactions secondaires
pendant la synthèse. Les groupes de protection sont permanents ou temporaires.
Les différences sont présentées dans le tableau suivant.
Types de protection chimique
Protection permanente
Protection temporaire
Suppression
des groupes
de protection
Après une synthèse complète
Après une étape de
synthèse
Obligatoire
pour
Les groupes amines primaires de
toutes les bases hétérocycliques
Groupe 5'-hydroxyle du
nucléotide entrant
• Prévient les réactions nuclé-
• Évite le couplage de
ophiles avec le groupe d’amines
plusieurs nucléotides
dans une étape
Un (1) groupe hydroxyle dans le
résidu phosphate
• Prévient la formation de liaisons
multiples au groupe phosphate
D'autres groupes fonctionnels dans les nucléotides ne réagissent pas dans les conditions de synthèse et ne nécessitent donc pas de protection.
184
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.2 Chimie de protection
Protection (permanente) des amines
Les groupes amines primaires sur les bases hétérocycliques sont généralement
protégés en tant qu’amides comme dans l'illustration suivante.
Stratégies de protection de l'amidite d’ADN
Pour la protection des amidites d’ADN, deux stratégies sont disponibles : la protection
standard et la protection PAC. Les détails sont décrits dans le tableau suivant.
Base
Protection standard
Protection PAC
A
Benzoyle
Phénoxyacétyle (PAC)
C
Benzoyle
Isobutyryl
G
Isobutyryl
Isopropylphénoxyacétyle (ipr-PAC)
T
Aucun
Aucun
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
185
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.2 Chimie de protection
Protection des amidites d'ARN
Dans la protection des amidites d'ARN, les groupes protecteurs rapides présentés
dans le tableau suivant sont typiquement utilisés.
Base
Protection
A
Phénoxyacétyle (PAC)
C
Acétyle (Ac)
G
Isopropylphénoxyacétyle (ipr-PAC)
U
Aucun
En outre, les amidites d’ARN ont un groupe protecteur t-butyldiméthylsilyle (TBDMS)
sur le 2’-hydroxyle de sucre.
Déprotection des phosphoramidites
La déprotection des groupes protecteurs amines des phosphoramidites nécessite un
traitement avec de l'hydroxyde d'ammonium concentré entre 55 et 60 °C pendant une
(1) nuit.
Protection (permanente) des
phosphates
Plusieurs méthodes sont disponibles pour protéger le groupe hydroxyle phosphite,
selon la méthode de couplage utilisée pour générer des oligonucléotides.
La méthode utilisée dans le système ÄKTA oligopilot plus consiste à protéger le groupe
hydroxyle avec un groupe ß-cyanoéthyle. afin d’éviter l'alkylation de thymine pendant
la synthèse – qui peut se produire si un groupe protecteur de méthyle est utilisé.
186
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.2 Chimie de protection
Déprotection des phosphates
La méthode recommandée pour éliminer le groupe ß-cyanoéthyle du squelette phosphate est un traitement utilisant du diéthylamine (DEA) à 20% dans de l'ACN.
La déprotection du phosphate peut également être effectuée avec de l’hydroxyde
d’ammonium concentré. Cependant, cela peut entraîner des modifications des bases
hétérocycliques.
Protection de l’hydroxyle du sucre
(temporaire)
Le groupe 5'-hydroxyle sur le nucléotide entrant est protégé par un groupe 4,4'-diméthoxytrityle (DMTr), comme le montre l’illustration suivante.
Le groupe DMTr acide-labile est stable dans les conditions contrôlées de couplage.
L’absorbance ou la conductivité est mesurée lorsque le DMTr est clivé pour donner une
mesure de l’efficacité du couplage.
Déprotection de l’hydroxyle du sucre
Le groupe d’hydroxyle du sucre est supprimé au début de chaque cycle de synthèse par
traitement à l’acide dichloroacétique (DCA) à 3 % dans du toluène.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
187
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.3 Chimie de l’activation
B.3
Chimie de l’activation
Aperçu
Les amidites fournis possèdent une amine secondaire attachée à la fraction de phosphore, activée dans des conditions faiblement acides, qui convertit les amidites en
dérivés de tétrazolide (voir l’illustration ci-dessous).
La conversion des amidites se produit lorsque les amidites sont ajoutés avec un activateur sur le support solide.
188
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.4 Le support solide
B.4
Le support solide
Aperçu
La synthèse d’oligonucléotides dans le système ÄKTA oligopilot plus se déroule sur un
support solide constitué de billes de polystyrène réticulé. Des réactifs contenus dans
des solutions passent à travers une colonne garnie de support, et les oligonucléotides
en croissance restent attachés au support tout au long de la synthèse.
Le support est amorcé à l’aide d’un nucléoside attaché à l’extrémité d’un lieur comme
dans l’illustration suivante. Le lieur est ensuite clivé une fois la synthèse terminée. Ce
nucléoside devient le résidu 3'-terminal du produit final.
Les supports d'amorçage Primer Supports 5G l standard et sur mesure revêtus de
divers nucléosides à différents chargements peuvent être utilisés dans la synthèse
d’ADN et d’ARN. Plus d’informations sont disponibles sur le site cytiva.com/oligo.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
189
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.5 Le cycle de synthèse
B.5
Le cycle de synthèse
Aperçu
Le cycle de synthèse ajoute un (1) résidu aux oligonucléotides qui croissent sur le
support solide et comprend quatre étapes principales :
•
•
•
•
Détritylation
Couplage
Oxydation
Capping
En outre, il existe plusieurs étapes de lavage destinées à assurer qu’aucun réactif résiduel des mesures précédentes n’interfère avec la prochaine étape de la réaction.
190
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.5 Le cycle de synthèse
A
A G Monomer bases
T C
DMTr
Base protecting group
DMTr DMTr protecting group
Detritylation
Phosphite protecting
group (=ß-cyanoethyl)
A
+
DMTr
O
Diisopropylamine group
Activator
Wash
Capping group
A
Activation
O
A
+
A
P
A
P
P
G
P
G
DMTr
+
DMTr
Coupling
DMTr
+
A
+
A
+
A
Wash
oxidation
DMTr
O
Wash
capping
A
P
DMTr
O
Wash
Étape
Description
Détritylation
Le groupe 5'-DMTr est éliminé du résidu terminal sur le support solide.
Coupla
ge
• Le groupe hydroxyle est disponible pour le couplage.
L'amidite entrant est activé à l’aide d’un activateur pour former une
liaison phosphite 3'-5' avec l’oligonucléotide croissant.
Remarque :
Des conditions complètement anhydres sont essentielles pour l’efficacité
de cette étape.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
191
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.5 Le cycle de synthèse
Étape
Description
Oxyda
tion
Le triester de phosphite est oxydé à un phosphotriester à l’aide
d’iode/eau dans de la pyridine.
Remarque :
Si des liaisons phosphorothioate sont souhaitées à ce stade, utiliser un
réactif de thiolation au lieu d’iode/eau comme réactif oxydant.
Cappi
ng
Les groupes 5'-hydroxyle sans réaction sont convertis en acyles qui
préviennent la formation de produits oligonucléotidiques hétérogènes.
Détritylation
Avant détritylation, le support est lavé avec de l’acétonitrile pour éliminer les réactifs
de l’étape précédente. Après détritylation, le support est lavé de nouveau avec de l’acétonitrile.
La détritylation s’effectue à l’aide d’acide dichloroacétique (DCA) à 3 % dans du
toluène. En fonction de l’échelle, un traitement de 2 à 5 minutes suffit pour provoquer
cette réaction – bien que la quantité de réactif de détritylation utilisée a plus d’importance que le temps de traitement.
Quand le groupe DMTr est libéré, il est surveillé sous lumière UV afin de mesurer l’efficacité du couplage. Le montant de DMTr libéré est directement corrélé avec la quantité d’oligonucléotides de longueur complète sur le support solide (c.-à-d. la quantité
du dernier nucléotide ajouté).
Remarque :
Un traitement acide sévère peut conduire à une dépurination
d’adénosine avec une rupture de la chaîne d’oligonucléotides
résultant de la déprotection du produit final. Étant donné que la
rupture ne survient qu’une fois la synthèse terminée, elle n’est
pas détectée lors du suivi du DMTr.
Il convient de choisir les conditions de détritylation qui minimisent la dépurination des A-amidites standard.
Couplage
Le couplage a lieu lorsqu’un mélange d'amidite et d’activateur dans l’acétonitrile sec
traverse le support solide. L’activateur utilisé est un amidite activé, appelé « dérivé de
tétrazolide ».
L'amidite est converti par réaction avec l’activateur en un dérivé de tétrazolide contenant un groupe phosphite hautement réactif, comme illustré dans l’image ci-dessous.
192
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.5 Le cycle de synthèse
Cet intermédiaire réagit facilement avec n’importe quel donneur d’électrons : dans les
conditions de synthèse, le seul donneur disponible est le groupe 5'-hydroxyle sur l’oligonucléotide croissant. En quelques minutes, l’efficacité de la réaction de couplage est
typiquement ≥ 99 % pour l’ADN et ≥ 98,5 % pour l’ARN.
En maintenant des conditions strictement anhydres et en utilisant un réactif de
qualité, les besoins en quantité d'amidites excessive n’est plus nécessaire. La synthèse
effectuée sur le système ÄKTA oligopilot plus obtient généralement une efficacité de
couplage supérieure à 98,5 % pour l’ADN avec un excès molaire d'amidite de 1,5, sous
réserve que les réactifs soient de qualité supérieure et que les solvants soient complètement anhydres. De loin, la cause d’échec de la synthèse d’oligonucléotides la plus
fréquente est l’utilisation de réactifs de mauvaise qualité ou mal formulés.
Oxydation
Avant l’oxydation, le support est lavé à l’acétonitrile pour éliminer l’activateur et l'amidite qui n’a pas réagi.
Le groupe phosphite est oxydé en un phosphate plus stable à l’aide de 0,05 M de solution d'iode dans de la pyridine/l’eau dans des proportions de 9:1 (voir l'illustration
suivante).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
193
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.5 Le cycle de synthèse
Capping
Dans cette étape, tous les groupes 5’-hydroxyles n'ayant pas réagi sur l'oligonucléotide
sont coiffés. Ceci garantit que seules les chaînes complètes auront un nucléotide
ajouté dans les étapes de couplage ultérieures, et contribuent à assurer l’homogénéité
du produit.
Le capping implique une acylation à l'anhydride acétique dans un mélange de Nméthylimidazole, de collidine et d'acétonitrile. D'autres réactifs d'acylation peuvent
également être utilisés. Le réactif de capping est préparé dans le système ÄKTA
oligopilot plus par mélange de la solution de capping A (N-méthylimidazole à 20 % dans
de l'acétonitrile) et de la solution de capping B (anhydride acétique à 20 % et sym-collidine à 30 % dans de l'acétonitrile). Le schéma réactionnel est représenté dans l’illustration suivante.
Après lavage à l'acétonitrile permettant d’éliminer le réactif de capping en excès, l'oligonucléotide est prêt pour le cycle suivant ou pour le traitement post-synthétique.
194
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.6 Traitement post-synthétique
B.6
Traitement post-synthétique
Aperçu
Une fois la synthèse terminée, la colonne comportant l'oligonucléotide lié au support
est retirée du système et est soumise à un nouveau traitement de clivage et de déprotection. Ces procédures sont décrites dans le mode d'emploi du système ÄKTA
oligopilot plus.
Réactions secondaires lors de
l’élimination des groupes
protecteurs
L'élimination des groupes protecteurs phosphate ß-cyanoéthyle des oligonucléotides
dans des solutions concentrées d'hydroxyde d'ammonium à des températures allant
de 26 à 650 °C peut entraîner des modifications des bases hétérocycliques, en particulier la thymine et la cytosine.
Le groupe β-cyanoéthyle du squelette du phosphate est éliminé dans l'hydroxyde
d'ammonium par un mécanisme d'élimination β et forme l'acrylonitrile qui est l'espèce
réactive dans l'alkylation et la modification des bases.
Effet du traitement utilisant du DEA
L’élimination β est inutile si les oligonucléotides (encore fixés sur le support solide)
sont traités avec une solution de diéthylamine (DEA) à 20 % dans de l'acétonitrile
anhydre passant dans la colonne pendant 10 minutes, puis font l’objet d'un clivage et
d'une déprotection réguliers dans une solution d’hydroxyde d'ammonium. Ce protocole de déprotection modifié augmente de 3 à 7 % le rendement du produit oligonucléotidique de longueur complète, en fonction de la composition de l'oligonucléotide.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
195
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.6 Traitement post-synthétique
Effets du traitement utilisant du DEA
Les diagrammes suivants montrent les différences résultant du traitement utilisant du
DEA. Noter les différences de hauteur des pics indiqués par des flèches.
Sans traitement DEA
Oligonucléotide traité par DEA
DAD1 A, Sig=260,4 Ref=360,100 (2006\050-1301.D)
PMP1, Solvent D
28.482
DAD1 A, Sig=260,4 Ref=360,100 (2006\041-0201.D)
PMP1, Solvent D
28.565
Norm.
Norm.
80
80
60
60
40
40
10
20
30
40
29.095
14.226
15.092
15.851
16.508
17.360
18.229
18.846
19.329
20.049
20.575
21.050
21.691
22.019
22.899
23.940
24.107
24.964
25.561
26.409
27.077
27.344
27.834
min
0
196
12.407
12.822
5.460
6.314
0
0
8.599
9.575
10.685
20
29.159
14.373
15.281
15.967
16.632
17.475
18.356
18.932
19.412
20.128
20.647
21.120
21.767
22.133
22.970
24.014
24.178
25.023
25.632
26.476
27.143
27.408
27.910
12.625
13.001
6.040
6.414
0
9.049
9.800
10.950
20
10
20
30
40
min
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
B. Chimie de la synthèse d’oligonucléotides
B.7 Oligonucléotides thiolés
B.7
Oligonucléotides thiolés
Aperçu
Les réactifs de thiolation sont des composés qui effectuent la thiolation de phosphite
triesters, créant des liaisons phosphorothioate dans la séquence oligonucléotidique.
Les oligonucléotides modifiés de cette manière sont moins sensibles à la digestion par
des nucléases que les oligonucléotides standard et ont été utilisés avec succès comme
séquences antisens afin d’inhiber l'expression génique en se liant de manière stable au
brin sens des séquences cibles.
Pour qu’un tel changement intervienne dans la synthèse dans le système ÄKTA
oligopilot plus, la séquence doit être modifiée dans UNICORN. Le réactif de thiolation
est ensuite introduit automatiquement au cours de l'étape d'oxydation de la synthèse.
Exemples de réactifs
Les réactifs de thiolation les plus courants sont Beaucage (à gauche) et PADS (à droite).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
197
C. Analyse et purification d'oligonucléotides
Annexe C
Analyse et purification
d'oligonucléotides
À propos de ce chapitre
Ce chapitre décrit les méthodes utilisées pour l'analyse et la purification d'oligonucléotides.
Analyse d'échange d'ions
L'échange d'ions permet d’analyser à la fois les oligonucléotides phosphodiester et
phosphorothioate. Cette technique est très efficace pour détecter des séquences
ayant échoué aussi limitées que des nucléosides uniques et des dinucléotides. L’élution du nucléoside unique est généralement représentée par le premier pic du chromatogramme (à côté du pic de flux) qui est habituellement très petit. Des pics supérieurs à
5 % indiquent des problèmes au cours du premier cycle de synthèse. Les problèmes
courants sont l’absence de purge et de lavage de la colonne, ou la présence de réactifs
humides.
Conditions d'analyse recommandées
Oligonucléotides phosphorodiester
198
Oligonucléotides phosphorothioate
Colonne
NucleoPac PA 100 4 x 250 mm, DIONEX, réf. 43010
Température
de la colonne
+ 50 °C
Volume d'injection
2 µl
Débit
1,0 ml/min
Éluant A
10 mM de Tris, 10 mM de
NaClO4
1 mM d'EDTA, 25 mM de TRIS, de
l'acétonitrile à 10 %, pH 8,0
Éluant B
10 mM de Tris, 300 mM de
NaClO4
1 mM d'EDTA, 25 mM de TRIS, de
l'acétonitrile à 10 %, 3 M de NH4Cl,
pH 8,0
Gradient
1 à 55 % en 30 min
1 à 70 % B en 40 min
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
C. Analyse et purification d'oligonucléotides
Autres
Oligonucléotides phosphorodiester
Oligonucléotides phosphorothioate
• Concentration de
1. Débit : 1,0 ml/min
l'échantillon : 10 OD/ml
2. UV : A260
3. Échantillon : 20 AU/(260 nm)/ml,
Trityl-ON
Exemple de chromatogrammes
Nucléotides phosphodiester
Nucléotides phosphorothioate
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
199
C. Analyse et purification d'oligonucléotides
Calcul de la valeur PO du 20-mer
Analyse RPC
L'analyse par chromatographie en phase inverse (RPC) est une excellente technique
qui permet de séparer les produits tritylés (Trityl ON) et détritylés (Trityl OFF). Cette
méthode peut également être utilisée pour vérifier si l'oligonucléotide est totalement
déprotégé. Si la déprotection est incomplète, le pic principal sera divisé en un certain
nombre de pics, en fonction du nombre de groupes protecteurs que l'oligonucléotide
possède encore sur les bases.
La colonne RPC de Cytiva, SOURCETM 5RPC ST 4.6/150, offre une très bonne résolution
même sans groupe trityle, puisque le garnissage de la colonne est à base de polymères
et peut être utilisé à un pH élevé.
Conditions d'analyse recommandées
200
Paramètre
Valeur
Colonne
SOURCE 5RPC ST 4.6 / 150
Éluant A, pH = 12
• NaOH 10 mM
• Chlorure de tétraéthylammonium à 0.1 %
• Acétonitrile à 1 %
Éluant B, pH = 12
Acétonitrile à 50 %
Gradient
0 % à 40 %
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
C. Analyse et purification d'oligonucléotides
Paramètre
Valeur
Débit
1 ml/min
Conditions d'analyse recommandées
Le chromatogramme ci-dessous contient un mélange d'oligonucléotides à 15, 18, 19
et 20 bases.
Schéma de purification
d'oligonucléotides
Cleavage & Deprotection of oligonucleotide
from solid phase support
DMT off
IEX HPLC
Separation of full length product from
shorter failure sequences based upon
size and differing charge to mass ration.
When trityl on there will be an oncolumn cleavage of the trityl group
DMT On
Reversed phase chromatography
Separation of more hydrophobic DMT containing
species from detritylated failure sequences
Removal of DMT group with acetic acid
Desalting by gel-filtration
or ultra-filtration
Oligo ready to use
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Gel-filtration to remove small
molecules like salts and Trityl alcohol
Oligo ready to use
201
D. Graphiques de la synthèse
Annexe D
Graphiques de la synthèse
À propos de ce chapitre
Ce chapitre contient des graphiques des diverses étapes du cycle de synthèse.
Dans ce chapitre
Section
202
Voir page
D.1
Vue d’ensemble du cycle de synthèse
203
D.2
Lavage de la colonne
204
D.3
Détritylation
205
D.4
Lavage de détritylation
206
D.5
Ajout des réactifs de couplage
207
D.6
Recirculation des réactifs de couplage
208
D.7
Lavage du couplage
209
D.8
Oxydation
210
D.9
Lavage de l’oxydation
211
D.10
Capping
212
D.11
Lavage du capping
213
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
D. Graphiques de la synthèse
D.1 Vue d’ensemble du cycle de synthèse
D.1
Vue d’ensemble du cycle de synthèse
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
203
D. Graphiques de la synthèse
D.2 Lavage de la colonne
D.2
204
Lavage de la colonne
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
D. Graphiques de la synthèse
D.3 Détritylation
D.3
Détritylation
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
205
D. Graphiques de la synthèse
D.4 Lavage de détritylation
D.4
206
Lavage de détritylation
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
D. Graphiques de la synthèse
D.5 Ajout des réactifs de couplage
D.5
Ajout des réactifs de couplage
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
207
D. Graphiques de la synthèse
D.6 Recirculation des réactifs de couplage
D.6
208
Recirculation des réactifs de couplage
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
D. Graphiques de la synthèse
D.7 Lavage du couplage
D.7
Lavage du couplage
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
209
D. Graphiques de la synthèse
D.8 Oxydation
D.8
210
Oxydation
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
D. Graphiques de la synthèse
D.9 Lavage de l’oxydation
D.9
Lavage de l’oxydation
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
211
D. Graphiques de la synthèse
D.10 Capping
D.10 Capping
212
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
D. Graphiques de la synthèse
D.11 Lavage du capping
D.11 Lavage du capping
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
213
E. Description de la méthode pour le système ÄKTA oligopilot plus
Annexe E
Description de la méthode pour le
système ÄKTA oligopilot plus
À propos de ce chapitre
Ce chapitre contient une description de la méthode à mettre en œuvre avec le système
ÄKTA oligopilot plus. La description de la méthode est valable pour le système ÄKTA
oligopilot plus 100, et comprend des commentaires concernant le système ÄKTA
oligopilot plus 10.
Sous-programmes
Dans la liste des variables, tous les paramètres de synthèse peuvent être programmés
tant que la structure générale du cycle est basée sur l'ordre des sous-programmes
suivant :
•
•
•
•
•
Détritylation
Lavage de détritylation
Couplage
Oxydation/thiolation
Capping
Remarque :
Ne pas régler deux instructions de pompe sur le même point
d'arrêt (temps, volume ou volume de colonne). Seule la première
instruction serait exécutée – ce qui pourrait avoir de graves
conséquences sur la synthèse.
Le réglage des blocs de méthode sur le même point d'arrêt
prévient ce problème.
Remarque :
Les blocs de méthode ayant des bases « volume » ou « volume de
colonne » (CV) doivent contenir une instruction ordonnant
l'écoulement au point d'arrêt nul ET entre tous les points d'arrêt
croissants d'un bloc. Dans le cas contraire, le cycle de la
méthode s'arrêtera, puisque UNICORN ne sera pas en mesure
de calculer les volumes pour continuer la synthèse, si le débit est
nul.
Terminologie
équivalent
Équivalence molaire des amidites ou de l'iode (I2).
214
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
E. Description de la méthode pour le système ÄKTA oligopilot plus
point d'arrêt
Point dans un bloc de méthode au cours duquel une instruction est émise. La première
instruction est toujours émise au point d'arrêt 0.
temps de contact
Temps minimum pendant lequel chaque partie de la colonne est en contact avec un
réactif spécifique. Le temps de contact est calculé une fois un (1) équivalent
consommé.
bloc principal
Bloc de méthode avec un niveau d'instructions supérieur pour le cycle.
base de la méthode
Définit l'unité des points d'arrêt dans le bloc de méthode. La base de la méthode est
l'une des bases suivantes
• temps, en minutes
• volume, en litres ou millilitres, régi par la stratégie sélectionnée
• volume de colonne, défini par l'utilisateur
bloc de méthode
Série d'instructions de la méthode. Les blocs de méthode peuvent être imbriqués.
Cliquer sur le signe plus à côté d'un bloc de méthode pour l'agrandir et afficher l'ensemble des instructions de la méthode dans le bloc de méthode.
instruction de méthode
Demande (ordre) d'opération spécifique dans le système.
modèle de méthode
Méthode de base qui peut être utilisée comme point de départ pour créer des
méthodes personnalisées. Les installations de UNICORN pour le système ÄKTA
oligopilot plus contiennent des modèles de méthode pour la plupart des techniques de
synthèse.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
215
E. Description de la méthode pour le système ÄKTA oligopilot plus
variable de méthode
Paramètre d'instruction défini en tant que variable. La variable est exprimée sous
forme de (valeur)#type {unité}.
Les variables de méthode sont utiles lors de la création d'une méthode qui contient des
valeurs de paramètres par défaut. Elles peuvent remplacer les valeurs par défaut pour
créer des variantes de la même méthode, ou permettre d’ajuster les valeurs des paramètres au début d'un cycle.
Les variables de méthode facilitent le travail d'adaptation des méthodes à des cycles
de synthèse d'oligonucléotides particuliers.
216
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
F. Variables de méthode
Annexe F
Variables de méthode
Variables de base
Nom de la variable
Description
Exemple de
valeur
Column_Volume
Le volume de la colonne utilisée
6,3
Column__Volume
6,3
Weight_of_Support
Le poids du support
0,7
Loading_of_Support
Le chargement du support
350
Column_Diameter
Le diamètre de la colonne
20
UV_Detritylation
La longueur d'onde
313
CV_Column_Wash
Le nombre de volumes de colonnes à
utiliser pour un lavage de colonne
8,00
Column_Number
Detrit_Flow
Efficiency_threshold
300
La valeur seuil d'efficacité en pourcentage, calculée à partir de l'intégration
des couleurs de tritylation
50
Variables dans l'étape de lavage à
l’ACN après détritylation
Nom de la variable
Description
Exemple de
volume
CV_Detrit_Wash
Nombre de volumes de colonnes à
utiliser pour le lavage à l’ACN
6,00
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
217
F. Variables de méthode
Variables dans l'étape de couplage
Nom de la variable
Description
Exemple de
valeur
EQ_Amidite_DNA
Équivalents d'amidite. Intervalle : 1 à
10
1,80
Conc_Amidite_DNA
Concentration d'amidite. Intervalle :
0,05 à 0,5 M
0,15
Recycle_Time_DNA
Temps de recyclage en minutes
3,00
CV_Coupling_Wash
4,00
Variables dans l'étape d'oxydation
Nom de la variable
Description
Exemple de
valeur
CT_Oxidation_DNA
1,00
EQ_Oxidation_DNA
Équivalents de 50 mM I2. Intervalle : 1
à 10
2,50
CV_CT_Ox_DNA
Nombre de volumes de colonnes de
débit de temps de contact
2,00
Variables dans l'étape de capping
Nom de la variable
Description
Exemple de valeur
CT_Capping_DNA
0,50
CV_Capping_DNA
0,50
CV_CT_Capping_D
NA
2,00
CV_Capping_Wash
3,00
Éléments déterminant ce qu’il
convient d’inclure dans la procédure
de démarrage
Les éléments suivants sont affichés dans l'éditeur de méthode sous Start protocol
(Démarrer le protocole).
• Notes (Remarques)
218
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
F. Variables de méthode
• Prerun Questions (Questions pour précycle)
• Method Info (Infos sur la méthode)
• Method variables (Variables de méthode)
Ces éléments permettent de vérifier et de modifier ce qui est inclus dans la procédure
de démarrage d'un cycle de méthode.
Invites
Les invites suivantes apparaissent avant le début de la synthèse. Les informations
saisies par l’utilisateur sont utilisées à des fins de documentation et n'affectent pas la
synthèse.
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
No 1: Enter Loading and Lot number of the Support
No 2: Enter the Weight of the Support
No 3: Enter the type of support
No 4: Instrument Identification
No 5: Enter Column size
No 6: Amidite A Lot#
No 7: Amidite C Lot#
No 8: Amidite G Lot#
No 9: Amidite G Lot#
No10: Activator Lot#
No11: Capping A Lot#
No12: Capping B Lot#
No13: Oxidation Lot#
No14: Thiolation Lot#
No15: Acetonitrile Lot#
No16: Detritylation Lot#
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
219
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Annexe G
Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot
plus
À propos de ce chapitre
Les blocs de méthode ci-dessous complètent un (1) cycle de synthèse.
Selon le type de traitement chimique choisi dans l'éditeur de séquence pour les différentes bases, divers blocs de méthodes apparaîtront dans l'éditeur de texte, répertoriés avec leur nom et leur fonction. Les instructions contenues dans ces blocs ne sont
cependant pas spécifiées, car elles sont équivalentes à celles utilisées dans l'exemple
ci-dessus.
220
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Main -----
Le bloc principal contient le plus haut
niveau d'instructions. Il est créé (ainsi que
d'autres blocs de la méthode) d’après le
résultat de la séquence sélectionnée dans
l'éditeur de séquence et la définition des
lettres dans la séquence, via la liste de
référence croisée.
0,00 Base CV, 6,30 {ml}
0,00 Message "Fill your column with
DNA-T support", Screen (Message
« Remplir la colonne avec le support
ADN-T » à l’écran)
0.00 Message "Press CONTINUE
when ready", Screen (« Appuyer sur
CONTINUER quand vous êtes
prêt(e) » à l’écran)
0,00 Pause -1,0
0,00 Call Normal, START_parameters
0.00 Call Normal, Purge_T_U
0.00 Call Normal, Purge_C
0.00 Call Normal, Purge_A
0.00 Call Normal, Purge_G
0.00 Call Normal, Purge_Tetrazole
0.00 Call Normal, purge_solvents_ox
0.00 Call Normal, Column_wash
0.00 Call Normal, Add__DNA_T
0.00 Call Normal, Add__DNA_C
0.00 Call Normal, Add__DNA_C
0.00 Call Normal, Add__DNA_A
0.00 Call Normal, Add__DNA_T
0.00 Call Normal, Add__DNA_G
0.00 Call Normal, Add__DNA_G
0.00 Call Normal, Add__DNA_T
0.00 Call Normal, Add__DNA_A
0.00 Call Normal, Add__DNA_C
0.00 Call Normal, Final_détritylation
Dans le bloc principal, le volume de
colonne est défini. Dans ce cas, le volume
de colonne est de 6,30 ml.
Les deux messages d’instructions apparaissent à l'écran et invitent l'opérateur à
remplir la colonne avec le support correct,
et de la raccorder au système.
Le reste du bloc principal est constitué de
blocs qui contiennent les éléments
suivants :
• Purge des amidites : Cette séquence
contient les bases A, C, G et T, de sorte
que des méthodes de purge individuelles sont invoquées en fonction des
différents monomères utilisés dans la
synthèse. L'ordre des blocs est déterminé par l'ordre dans lequel ils apparaissent dans la séquence à partir de
l'extrémité 3’ (à l’exception de la toute
première base, qui est fixée sur le
support).
• Purge de l'activateur/du tétrazole
• Purge des solvants utilisés dans le
cycle pour les oligonucléotides
oxydés : Purge tous les réactifs utilisés
pour la synthèse des oligonucléotides
oxydés (c.-à-d., oxydation, capping et
ACN).
• Lavage de la colonne : Lave la colonne
à l’ACN avant le début de la synthèse
afin d’éliminer les bulles d'air et l'humidité de la colonne.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
221
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
• Cycles de synthèse d'ADN : Selon le
résultat de la séquence, des méthodes
pour les bases individuelles seront
invoquées par ordre d'apparition à
partir de l'extrémité 3'.
• Détritylation finale : Cette méthode
apparaît si la détritylation finale a été
sélectionnée dans l'éditeur de
séquence. Si la détritylation finale n'est
pas sélectionnée, une autre méthode,
Column_Wash, apparaît.
Remarque :
Les blocs de purge et la détritylation finale
sont des options disponibles à partir de
l'éditeur de séquence.
222
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : START_parameters
-----
Ce bloc contient les variables qui définissent ensemble l'échelle de synthèse – à
savoir, le poids et le chargement du
support.
0.00 Base Time
0.00 Block Column_Number
0.00 Block UV_Detrit
0.00 CV (6.3)#Column__Volume {ml}
0.00 Scale (1.70)#Weight_of_Support
{g}, (90) #Loading_of_Support
{umol/g}
0.00 Coldiameter
(20)#Column_Diameter {mm}
0.00 End_block
Base Time (Base de temps) : signifie que la
base de programmation de ce bloc est le
temps.
Column_Volume (CV) : de nouveau inclus
dans la méthode, cette fois pour fournir le
volume au logiciel UNICORN afin de lui
permettre de calculer les volumes et les
débits en fonction du volume de la
colonne.
Scale (Échelle) : cette instruction définit
l'échelle de la synthèse en multipliant les
deux variables, Weight_of_Support et
Loading_of_Support, pour obtenir le
poids du support avec le chargement. Sur
le système ÄKTA oligopilot plus 10, ces
instructions sont déjà combinées pour que
l'utilisateur saisisse directement l'échelle.
Coldiameter (Diamètre de la colonne),
Column_Diameter : variable qui définit le
diamètre de la colonne. Elle est utilisée
ultérieurement dans la méthode pour
calculer le débit linéaire (p. ex., de la détritylation). Dans ce cas, le diamètre est de
20 mm pour une colonne de 6,30 ml.
----- Block : Column_Number ----0.00 Base Time
0.00 Column
(Column_1)#Column_Number
0.05 End_block
Bloc permettant de définir la colonne
utilisée. Il peut s'agir des colonnes 1, 2, 3 ...,
7 ou la dérivation.
La variable est Column_Number.
Remarque :
Avec les systèmes de chromatographie
ÄKTA, la colonne 1 est raccordée à la position 1, et non 2.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
223
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : UV_Detrit -----
Ce bloc définit la longueur d'onde d’UV
avec la variable UV_Detritylation utilisée
dans le cycle de méthode. La longueur
d’onde 350 nm est principalement utilisée
à plus grande échelle (> 150 mmol), tandis
que les longueurs d’onde supérieures à
350 nm sont utilisées lors de la synthèse à
plus petites échelles, qui nécessitent une
plus grande sensibilité.
0.00 Base Time
0,00 UV_Wavelength (313)
#UV_detritylation {nm}, 290 {nm}, 0
{nm}
0.10 End_block
Pour les plus petites échelles, utiliser la
longueur d’onde 498 nm pour une sensibilité maximale.
----- Block : Purge_Detrit_pumpA
----0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Solvent_A Detrit_3.7
0.00 Waste Waste_Detrit
0.10 Flow_A 30.00 {ml/min}
1.00 UV_AutoZero
Ce bloc purge la solution de détritylation à
travers le moniteur UV, mais en contournant la colonne, et inclut une instruction
de mise à zéro automatique pour le moniteur UV après 30 ml (1 min x 30 ml/min).
Cette étape est suivie d'un lavage à l'acétonitrile de 30 ml (0,6 min x 50 ml/min)
pour nettoyer la pompe A et la tubulure
entrant et sortant de la pompe.
1.20 Flow_A 0.00 {ml/min}
1.30 Solvent_A ACN_Amidites_3.1
1.40 Flow_A 50.00 {ml/min}
2.00 Flow_A 0.00 {ml/min}
2.10 End_block
----- Block : Purge_T ----0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Amidite T
0.05 Flow_A 5.00 {ml/min}
0.05 Block Amidite_Purge_volume
0.05 Block Amid_ACN_wash_A_T
0.10 End_block
224
Ce bloc amorce la ligne T depuis la valve 1
avec X ml à un débit de 5,0 ml/min. Les
solutions d'amorçage sont dirigées vers la
sortie des déchets, en contournant la
colonne.
Le circuit du flux (l’écoulement) est à la
position de l'acétonitrile à côté de Tamidite.
Base Time (Base de temps) signifie que la
base de programmation de ce bloc est le
temps (min)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block :
Amidite_Purge_volume -----
Ce bloc définit le volume de purge des
amidites. La valeur par défaut est 1,0 ml,
mais la valeur est affichée sous forme de
variable Amidite_Purge_volume.
0.00 Base Volume
(1.00)#Amidite_Purge_volume
Flow_A 0.00 {ml/min}
1.00 End_block
----- Block : Purge_A ----0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Amidite A
0.05 Flow_A 5.00 {ml/min}
0.05 Block Amidite_Purge_volume
0.05 Block Amid_ACN_wash_A_T
0.10 End_block
----- Block :
Amidite_Purge_volume ----0.00 Base Volume
(1.00)#Amidite_Purge_volume
Flow_A 0.00 {ml/min}
1.00 End_block
----- Block : Purge_C ----0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Amidite C
0.05 Flow_A 5.00 {ml/min}
0.05 Block Amidite_Purge_volume
0.05 Block Amid_ACN_wash_C_G
0.10 End_block
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume (ml).
Ce bloc amorce la ligne A depuis la vanne 1
avec X ml à un débit de 5,0 ml/min. Les
solutions d'amorçage sont dirigées vers la
sortie des déchets, en contournant la
colonne.
Le circuit du flux (écoulement) est à la
position de l'acétonitrile à côté de Aamidite.
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume (ml).
Ce bloc définit le volume de purge des
amidites. La valeur par défaut est de
1,0 ml, mais la valeur est affichée sous
forme de variable.
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume (ml).
Ce bloc amorce la ligne C depuis la vanne 1
avec X ml à un débit de 5,0 ml/in. Les solutions d'amorçage sont dirigées vers la
sortie des déchets, en contournant la
colonne.
Le circuit du flux (écoulement) est à la
position de l'acétonitrile à côté de CTamidite.
Base Time (Base de temps) signifie que la
base de programmation de ce bloc est le
temps (min)
225
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block :
Amidite_Purge_volume -----
Ce bloc définit le volume de purge des
amidites. La valeur par défaut est de
1,0 ml, mais la valeur est affichée sous
forme de variable.
0.00 Base Volume
(1.00)#Amidite_Purge_volume
Flow_A 0.00 {ml/min}
1.00 End_block
----- Block : Purge_G ----0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Amidite G
0.05 Flow_A 5.00 {ml/min}
0.05 Block Amidite_Purge_volume
0.05 Block Amid_ACN_wash_C_G
0.10 End_block
----- Block :
Amidite_Purge_volume ----0.00 Base Volume
(1.00)#Amidite_Purge_volume
Flow_A 0.00 {ml/min}
1.00 End_block
----- Block : Purge_Activator ----0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Solvent_B Activator
0.10 Flow_AB 0.00 {ml/min}, 10.00
{ml/min}
0.10 Block Solvent_Purge_volume
0.20 Solvent_A ACN_Amidites_3.1
0.20 Solvent_B ACN_Reag_4.1
0.30 Flow_AB 20.00 {ml/min}, 20.00
{ml/min}
1.00 Flow_AB 0.00 {ml/min}, 0.00
{ml/min}
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume (ml).
Ce bloc amorce la ligne G depuis la vanne 1
avec X ml à un débit de 5,0 ml/min. Les
solutions d'amorçage sont dirigées vers la
sortie des déchets, en contournant la
colonne.
Le circuit du flux (écoulement) est à la
position de l'acétonitrile à côté de Gamidite.
Base Time (Base de temps) signifie que la
base de programmation de ce bloc est le
temps (min)
Ce bloc définit le volume de purge des
amidites. La valeur par défaut est 1,0 ml,
mais la valeur est affichée sous forme de
variable.
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume (ml).
Ce bloc amorce la ligne d'activateur depuis
la vanne 4 avec X ml à un débit de
10,0 ml/min, suivi de 7 ml d'ACN depuis la
vanne 4 pos. 1 et 7 ml d'ACN depuis la
vanne 3 pos. 1 à un débit de 20 ml/min
chacune.
Remarque :
Ce bloc est toujours ajouté lorsque la purge
d'amidites est sélectionnée. L'acétonitrile
élimine par lavage les amidites purgés des
lignes et des pompes.
Base Time (Base de temps) signifie que la
base de programmation de ce bloc est le
temps (min)
1.00 End_block
226
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block :
Solvent_Purge_volume -----
Ce bloc définit le volume de purge des
solvants (par exemple, activateur, oxydation, capping). La valeur par défaut est
5,0 ml, mais la valeur est affichée sous
forme de variable
(Solvent_purge_volume).
0.00 Base Volume
(5.00)#Solvent_Purge_volume
Flow_AB 0.00 {ml/min}, 0.00 {ml/min}
5.00 End_block
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume (ml).
----- Block : Purge_solvents_Ox
-----
0.05 Block Purge_CappingAB
Ce bloc contient la méthode de purge
appropriée avant la synthèse des oligonucléotides de phosphodiester réguliers (c.à-d., capping, oxydation et ACN), afin de
purger les lignes de thiolation au lieu des
lignes d'oxydation.
0.05 End_block
• Pour la synthèse des oligonucléotides
0.00 Base Time
0.00 Block Purge_Oxidation
phosphodiester réguliers, la méthode
de purge Purge_Oxidation est invoquée, afin de purger les lignes d'oxydation.
• Si l'ADN thiolé doit être synthétisé, la
méthode de purge
Purge_solvents_thio est invoquée,
afin de purger les lignes de thiolation.
Un troisième type de méthode de purge,
appelée Purge_solvents_mix est incluse
si la séquence contient à la fois des bases
phosphodiester et thiolées.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
227
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Purge_Oxidation -----
Ce bloc amorce la ligne d'oxydation depuis
la vanne 4 avec X ml à un débit de 10,0
ml/min, suivi de 7 ml d'ACN (20 ml/min *
0,7 min/2 pompes = 7 ml) depuis la vanne 4
pos. 4 et 7 ml d'ACN depuis la vanne 3
pos. 1, afin de ne pas mélanger différents
réactifs dans la vanne (ce qui pourrait
provoquer des précipitations).
0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Solvent_B Ox
0.10 Flow_AB 0.00 {ml/min}, 10.00
{ml/min}
0.10 Block Solvent_Purge_volume
0.20 Solvent_A ACN_Amidites_3.1
0.20 Solvent_B ACN_4.4
0.30 Flow_AB 20.00 {ml/min}, 20.00
{ml/min}
1.00 Flow_AB 0.00 {ml/min}, 0.00
{ml/min}
1.00 End_block
----- Block :
Solvent_Purge_volume ----0.00 Base Volume
(5.00)#Solvent_Purge_volume
Flow_AB 0.00 {ml/min}, 0.00 {ml/min}
5.00 End_block
228
Ce bloc définit le volume de purge des
solvants (par exemple tétrazole, oxydation, capping). La valeur par défaut est
5,0 ml, mais la valeur est affichée sous
forme de variable
Solvent_purge_volume.
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Purge_CappingAB -----
Ce bloc amorce les lignes de capping A et B
depuis la vanne 3 pos. 2 et la vanne 4 pos. 2
avec X ml chacune, à un débit de
10,0 ml/min, suivi de 7 ml d'ACN depuis la
vanne 4 position 1 et 7 ml d'ACN depuis la
vanne 3 position 1.
0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Solvent_A Cap_A
0.10 Flow_AB 10.00 {ml/min}, 0
{ml/min}
0.10 Block Solvent_Purge_volume
0.20 Solvent_B Cap_B
0.30 Flow_AB 0.00 {ml/min},10 {ml/
min}
0.30 Block Solvent_Purge_volume
0.40 Solvent_A ACN_Amidites_3.1
0.40 Solvent_B ACN_4.4
0.50 Flow_AB 20.00{ml/min}, 20.00
ml/min}
1.20 Flow_AB 0.00 {ml/min}, 0.00
{ml/min}
1.20 End_block
----- Block :
Solvent_Purge_volume ----0.00 Base Volume
(5.00)#Solvent_Purge_volume
Flow_AB 0.00 {ml/min}, 0.00 {ml/min}
5.00 End_block
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Ce bloc définit le volume de purge des
solvants (par exemple, activateur, oxydation, capping). La valeur par défaut est
5,0 ml, mais la valeur est affichée sous
forme de variable
Solvent_purge_volume.
Base Volume (Base de volume) signifie
que la base de programmation de ce bloc
est le volume.
229
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Column_wash -----
Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation d’après celle de la méthode principale – dans ce cas, les volumes de colonne.
0.00 Base SameAsMain
0.00 Block Column_Number
0.00 Waste Waste_ACN
0.00 Solvent_A ACN_Amidites_3.1
0.00 Solvent_B ACN_Reag_4.1
0.00 PFlow_AB 10.00 {Bar}
(8.00)#CV_Column_Wash Flow_AB
0.00 {ml/min}, 0.00 {ml/min}
8.00 End_block
La première ligne invoque
Column_Number, et sélectionne la
colonne à laver à l'acétonitrile.
Le circuit de flux est réglé pour prélever
l'acétonitrile depuis la vanne 3 position 1
et la vanne 4 position 1.
PFlow_AB démarre un débit maximal,
créant une contre-pression n’excédant
pas 10 bars sur les pompes A et B. Le débit
s'arrête après 8,00 volumes de colonne
(valeur sous forme de variable).
CV_Column_Wash définit le nombre de
volumes de colonne pour le lavage de la
colonne (valeur sous forme de variable). Le
lavage des plus grandes colonnes exigent
moins de volumes de colonne comparativement aux colonnes plus petites.
230
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Add__DNA_T -----
Ce bloc contient tous les blocs de méthode
nécessaires pour compléter un cycle de
synthèse avec l’ajout d’un monomère T
d’ADN.
0.00 Base Time
0.00 Set_mark "" T ""
0.10 Block Detritylation
0.20 Block Detrit_wash
0.20 Base_Id _T
0.25 Block Coupling_Recycle_DNA_T
0.30 Block Oxidation_DNA
0.35 Block Capping_DNA
Base Time (Base de temps) signifie que la
base de programmation de ce bloc est le
temps.
Les blocs ou instructions suivants de la
méthode sont exécutés dans l’ordre d’apparition :
•
•
•
•
•
Detritylation (Détritylation)
Detrit wash (Lavage de détritylation)
Coupling_recycle_DNA_T
Oxidation_DNA
Capping_DNA
Ces méthodes sont identiques pour toutes
les bases du même type (par exemple,
ADN phosphodiester, à l’exception de
l’identité du monomère dans le bloc de
couplage).
Base_Id _T fournit au logiciel des informations relatives au type de base. Ces informations sont utilisées pour calculer les
dernières valeurs d’efficacité. Seules les
bases possédant le même ID sont comparées au cours du calcul de la dernière efficacité de couplage.
Set_mark : le texte entre guillemets est
inclus dans le chromatogramme au point
d’arrêt donné (min ou ml).
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
231
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Detritylation -----
Ce bloc contient des blocs de méthode
permettant d’identifier le début et la fin du
pic de détritylation.
0.00 Base Time
0.00 Set_mark "Detritylation"
0.10 Block Detrit_peak_start_UV
0.10 Block Detrit_peak_end_UV
0.10 Integration_OFF
0.30 Flow_A 0.00 {ml/min}
0.35 End_block
Set_mark : le texte entre guillemets est
inclus dans le chromatogramme au point
d’arrêt donné (min ou ml).
L’intégration en ligne du pic de tritylation
est également définie sur OFF , vers la fin
du bloc.
Le bloc Integration_OFF est suivi de 0,3
minute de détritylation supplémentaire
visant à assurer la détritylation complète
de la chaîne oligonucléotidique croissant
dans la colonne.
Base Time (Base de temps) signifie que la
base de programmation de ce bloc est le
temps.
232
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Detrit_peak_start_UV
-----
Ce bloc contient des instructions de
réglage des vannes et du débit pour la
détritylation, ainsi que des instructions
pour le démarrage de l’intégration du pic
de détritylation.
0.00 Base SameAsMain
0.00 ******Cycle_Start******
0.00 Waste Waste_Detrit
0.00 Solvent_A Detrit_3.7
0.00 LFlow_A (400)#Detrit_Flow
{cm/h}
1.20 Watch_UV1 Greater_than, 250
{mAU}, END_BLOCK
12.00 Watch_off UV1
12.00 Solvent_A ACN_Amidites_3.1
12.00 Solvent_B ACN_Reag_4.1
• Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation sur celle de la méthode principale – dans ce cas, les volumes de
colonne (CV).
• ******Cycle_Start****** est une
instruction utilisée en interne, qui identifie le début d’un nouveau cycle de
synthèse d’après lequel la rétention est
calculée.
12.00 PFlow_A 10.00 {Bar}
• Waste Waste_Detrit règle la vanne de
16.90 Flow_A 40.00 {ml/min}
déchets sur la position Détritylation,
(vanne 8 position 2), pour permettre la
séparation des déchets chlorés et non
chlorés).
17.00 Message "No_peak_detected",
Screen
17.00 Pause -1 {Minutes}
17.00 Solvent_A Detrit_3.7
17.00 LFlow_A 400 {cm/h}
17.00 End_block
• Solvent_A Detrit 3.7 identifie les
paramètres de vanne corrects pour la
détritylation.
• LFlow_Det 400 {cm/h} identifie la
pompe et le débit corrects pour la détritylation. Pour la détritylation, un débit
linéaire est sélectionné (LFlow (Débit
linéaire)) et défini en tant que variable.
Cela permet d’utiliser la même
méthode de base, indépendamment de
la taille de la colonne.
• Integration_Start définit le point de
départ à partir duquel la méthode doit
rechercher un pic qui remplit les conditions énoncées définies dans
Start_Level, dans les paramètres du
système.
• Watch_UV1 Greater than 250
{mAU), END_BLOCK signifie que le
bloc doit se terminer lorsque le pic de
détritylation atteint une absorbance
supérieure à 250 sur UV1.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
233
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
• Watch_off UV1 désactive la fonction
de surveillance – dans ce cas, après les
12 volumes de colonne.
Si les conditions ne se présentent pas
(aucun pic de détritylation), le système
bascule vers le lavage à l’ACN avec 5
volume de colonnes, puis met le cycle en
Pause (pause infinie) et affiche le message
No peak detected (Aucun pic détecté)
sur l’écran. Si la synthèse doit continuer,
des instructions sont fournies pour régler
les vannes avec un débit linéaire afin de
continuer la détritylation.
----- Block : Detrit_peak_end_UV
----0.00 Base SameAsMain
0.00 Integration_ON
2.00 Watch_UV1 Less_than, 250
{mAU}, END_BLOCK
8.00 Watch_off UV1
8.00 End_block
• Lorsque les conditions de surveillance
dans le bloc de démarrage du pic sont
réunies, ce bloc est terminé et le bloc
Detrit_Peak_end démarre.
• Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation d’après celle de la méthode
principale – dans ce cas, les volumes de
colonne.
• Watch_UV1 Less than 250{mAU),
END_BLOCK signifie que le bloc se
termine lorsque la conductivité
descend en dessous de 250.
• Watch_off UV1 désactive la fonction
de surveillance – dans ce cas, après les
8 volumes de colonne.
234
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Detrit_wash -----
Ce bloc contient des instructions pour le
lavage de la colonne à l’ACN après détritylation.
0.00 Base SameAsMain
0.00 Set_mark "Det_Wash"
0.00 Solvent_A ACN_Amidites_3.1
0.00 Solvent_B ACN_Reag_4.1
0.00 Flow_AB 20 {ml/min}, 20 {ml/
min}
1.00 PFlow_A 10.00 {Bar}
2.50 Watch_Efficiency Less_than,
(50)#Efficiency_threshold {%}, PAUSE
2.80 Watch_off Efficiency
(6.00)#CV_Detrit_Wash Flow_A 0.00
{ml/min}
6.00 Waste Waste_ACN
6.00 End_block
• Set_mark place le texte entre guillemets dans le chromatogramme au
moment ou au point d’arrêt du volume
donné.
• Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation d’après celle de la méthode
principale – dans ce cas, les volumes de
colonne.
• Solvent_A ACN Amidites_3.1 définit
la vanne 3 sur la position 1, qui est la
position de la vanne pour l’ACN vers la
pompe A.
• Solvent_A ACN Reag_4.1 définit la
vanne 4 sur la position 1, qui est la position de la vanne pour l’ACN vers la
pompe B.
• Flow_AB 20ml/min, 20 ml/min définit
le débit des pompes A et B sur
20 ml/min chacune.
• PFlow_A définit un débit maximal,
créant une contre-pression n’excédant
pas 10 bars sur la pompe A. Le flux s’arrête après 6,00 CV, qui est une variable.
• Watch_Efficiency Less_than 50% et
la variable Efficiency_threshold vérifient si l'efficacité, calculée à partir de
l'intégration des couleurs de tritylation,
est au moins la valeur sélectionnée.
Dans le cas contraire, la synthèse est
interrompue. Les instructions définissent le placement de 2,8 volumes de
colonnes dans le bloc de lavage pour
garantir que la synthèse est mise en
pause avec de l'acétonitrile dans la
colonne, et non une solution de détritylation acide.
• Watch_off Efficiency désactive la
surveillance de l’efficacité.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
235
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
• Waste Waste_ACN définit la vanne 8
sur la position 1 pour collecter les
déchets d’ACN.
• #CV_detrit_wash est la variable qui
définit le nombre de volumes de
colonnes pour le lavage à l’ACN – 6,00
CV pour la colonne 1,2 et 6,3 ml ou plus
pour les petites colonnes, et moins pour
les plus grandes.
----- Block :
Coupling_Recycle_DNA_T -----
Ce bloc contient des sous-blocs, requis
pour
0.00 Base Time
• l’ajout d'amidite
• l’ajout de tétrazole
• la recirculation des réactifs de couplage
0.00 Set_mark "Coupling"
0.00 Block DNA_parameters
0.00 Block Amid_ACN_wash_T_U
0.00 Block Column_Number
0.05 Block Amidite_amount_T_U
0.10 Block Recycle_DNA
0.20 Block Coupling_wash
0.25 End_block
236
sur la colonne
• l'ACN nécessaire entre une étape et
l'étape suivante du cycle.
L'instruction du bloc Set_mark permet de
placer le texte entre guillemets dans le
chromatogramme au moment ou au point
d'arrêt du volume donné.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : DNA_parameters -----
Ce bloc contient des variables qui définissent le nombre d'équivalents d'amidite, la
quantité d'activateur et la concentration
d'amidite.
0.00 Base Time
0.00 Eq_Amidite
(1.50)#Eq_Amidite_DNA {Eq}
0.00 %_Activator (60)#Percent_Activator_DNA {%}
0.00 Amidite_Conc
(0.1)#Conc_Amidite_DNA {M}
0.00 End_block
• Base Time (Base de temps) définit le
temps comme base de programmation.
• Eq_Amidite contient la variable
#Eq_Amidite_DNA, qui détermine le
nombre d'équivalents d'amidite à
utiliser pendant le couplage.
• - 1,5 équivalent d'amidite est utilisé si
le volume de la colonne est égal ou
supérieur à 6,3 ml.
- 3 équivalents d'amidite sont utilisés
si le volume de colonne est de 1,2 ml.
- 10 équivalents d'amidite sont
utilisés pour la petite cassette.
• %Activator contient la variable
#Percent_Activator_DNA {%} qui
détermine la quantité d'activateur (en
pourcentage) du volume de couplage à
mélanger avec l'amidite pour déclencher la réaction de couplage. Dans ce
cas, la quantité est de 60 % – valeur
valable pour tous les amidites standard.
Certains activateurs et types d'amidites peuvent nécessiter des ajustements.
• AmiditeConc contient la variable
#Conc_Amidite_DNA {M} qui prend
en compte la concentration de la solution d'amidite.
- ÄKTA oligopilot plus 10 utilise typiquement 100 mM.
- ÄKTA oligopilot plus 100 utilise typiquement 0,1 à 0,15 M si la colonne
de 6,3 ml est utilisée. Si la colonne
FineLINE 35 oligo est utilisée, il
convient d’utiliser 0,2 M.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
237
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
La combinaison de variables dans ce bloc
et les paramètres de départ sont la base
d’après laquelle l'ordinateur calcule la
quantité correcte d'amidite et d'activateur
utilisés pour chaque réaction de couplage.
----- Block : Amid_ACN_wash_T
----0.00 Base Time
0.00 Column Column_Bypass
0.00 Amidite ACN_T/U
0.10 Flow_A 24.00 {ml/min}
0.60 Flow_A 0.00 {ml/min}
0.60 End_block
Ce bloc contient des instructions pour le
lavage à l’ACN depuis la position appropriée de la vanne d'amidite avant l'ajout
des réactifs de couplage. Le produit du
lavage s’écoule directement dans le
conteneur de déchets, réduisant ainsi le
risque de contamination croisée lorsque la
vanne d'amidite change de position.
• Base Time (Base de temps) définit le
temps comme base de programmation.
• Column_Bypass définit la le contournement (dérivation) de la colonne du
circuit du flux, de sorte que le réactif
soit dirigé directement vers le conteneur de déchets.
• Amidite ACN_T/U, définit le circuit du
flux sur la position d’ACN la plus proche
de l'amidite T/U.
• Flow_A définit le débit de la pompe à
réactif – dans ce cas, sur 24,00 ml/min.
Après (0,6 - 0,1) x 24 = 12 ml, le débit de
la pompe passe à 0,00 ml/min.
----- Block : Amidite_amount_T
----0.00 Base Time
0.00 Amidite T/U
0.00 Block Coupling_Reag_Vol
0.00 Amidite ACN_T/U
0.05 Block Coupling_push
0.10 End_block
Ce bloc contient des blocs et des instructions pour l’ajout de réactifs de couplage
et leur acheminement à travers la colonne
avec de l'acétonitrile.
• Base Time (Base de temps) définit le
temps comme base de programmation.
• Amidite T définit le circuit de flux
correct pour l'amidite T/U.
• Amidite ACN_T définit le circuit de flux
correct pour l'ACN_T/U.
238
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Coupling_Reag_Vol
-----
Le bloc Coupling (Couplage) requiert de
l'ordinateur le calcul des volumes corrects
d'amidite et d'activateur à ajouter, sur la
base de l'échelle de synthèse et des paramètres d'ADN. Cette instruction doit être
séparée à un point d'arrêt unique, c.-à-d.
un point unique dans le temps (0,00, 0,10,
0,30).
0.00 Base Time
0.10 Coupling Time_0.5 {min}
0.30 End_block
Le débit utilisé conduit à un temps de
contact de 0,50 min la première fois que
les réactifs de couplage traversent la
colonne. Le temps de contact est calculé à
partir du volume de couplage restant
lorsque 1 équivalent est consommé.
Remarque :
Pour une efficacité maximale, le couplage
total doit être d'environ 1 CV.
----- Block : Coupling_push -----
12.00 LFlow_AB 0 {cm/h}
Ce bloc achemine l'amidite et le tétrazole à
travers la colonne et la boucle de couplage
à un débit créant un temps de contact
minimum de 0,5 min pour les réactifs de
couplage lorsque 1 équivalent est
consommé.
12.00 End_block
• Le bloc commence à utiliser l'acétoni-
0.00 Base Volume
0.00 FlowThrough 0.50 {min}
2.00 Solvent_B ACN_Reag_4.1
trile via la pompe A et l'activateur via la
pompe B.
• Suite à l’ajout de 2 ml (1 ml pour chaque
pompe), la vanne 4 commute pour
ajouter de l'acétonitrile via la pompe B.
Le volume de poussée total est de 12 ml
avec un débit typique de 2,3 +
2,3 ml/min en utilisant PrimerSupport,
30 HL, dans la colonne de 6,3 ml. La
durée de cette étape excède légèrement 2,5 min.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
239
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Recycle_DNA -----
Ce bloc définit les conditions de recirculation des réactifs de couplage via la
pompe B.
0.00 Base Time
0.00 Set_mark "Recycle"
0.00 Recycle On, 250 {cm/h}
• Base Time (Base de temps) définit le
(3.00)#Recycle_Time_DNA Recycle
Off, 0 {cm/h}
• L'instruction du bloc Set_mark permet
3.00 End_block
temps comme base de programmation.
de placer le texte entre guillemets dans
le chromatogramme au moment ou au
point d'arrêt du volume donné.
• Recycle On , 250{cm/h} (Recyclage
activé, 250{cm/h}) ferme la boucle de
recirculation et commence un débit
linéaire de 250 cm/h.
• Recycle On (Recyclage activé) définit
le circuit du flux pour le recyclage.
• Recycle_time est une variable qui
définit le temps de recyclage.
• Recycle Off, 0 {cm/h} (Recyclage
désactivé, 0 {cm/h}), OFF arrête le flux
de la pompe du réactif et définit le
circuit de flux passant à travers la
colonne.
240
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Coupling_wash -----
Ce bloc contient des blocs pour le lavage à
l’ACN via la pompe de réactif s’écoulant
directement vers le conteneur de déchets,
suivi par un lavage de la colonne à l’ACN
avec un écoulement régulé en pression. Le
nombre de volumes de colonnes est représenté par la variable
#CV_Coupling_Wash.
0.00 Base SameAsMain
0.00 Set_mark "Coupling_wash"
0.00 PFlow_AB 10.00 {Bar}
(4.00)#CV_Coupling_Wash Flow_AB
0.00 {ml/min}, 0.00 {ml/min}
4.00 End_block
• Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation d’après celle de la méthode
principale – dans ce cas, les volumes de
colonne.
• L'instruction du bloc Set_mark permet
de placer le texte entre guillemets dans
le chromatogramme au moment ou au
point d'arrêt du volume donné.
• PFlow_AB démarre un débit maximal
créant une contre-pression n’excédant
pas 10 bars sur les pompes A et B. Le
débit s'arrête après 4,00 volumes de
colonne.
----- Block : Oxidation_DNA ----0.00 Base Time
0.00 Set_mark "OX"
0.00 Block Amount_Ox_DNA
0.10 Block Ox_push
0.15 Block Contacttime_Ox_DNA
0.20 Block Ox_wash
0.25 Flow_B 0.00 {ml/min}
0.30 End_block
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
Ce bloc contient divers blocs pour l’ajout
de la solution d'oxydation, le réglage du
temps de contact et le lancement d’une
étape de lavage ultérieure.
• Base Time (Base de temps) définit le
temps comme base de programmation.
• L'instruction du bloc Set_mark permet
de placer le texte entre guillemets dans
le chromatogramme au moment ou au
point d'arrêt du volume donné.
241
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Amount_Ox_DNA -----
Ce bloc permet l’ajout la quantité de solution d'oxydation requise.
0.00 Base Time
0.10 Oxidation (1.00)#CT_Oxidation_DNA {min}, (2.00)#Eq_Oxidation_DNA {Eq}
0.30 End_block
• Base Time (Base de temps) définit le
temps comme base de programmation.
• CT_Oxidation et sa variable
#CT_Oxidation_DNA définissent le
temps de contact du réactif dans la
colonne.
• Eq_Oxidation est un ensemble d'instructions sous forme de variable, qui
calcule la quantité correcte de solution
d'oxydation d'après le nombre d'équivalents. Ce calcul est basé sur les variables antérieures de l'échelle de
synthèse. Le calcul est également basé
sur l'utilisation d'une solution d'iode à
50 mM (I2). Échelle de synthèse (mmol)
* Eq_oxydation / 50mM = ml d'oxydation.
• Oxidation (Oxydation) traduit les
calculs de Eq_Oxidation en instructions de débit pour l'ajout de produit. Le
débit à cette étape est le même que le
débit du temps de contact d'oxydation
défini. Cette instruction définit également le circuit de flux correct pour
l'oxydation dans la colonne (vanne 4.5).
Remarque :
Pour les méthodes ÄKTA oligopilot plus 10,
le réactif d'oxydation est utilisé sur la base
du volume. ce qui diminue le temps requis
pour cette étape et sécurise la réaction
chimique lorsque les volumes de colonne
et de réactif sont très faibles.
----- Block : Ox_push ----0.00 Base Volume
0.00 Set_mark "CT_OX"
4.00 End_block
242
Le bloc Ox_push est un bloc programmé
basé sur le volume. Le bloc permet d’acheminer l'oxydation à travers la colonne. Le
débit a été défini dans le bloc
Amount_Ox_DNA précédent par l'instruction Oxidation (Oxydation) calculée à
partir des paramètres.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Contacttime_Ox_DNA
-----
Ce bloc régit le débit pour la réaction
d'oxydation lorsque la solution est acheminée avec de l’ACN à travers la colonne.
Ce débit est également utilisé pour l'ajout
de solution ordonnée par l'instruction
Oxydation.
0.00 Base SameAsMain
(2.00) #CV_CT_Ox_DNA End_block
• Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation d’après celle de la méthode
principale – dans ce cas, les volumes de
colonne.
• CV_ct_Ox_DNA est une variable qui
détermine le nombre de volumes de
colonne nécessaires au débit de temps
de contact d'oxydation.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
243
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Ox_wash -----
Ce bloc complète le lavage de la colonne
avec de l’ACN après la réaction d'oxydation.
0.00 Base SameAsMain
0.00 Set_mark "OX_wash"
0.00 PFlow_AB 10.00 {Bar}
1.00 PFlow_B 10.00 {Bar}
1.10 Watch_Cond Less_than, 50
{uS/cm}, END_BLOCK
2.00 Watch_off Cond
2.00 End_block
• Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation d’après celle de la méthode
principale – dans ce cas, les volumes de
colonne.
• PFlow_AB démarre un débit maximal,
créant une contre-pression n’excédant
pas 10 bars sur les pompes A et B. Le
flux est modifié après 1.00 CV.
• PFlow_B définit un débit maximal,
créant une contre-pression n’excédant
pas 10 bars sur la pompe A. Le flux s’arrête après 2,00 CV d’élution, ou lorsque
la conductivité est inférieure à 50
mS/cm.
• Watch_Cond Less than, 50.00
{µS/cm}, END_BLOCK est une fonction de surveillance de la conductivité.
Le lavage se poursuit jusqu'à ce que la
conductivité soit inférieure à
50,00 µS/cm. Si, pour une raison quelconque, la conductivité ne descend pas
en dessous du niveau défini, le lavage
continuera pendant 2 volumes de
colonne puis s’arrêtera.
----- Block : Capping_DNA ----0.00 Base Time
0.00 Set_mark "CAP"
0.00 Block Amount_Cap_DNA
0.05 Block Cap_push
0.10 Block Contacttime_Cap_DNA
0.15 Block Capping_wash
0.25 End_block
244
Ce bloc ajoute la solution de capping,
définit le temps de contact et effectue le
lavage ultérieur.
• Base Time (Base de temps) définit le
temps comme base de programmation.
• L'instruction du bloc Set_mark permet
de placer le texte entre guillemets dans
le chromatogramme au moment ou au
point d'arrêt du volume donné.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Amount_Cap_DNA -----
Ce bloc ajoute la quantité requise de solution de capping.
0.00 Base Time
0.10 Capping
(0.50)#CT_Capping_DNA {min},
(0.50) #CV_Capping_DNA {CV}
0.20 End_block
• CT_Capping et la variable
#CT_Capping_DNA définit le temps
de contact du réactif dans la colonne.
• #CV_Capping est une instruction
définie sous forme de variable qui
calcule la quantité correcte de la solution de capping en fonction du nombre
de volumes de colonnes. Ce calcul est à
son tour basé sur les variables précédentes.
• Capping traduit les calculs à partir de
CV_Capping et CT_Capping en
instructions de débit pour l'ajout réel de
solution. Le débit à cette étape est le
même que celui du temps de contact de
capping défini ci-dessous. Cette
instruction définit également le circuit
de flux correct pour le capping dans la
colonne.
----- Block : Cap_push ----0.00 Base Volume
0.00 Set_mark "CT_Cap"
Ce bloc achemine l'oxydation à travers la
colonne, à un débit défini dans
Amount_Cap_DNA.
4.00 End_block
----- Block : Contacttime_Cap_DNA ----0.00 Base SameAsMain
(2.00) #CV_CT_Capping_DNA
End_block
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
La variable #CV_CT_Capping dans ce
bloc permet de définir le nombre de
volumes de colonnes d'ACN à utiliser lors
de l'acheminement des réactifs de
capping à travers la colonne.
245
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Capping_wash -----
Il s'agit du dernier bloc du cycle de
synthèse, qui permet le lavage de la
colonne sous pression avec de l'acétonitrile.
0.00 Base SameAsMain
0.00 Set_mark "Cap_wash"
0.00 PFlow_AB 10.00 {Bar}
(3.00) #CV_Capping_Wash Flow_AB
0.00 {ml/min}, 0.00 {ml/min}
3.00 End_block
0.00 Base SameAsMain
0.00 Set_mark "Cap_wash"
0.00 PFlow_AB 10.00 {Bar}
(3.00) #CV_Capping_Wash Flow_AB
0.00 {ml/min}, 0.00 {ml/min}
Base SameAsMain (Même base que la
base princ.) définit la base de programmation d’après celle de la méthode principale – dans ce cas, les volumes de colonne.
PFlow_AB démarre un débit maximal,
créant une contre-pression n’excédant
pas 10 bar sur les pompes A et B. Le débit,
défini via la variable #CV_capping_wash,
s'arrête après 4,00 CV.
3.00 End_block
Description des blocs spéciaux
246
Bloc de méthode
Description
----- Block : Final_detritylation :
-----
Ce bloc est le dernier de la méthode si la
détritylation finale a été choisie dans l'éditeur
de séquence. Il contient le bloc de détritylation régulière ainsi que le bloc pour le lavage
à l’ACN ultérieur (lavage de détritylation).
----- Block :Column_wash -----
Ce bloc est le dernier de la méthode si la
détritylation finale n'a PAS été sélectionnée
et contient une instruction pour un lavage à
l’ACN uniquement.
----- Block :Thiolation_DNA -----
Ce bloc apparaît au lieu de Oxidation_DNA
pour les bases sélectionnées pour la thiolation dans l'éditeur de séquence. Il contient les
mêmes fonctions que le bloc d'oxydation. Le
volume de réactif de thiolation est
programmé dans des volumes de colonne
plutôt que des équivalents.
----Block :Purge_Solvents_Ox_Thio
-----
Ce bloc permet de purger les lignes de réactifs lorsqu'une combinaison de bases
oxydées et thiolées est utilisée.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
Bloc de méthode
Description
----- Block : Add__RNA_Base (a,
c, g, u etc.) -----
Ce bloc est équivalent au bloc d'ADN correspondant, à l'exception des blocs de couplage
et d'oxydation spécifiques de l'ARN.
----- Block :
Coupling_recycle_RNA_
Ce bloc est utilisé pour établir les conditions
de couplage des amidites d'ARN réguliers. Il
est équivalent au bloc d'ADN correspondant
en ce qui concerne les types d'instructions et
les variables utilisées.
(a, c, g, u etc.) ----
----- Block : RNA_parameters
-----
Ce bloc contient des variables qui définissent
le nombre d'équivalents d'amidite, la quantité de tétrazole et la concentration d'amidite
pour le couplage d'amidites d'ARN réguliers.
Il est équivalent au bloc d'ADN correspondant en ce qui concerne les types de variables utilisés.
----- Block : Thiolation_2oMe
-----
Ce bloc est utilisé pour l'oxydation des bases
d'ARN régulières. Il est équivalent au bloc
d'ADN correspondant en ce qui concerne les
types d'instructions et les variables utilisées.
----- Block : Thiolation_RNA -----
Ce bloc permet la thiolation de bases d'ARN
régulières. Il est équivalent au bloc d'ADN
correspondant en ce qui concerne les types
d'instructions et les variables utilisées.
----- Block : Add__2oMe_(a, c, g,
u etc.) -----
Ce bloc est équivalent au bloc d'ADN correspondant, à l'exception des blocs de couplage
et d'oxydation qui sont spécifiques aux
amidites 2'-OMe-ARN.
----- Block :
Coupling_recycle_2oMe_ (a, c,
g, u etc.) -----
Ce bloc permet d’établir les conditions de
couplage des amidites 2'-OMe-ARN. Il est
équivalent au bloc d'ADN correspondant en
ce qui concerne les types d'instructions et les
variables utilisées.
----- Block : 2oMe_parameters
-----
Ce bloc contient des variables qui définissent
le nombre d'équivalents d'amidite, la quantité de tétrazole et la concentration en
amidite pour le couplage des amidites 2'OMe-ARN. Il est équivalent au bloc d'ADN
correspondant en ce qui concerne les types
de variables utilisés.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
247
G. Blocs de méthode dans ÄKTA oligopilot plus
248
Bloc de méthode
Description
----- Block : Oxidation_2oMe
-----
Ce bloc permet l'oxydation des bases 2'OMe-ARN. Il est équivalent au bloc d'ADN
correspondant en ce qui concerne les types
d'instructions et les variables utilisées.
----- Block : Thiolation_2oMe
-----
Ce bloc est utilisé pour la thiolation de bases
d'ARN 2'-OMe. Il est équivalent au bloc d'ADN
correspondant en ce qui concerne les types
d'instructions et les variables utilisées.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
H. Calculs de stratégie
Annexe H
Calculs de stratégie
À propos de ce chapitre
Ce chapitre contient des calculs et des formules utilisés en synthèse, ainsi que des
exemples de calculs.
Remarque :
Pour obtenir une aide supplémentaire concernant la stratégie,
mettre l'instruction en surbrillance dans UNICORN et appuyer
sur F1.
Dans ce chapitre
Section
Voir page
H.1
Échelle
250
H.2
Couplage
251
H.3
Flux continu
253
H.4
Flux de recyclage
254
H.5
Réactif d'oxydation
255
H.6
Réactif de capping
257
H.7
Réactif de thiolation
259
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
249
H. Calculs de stratégie
H.1 Échelle
H.1
Échelle
Exemple de paramètres
Paramètre
Valeur
Plage autorisée
Volume de colonne
6,3 ml
-
Poids du support solide
700 mg
0.1 à 150 g
Chargement en cours
350 µmol/g
1 à 500 µmol/g
Équation
Échelle = Poids du support solide x Chargement
Échelle = 0,7 x 350 = 245 μmol
Remarque :
250
Avec le système ÄKTA oligopilot plus 10, la stratégie dans
UNICORN comprend l'instruction Scale (Échelle) au lieu du poids
et du chargement.
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
H. Calculs de stratégie
H.2 Couplage
H.2
Couplage
Aperçu
Les débits sont calculés d’après le volume de réactifs de couplage lorsque 1 équivalent
d’amidite est consommé. Si l'on emploie 1,5 équivalent et que le volume total du réactif
de couplage est de 1500 ml, alors 1 éq. est égal à 1000 ml. Le volume restant est de
500 ml. Cela signifie que les débits sont calculés comme suit :
• 500 ml divisé par CT, dans cet exemple 1 minute = 500 ml/min.
• 500 ml/min divisé par 40/60 entre l'amidite et la pompe activatrice est égal à 200 et
300 ml/min, respectivement.
Données d'entrée
Paramètre
Unité
Échelle de synthèse
μM
Concentration d'amidite
M
Équivalents d'amidite
-
Concentration d'activateur
%
Nom
Calcul du volume de réactif
Calcul du débit d'amidite (débit A)
Remarque :
CTcoupl est 0,25, 0,50 ou 1,00 minutes
Calcul du débit de l'activateur (débit
B)
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
251
H. Calculs de stratégie
H.2 Couplage
Exemple de calcul
Données d'entrée
Paramètre
Valeur
Échelle
260
Équivalents d'amidite
1,5
Concentration d'amidite
0,15 M = 150 µmol/ml
Concentration d'activateur
60 %
Volume d'amidite
Vamidite = échelle × EQamidite = (quantité d'amidite)/(concentration d'amidite)
= 1,5 × 260 = 390/150 = 2,6 ml d'amidite
Volume de l'activateur
Vactivateur = échelle × Vamidite = 1,5 × 1,5 ml = 3,9 ml d’activateur
Volume total
Vtotal = Vamidite + Vactivateur = 2,6 + 3,9 = 6,5 ml
Volume de base du débit
Ce volume sera utilisé pour calculer le débit pendant l'ajout de l'amidite et de l'activateur.
Volume de base = Vtotal - (Vactivateur + Vamidite)/échelle
= 6,5 - (3,9 + 2,6)/1,5 = 2,17 ml
Débit A et débit B
L'instruction Temps de couplage est définie sur 0,25, 0,5 ou 1 min et est utilisée pour
calculer le débit comme suit.
Concentration d'activateur = 60 % = 0,60
Flux A = (0,40 × 2,17 ml)/0,25 min = 3,42 ml/min
Flux B = (0,60 × 2,17 ml)/0,25 min = 5,21 ml/min
252
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
H. Calculs de stratégie
H.3 Flux continu
H.3
Flux continu
Équation
[
]=
×
Flux continu : 0.5 à 10 min
−
1
Défaut =1 min
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
253
H. Calculs de stratégie
H.4 Flux de recyclage
H.4
Flux de recyclage
Équation
Flin : 0 à 1000 cm/h
r : rayon de la colonne en cm
254
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
H. Calculs de stratégie
H.5 Réactif d'oxydation
H.5
Réactif d'oxydation
Données d'entrée
Paramètre
Unité
Échelle de synthèse
μM
Concentration du réactif d'oxydation
M
Équivalents de réactif d'oxydation
Nom
Aucune unité
Plage : 1 à 5
Temps de contact
Plage : 0,1 à 5
Calcul du débit
éqox : 1 à 5
Calcul du volume
Calcul du temps de contact
CT : 0,1 à 5 minutes
Exemple de calcul
Données d'entrée
Paramètre
Valeur
Concentration du réactif d'oxydation
50 μmol/ml
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
255
H. Calculs de stratégie
H.5 Réactif d'oxydation
Paramètre
Valeur
Équivalents de réactif d'oxydation
2
Échelle de synthèse
260 μmol (0,7 g x 357 μmol/g)
Temps de contact
1 min
Volume
Vox = éqox × échelle/Cox = 2 × 260/50 = 10,4 ml
Débit
Fox = Vox/CT = 10,4/1 = 10,4 ml/min
256
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
H. Calculs de stratégie
H.6 Réactif de capping
H.6
Réactif de capping
Données d'entrée
Paramètre
Nombre de volumes de colonne
Unité
Nom de la variable
Aucune unité
Plage : 0,1 à 2
Temps de contact
Plage : 0,1 à 2
Calcul du débit
Volume de réactif de capping
Le volume de réactif de capping est égal au nombre de volumes de colonne.
Calcul du temps de contact
CT : 0,1 à 2 minutes
n : 0,1 à 2
Exemple de calcul
Les réactifs de capping A et B sont ajoutés sous forme de CV multiple avec un temps de
contact (CT) programmé.
Données d'entrée
Paramètre
Valeur
Nombre de volumes de colonne
0,5
Temps de contact
0,5 min
Volume de réactif de capping
Vcap × CV = VcapA + VcapB = 0,5 × 6,3 ml = 3,15 ml
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
257
H. Calculs de stratégie
H.6 Réactif de capping
VcapA = VcapB = 3,15/2 = 1,58 ml
Débit, pompe A
fluxcapA = VcapA/temps de contact = 1,58/0,5 = 3,16 ml/min
Débit, pompe B
FluxcapB = VcapB/CT = 1,58/0,5 = 3,16 ml/min
258
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
H. Calculs de stratégie
H.7 Réactif de thiolation
H.7
Réactif de thiolation
Données d'entrée
Paramètre
Unité
Volume du réactif de thiolation
ml
Nombre de volumes de colonnes
Aucune unité
Nom de la variable
Plage : 0,1 à 10
Temps de contact
min
Plage : 0,5 à 10
Calcul du débit
Exemple de calcul
Données d'entrée
Paramètre
Valeur
Volume du réactif de thiolation
6,3 ml
Nombre de volumes de colonnes
1
Temps de contact
3 min
Débit, pompe B
Débit = Vthio/Tcontact = 6,3/3 = 2,1 ml/min
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
259
I. Schémas de raccordement
Annexe I
Schémas de raccordement
Dans ce chapitre
Section
260
Voir page
I.1
Circuit de liquide et composants
261
I.2
Schéma de raccordement gaz
263
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
K6
A (2)
C (3)
ACN C/G (4)
K1
K2
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
15
Column Bypass
K7
K3
16
K40
K25
(8)
A* (2)
C* (3)
K41
6
K29
K11
K43
K43
T* (6)
K26
K38
ACN T*/Y* (7)
7
Column outlet valve, V7
K32
Pos 6
Pos 7
K31
K15
Extra_4.6 (6)
K18
DEA(7)
UV-900
K34
K35
8
Waste_6 (6)
Waste_7 (7)
Waste_8 (8)
Flow Restrictor
Waste_5 (5)
Waste_1 (1)
11
Waste_4 (4)
Waste_3 (3)
Waste_2 (2)
Waste Valve, V8
ÄKTAoligopilot plus
K33
K17
Activator (8)
Recycle valve, V5
K21
OX (5)
4
4
Pos 4
5
Pos 1
K24
Cap B (3)
K20
ACN_4.4 (4)
Thiolation (2)
ACN (1)
K10
Reagent Valve, V4
K23
K12
Column inlet valve, V6
Y- connector
K28
Pump
Pump B 10
K42
K39
G* (5)
2
Y (8)
ACN A*/Y (1)
C O L U M N S
K27
12
Detrit_3.7 (7)
K8
ACN C*/G* (4)
Q (6)
K13
K36
K37
Amidite Valve 2, V2
Pump A
A
9 Pump
14 Valve 7 position 1
K30
3
ACN (1)
(2)
K14
ACN Z/Q (5)
Z (4)
Cap A (3)
T (6)
ACN T/X (7)
X (8)
13 Valve 6 position 1
K4
G (5)
1
ACN A/X (1)
K5
I.1
pH/C-900
Amidite Valve 1, V1
I.1 Circuit de liquide et composants
I. Schémas de raccordement
Circuit de liquide et composants
261
I. Schémas de raccordement
I.1 Circuit de liquide et composants
262
Élément
Description
1
Vanne d'amidite 1, V1
2
Vanne d'amidite 2, V2
3
Vanne 3, V3
4
Vanne de réactif, V4
5
Vanne de recyclage, V5
6
Vanne d'admission de la colonne, V6
7
Vanne de sortie de la colonne, V7
8
Vanne de déchets, V8
9
Pompe A
10
Pompe B
11
Limiteur de débit
12
Connecteur Y
13
Vanne 6, position 1
14
Vanne 7, position 1
15
Dérivation de colonne
16
Colonnes
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
I. Schémas de raccordement
I.2 Schéma de raccordement gaz
I.2
Schéma de raccordement gaz
Reagent
Thio gas
Thio
Reagent panel#
1
K101
7
8
9
10
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
11
12
K106
13
14
13
14
K107
Extra
Activator gas
Activator
15
16
15
16
K108
Cap A gas
Cap A
Oxidation gas
Oxidation
Cap B gas
Cap B
Detrit gas
Detrit
ACN gas
ACN
Extra gas
2
3
4
5
6
K102
K103
K104
17
Gas tubing is connected via position 67
to manifold 1 and 2
K105
A1
A3 K124 B3
A2
B1
B2
18 Through hole between valves V-3 and V-4
19 Gas Inlet
20 Through hole between valves V-3 and V-7
ÄKTA oligopilot plus Mode d’emploi 28959748 AF
263
I. Schémas de raccordement
I.2 Schéma de raccordement gaz
264
Élément
Description
1
Gaz thio
2
Thio
3
Gaz bouchon A
4
Bouchon A
5
Gaz d’oxydation
6
Oxydation
7
Gaz bouchon B
8
Bouchon B
9
Gaz de détrityl.
10
Détrityl.
11
Gaz d’ACN
12
ACN
13
Gaz Extra
14
Extra
15
Gaz activateur
16
Activateur
17
Tubulure de gaz, raccordée via la position 67 aux collecteurs 1
et 2
18
Orifices traversants entre les vannes V-3 et V-4
19
Entrée du gaz inerte
20
Orifices traversants entre les vannes V-3 et V-7
A1
Manomètre Manifold 1 (Collecteur 1)
B1
Manomètre Manifold 2 (Collecteur 2)
A2
Régulateur de gaz du collecteur 1
B2
Régulateur de gaz du collecteur 2
A3
Collecteur 1
B3
Collecteur 2
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